AIシステム医科学@東京科学大学 (Science Tokyo, Shimizu Lab)

Decoding Human Biology & Creating Future Medicine

Science Tokyo (東京科学大学) 総合研究院M&Dデータ科学センター / 大学院医歯学総合研究科 (医系) AIシステム医科学分野 (清水研) のHPへようこそ

清水秀幸 (Hideyuki SHIMIZU)

内科医、基礎医学者・情報科学者、教育者、著述家

2012年東北大学医学部医学科卒。医師臨床研修後、九州大学にて基礎医学・生命科学研究に従事し博士号 (医学)。米国Harvard Medical Schoolシステム生物学部門、マサチューセッツ工科大学 (MIT) 合成生物学研究所等での研究を経て、2022年より東京医科歯科大学 (現 Science Tokyo) 教授。同年より東京医科歯科大学重点領域研究者、JSTさきがけ研究者。2024年より文科省JST「国家戦略分野トップレベル次世代AI人材育成プログラム」(BOOST) 事業統括。2025年よりJST創発研究者 (情報科学パネル)。これまで一貫して未来の医療を創り出すための研究に携わっており、現在はがん、分子生物学、バイオインフォマティクス、医療AIシステム、創薬、量子、合成生物学 (分子コンピュータ・人工細胞)などについて、産学官合わせて50を超える共同研究を遂行中。情報オリンピックやスーパーサイエンスハイスクール (SSH) 等のアウトリーチ活動、ラジオ出演やテレビ/新聞取材など豊富なメディア活動歴を持つ。著作に「Pythonで実践生命科学データの機械学習」や文藝春秋の巻頭随筆などの他、エッセイConnecting the dotsが好評。

私達の研究室では、生命科学・医学の膨大な情報を本邦最高性能のスーパーコンピューターや最先端のデータサイエンス・人工知能（AI）といったハード/ソフト両面の数理情報科学を武器に読み解き、大学附属病院等の提携医療機関・企業でのデータ取得やラボに併設する生命科学実験室での検証実験を行いながら、生命現象の根底にある法則・正常の破綻としての疾患の病態解明、超早期発見/診断法の開発や個別化医療を目指した治療効果の精密予測を行っています。そしてその先の疾患の克服・制圧のために、原子/分子レベルのシミュレーションとAI創薬による革新的な治療薬・生体分子の開発やそもそも病気にならない予防法の開発を目指した医学研究を行っています。医学と生命科学と情報科学の融合領域の研究室で、最近は物理化学法則を取り入れた数理モデルの構築や量子コンピューター・ロボットなど新しいアプローチを常に取り入れて進化し続けています。

名の通ったhigh impact journalを目指しつつたくさんの論文を量産できる研究環境と、最高峰の教育システム・優秀な仲間が集う有数の研究室です。学生さんからポスドクの方まで、興味のある方はぜひ遠慮なく見学に来てください。一緒に未来の医療を創りましょう !

Latest UPDates

2025

最終更新2025.8.18

【New】藤原さん (博士1年) の論文がNature Publishing Groupのシステム生物学領域の専門誌であるnpj Systems Biology and Applicationsにアクセプトされました。(2025.8.18)
【New】バイオメディカルAI夏の学校2025を行いました。対面・オンラインから多数の方にご参加いただきありがとうございました。(2025.8.9)
【New】3期生の藤原さん (博士1年) が東京科学大学RAに採用されました。(2025.8.1)
【New】2026年4月入学の博士課程 (2次募集、11月出願/2月入試) 検討中の方に向けた情報提供の場 (オンライン座談会) を数回に分けて行います。1回目は8/25 (月) 19時で詳細はこちらです。(2025.7.28)
【New】清水がJST創発 (後藤・情報学パネル) に採択されました。「次世代創薬分子設計の情報学的フロンティア研究」という研究課題名で、化学・生命科学実験と最先端の計算科学で創薬を革新します。(2025.7.25)
【New】博士課程1年の中西一貴さん・伊東巧さんが東京科学大学クリニシャン・サイエンティスト (CS) 支援学生に選出されました。(2025.7.22)
【New】博士課程1年の大谷さん、藤原さん、中西さんが学術変革領域A「予知生合成科学」の第6回公開シンポジウムで研究成果を発表しました。詳細はこちら。(2025.7.18)
【New】博士課程1年の中西一貴さん、伊東巧さんがメディカルAI学会に参加しました。詳細はこちら。(2025.7.1)
【New】菱沼研究員が特任助教に昇任しました。(2025.7.1)
3期生の大谷悠喜さん・伊東巧さん (博士1年)がScience Tokyo SPRING生として採択されました。(2025.6.18)
伊東さん (博士1年)・大田さん (修士2年)・菱沼研究員による論文がbioRxivに掲載されました。クマムシがなぜ極限状況で生存できるのか、その仕組みを解き明かすAEGISというフレームワークを開発した研究です。将来的な医療への展開も見据えています。論文はこちら。(2025.6.16)
博士2年の佐久間智也さんがScience Tokyo BOOSTに採択されました。トップレベルAI研究のための人材育成プログラムです。(2025.6.16)
当研究室の大学院生2名と菱沼研究員が人工知能学会に参加してきました。詳細はこちら。(2025.6.15)
博士課程2年の鈴岡拓也さん、佐久間智也さんが学術変革領域「潜在空間分子設計」の領域会議で発表を行いました。(2025.5.30)
当研究室の大学院生3名と清水が分担執筆した書籍「AIとバイオの融合最前線」が出版されました。(2025.5.28)
バイオメディカルAI夏の学校の募集を開始しました。対面・オンラインのハイブリッド開催で、学生だけでなく社会人の方も無償で受講いただけます。(2025.5.23)
夏のOpen Labの募集を開始しました。普段は非公開の当研究室のイベントにご参加いただけます。1日インターンのようなものです。(2025.5.23)
生命医科学領域の情報科学に継続的に触れることができるニュースレターを開始しました。どなたでもご登録いただけます。詳細はこちら。(2025.5.11)
文藝春秋6月号の巻頭随筆に、清水が「AI時代の生命科学と「知」の在り方」と題した文章を寄稿しました。(2025.5.10)
佐久間さん (博士2年)・大谷さん (博士1年) による論文がbioRxivに掲載されました。ユビキチンE3 ligaseにより分解されるタンパク質を見出すためのAI「Ubicon」の開発とシステム生物学的な解析で、ゆくゆくはPROTACなどタンパク質分解創薬への展望も見据えています。論文はこちら。(2025.4.15)
2026年4月入学の修士課程ないし博士課程を検討している方に向けたオンラインオープンラボを5/2 (金) 18時から開催します。匿名で参加していただけます。希望する方はwebinarのリンクをお送りするためにこちらから事前登録をお願いいたします。(2025.4.10)
清水がCPHI Japan 2025（第22回国際医薬品開発展）で招待講演をしました。200人の製薬関係者にご来場をいただきありがとうございました。(2025.4.9)
新年度になり、博士課程1年として中西一貴さん、藤原嵩士さん、鈴木崇英さんがチームに加わりました。また、大谷悠喜さんが修士課程から博士課程に進学、伊東巧さんがMD-PhDコースで博士課程に進学しました。(2025.4.1)
東京大学医学部医学科新5年の中郁和さんがチームに加わりました。隔週ペースで対面でdiscussionしながらRNAのシステム生物学研究に取り組み、卒業までに論文化を目指します。(2025.3.31)
麻生助教が年度末で退職し、ノーベル賞を決定するスウェーデンのカロリンスカ研究所に留学しました。世界トップレベルの研究機関でますます研究に取り組みながら、当研究室においても客員助教として引き続き研究・教育に携わります。(2025.3.31)
古賀研究員が退職し、佐賀大学医学部の助教としてご栄転しました。おめでとうございます。(2025.3.31)
バイオメディカルAI体験コース2025を実施しました。プログラミングはじめてから、1日でバイオメディカルデータを使った深層学習のさわりまで体験できるコースで、医学生による講話もとても好評でした。(2025.3.30)
伊東さん (医学科5年) の論文がbioRxivに掲載されました。学部生が実習等の合間に熱心に取り組んだ研究成果で、代謝疾患の解明に向けた細胞内のAIシミュレーションに関する内容です。論文はこちら。 (2025.3.29)
大野講師が分担執筆した書籍「実験デザインからわかる　マルチオミクス研究実践テキスト」が羊土社から出版されました。 (2025.3.21)
バイオメディカルAI春の学校2025を実施しました。advancedなバイオメディカルAIに関する講義 + 実習で、多くの方にご参加いただきました。 (2025.3.20)
大谷さん (修士2年) の論文がbioRxivに掲載されました。抗菌活性を持つ中分子の予測法とシステムワイドな探索に関する内容です。論文はこちら。 (2025.3.3)
大谷さん (修士2年) の論文がbioRxivに掲載されました。感染症のAI創薬に関する内容です。論文はこちら。 (2025.3.3)
バイオメディカルAI体験コース2025の募集を開始しました。プログラミングや機械学習の第1歩から、1日で簡単な医療AIの実装までできるようになる「はじめて」の方だけのコースです。 (2025.2.26)
清水が2025年度の科研費・学術変革領域A「生体反応の集積・予知・創出を基盤としたシステム生物合成科学」研究者として採択されました。 (2025.2.20)
バイオメディカルAI春の学校2025の募集を開始しました。ややadvancedな内容になりますが、1日完結のオンライン＋対面ハイブリッドで開催します。 (2025.2.1)
2025年になりました。当研究室は今年は4月に5名の博士課程大学院生を迎える予定で、コアメンバーは教員・研究員3、事務・技術支援員2、大学院生11の16名体制になります。それ以外に現在のところ学部生が11名所属しております。一緒に共同研究をしてくださる先生はもちろん、私達のチームに加わりたい博士研究員・大学院生を募集しておりますし、それ以外にもダブルメンター制度・研究実践プログラム・オンライン研究制度・オンライン学生勉強会Biomedical Data Science Clubなど当分野独自の取り組みをいくつもしております (全貌はこちら)。ご希望の方は遠慮なくメールでご連絡ください。必ずお返事差し上げます。本年もどうぞよろしくお願いいたします。 (2025.1.1)

2024

理工系のための生命医科学入門コースの募集を開始しました。大学でライフサイエンス系ではない専攻だが、春休みの期間を利用して今日の医療の土台となっている生命科学を勉強したいという学生さんを対象としたオンラインの集中輪読会です。 (2024.12.2)
生命科学・基礎医学系で最も大きい分子生物学会年会で、大学院1期生・2期生全員が現在までの研究成果を発表しました。こちら。特に多くの2期生にとってはこれが人生初の学会デビュー戦です。討論いただいた先生方、ありがとうございました。 (2024.11.29)
清水が母校・東北大学医学部の授業の一環で学生さんに向けたキャリアパス特別講演をさせていただきました。 (2024.11.25)
清水が文科省の学術変革A・潜在空間分子設計の領域会議で口頭発表をしました。大学院生の佐久間さん・鈴岡さんが研究成果をポスター発表しました。 (2024.11.19)
米国のCold Spring Harbor研究所で開かれたbiomedical data scienceに関するシンポジウムで麻生助教が研究成果を発表しました。 (2024.11.16)
1日研究体験ができるイベント「2024年度冬季Open Lab」を募集開始しました (2024.10.31)
「バイオメディカルDX for ALL」と題して、バイオインフォ・クリニカルインフォの全くの未経験者の方向けの入門講習会をオンラインで行います。希望者の方は11/28 (木) までにお申し込みください。学生さんはもちろん、社会人の方も歓迎です。 (2024.10.17)
清水が日本人類遺伝学会第69回大会で招待講演を行いました。 (2024.10.11)
清水が東北大学医学部の第32回生活習慣病研究会で研究に関する招待講演を行いました。 (2024.10.1)
大学統合により東京科学大学が誕生しました。略称はScience Tokyo です。当研究室は総合研究院M&Dデータ科学センターと、大学院医歯学総合研究科 (医学系) の両方に所属しています。 (2024.10.1)
研究員 (ポスドク相当) として菱沼秀和さんが着任しました。 (2024.10.1)
北里大学獣医学部4年の南直弥さんがチームに加わりました。オンラインで研究をしていきます。 (2024.9.24)
医学部5年の伊東巧さんが生命情報科学若手の会においてBest NGS Awardを受賞しました。 (2024.9.16)
ドイツのフンボルト大に所属するシステム生物学・生物物理の研究者らを招いて国際シンポジウムTMDU-Humboldt University Symposium on Disease Systems Biologyを開催しました。 (2024.9.9)
2日間のOpenLabを開催しました。次回は2024年冬に行います。 (2024.9.6)
麻生助教がNGS EXPO 2024でシングルセル解析に関する招待講演を行いました。 (2024.9.5)
私達が企画段階から携わらせていただいた書籍Pythonで体感！医療とAIはじめの一歩が出版されました。医療AIの本当に本当のはじめから学べます。 (2024.8.20)
我々にとってはじめての試みとなるバイオメディカルAI夏の学校2024をハイブリッド開催しました。次年度は5月頃に募集開始、8月に上旬に実施見込みです。 (2024.8.4)
学部生〜修士課程学生さんを対象にした夏のOpen Labを行います。大学単位で高校生を対象に行うOpen Campusの研究室版 & 大学生以上対象版のようなもので、在籍学生とともに研究に関するmeetingや学生の勉強会など普段は非公開のイベントにご参加いただけます。現在の所属や専攻は問いませんし、遠方の方でもご参加いただけるよう半日コースもありますので医療や生命科学と数理情報科学の融合領域に興味をお持ちの方は遠慮なく応募フォームから登録してください。 (2024.7.23)
夏の学校2024の参加者が決まりました。初年度の今回は50名の定員に対して120名もの方からご応募いただきました。定員の関係から今回はご参加いただけない方にはお詫び申し上げます。次年度も開催する場合には2025年4月頃を目処に募集開始いたします。 (2024.7.23)
清水が日本炎症・再生医学会のデータサイエンスに関するシンポジウム (オーガナイザ: 東大医学部の高柳教授・岡田教授) で招待講演を行いました。 (2024.7.18)
医学科5年の伊東さん、清水研1期生の大田・大谷さん (修士2年)、2期生の佐久間さん、オンライン研究の川原田さんがデータサイエンスの国際コンペティションKaggleで銀メダルを獲得しました。日曜日等のオフの時間帯を自主的に使って研鑽を積み取り組んだ成果です。 (2024.7.16)
清水が都立日比谷高校のSSH生物特別講義をさせていただきました。 (2024.7.2)
研究室メンバー数名が「天然物が織り成す化合物潜在空間が拓く生物活性分子デザイン」領域会議に参加・発表しました。 (2024.6.13)
清水が熊本大学医学部の「名医に学ぶセミナー」でAI創薬の講演をしました。 (2024.6.12)
東京医科歯科大学の大学院リトリートがあり、当分野は1期生全員が受賞しました。大谷悠喜さんはリトリート賞、大田航平さんはポスター賞と、いずれも高い競争率の中から研究成果を評価され選ばれています。 (2024.6.7)
博士課程1年の佐久間智也さんがTMDU-SPRING生として採択されました。 (2024.6.6)
静岡がんセンター他との共同研究がBJS Open誌にアクセプトされました。大腸がんのリンパ節転移に関する医療AI論文で、当研究室の医学生がAI構築を担当させていただきました。 (2024.6.1)
山形大学医学部1年の糸井主歩さんがチームに加わりました。オンラインで研究をしていきます。 (2024.5.29)
医学科6年生の佐味彪太朗さんがチームに加わりました。(2024.5.17)
バイオメディカルAI夏の学校2024の募集を開始しました。(2024.5.14)
清水が中谷生体空間オミクス医療解析拠点キックオフシンポジウムでセミナーをしました。(2024.5.13)
清水が本学の代表団の一員として英国の大使館他、複数箇所を訪問しました。また、世界大学ランキングでも上位常連大学であるImperial college londonでセミナーを行いました。(2024.4.26)
清水が事業統括として申請した本学の次世代AI人材育成プログラムが採択されました。博士課程学生へ1人あたり年390万相当の支援が国からいただけるようになりました。プレスリリースはこちら。 (2024.4.7)
東京大学病院の研修医・土元香菜子さんがチームに加わりました。 (2024.4.7)
新年度になり、博士課程に佐久間智也さん・鈴岡拓也さん、修士課程に小川諒さん・博田悠斗さん・増田咲希さん、合わせて5人の大学院2期生が加わりました。 (2024.4.1)
麻生特任助教が正規の助教へ昇進しました。 (2024.4.1)
清水が池谷科学技術振興財団の研究助成に採択されました。 (2024.4.1)
オンライン研究をしている川原田明徳さん、大学院生の大谷悠喜さんの解説記事「人工知能を活用した創薬研究」が「医学のあゆみ」誌に掲載されました。 (2024.3.29)
清水が日本情報オリンピック春季トレーニング合宿で講義をさせていただきました。名札はこちら。 (2024.3.21)
麻生特任助教が解析に携わった共同研究論文がCell Reports誌に掲載されました。こちら。ウイルスのバイオインフォマティクス解析での貢献です。 (2024.3.18)
清水が丸文研究奨励賞を受賞しました。この賞はエレクトロニクス分野の若手最高峰の賞ですが、医師としては初めての受賞となります。これまでの医療AI研究を高く評価していただきました。 (2024.3.15)
清水が豊田理研スカラーに採択されました。 (2024.3.12)
2025年4月に入学し大学院生として当研究室に所属を検討している方に向けたオンラインwebinarを4月15日 (月) 18時から行います。もちろんwebinar前に直接見学も大歓迎です。 (2024.3.11)
私達の新たなプロジェクトが日経新聞に取り上げられました。こちら。 (2024.3.3)
清水が科研費・学術変革領域A「潜在空間分子設計」に採択されました。大野講師が基盤研究Bに採択されました。麻生特任助教が若手研究に採択されました。 (2024.2.29)
浜松医科大学医学科1年の松田和己さんがオンライン研究制度を利用してチームに加わりました。 (2024.2.27)
清水がさきがけ領域会議にて研究成果を発表しました。 (2024.2.22)
2024年の夏に「医療AI・夏の学校」(仮) を開講予定です。初めての試みですのでどのようなニーズがあるのかも含めて調査中です。こちらのアンケートに回答いただけると幸いです。 (2024.2.20)
清水が情報オリンピック日本代表選考会兼春季トレーニングにおいて講演します。将来の情報科学界のリーダーとなる極めて優秀な高校生のみなさんと討論できるのを楽しみにしております。 (2024.2.19)
我々が分担者として参画する「中谷生体空間オミクス医療解析拠点Nakatani Biomedical Spatialomics Hub」が順天堂大内に立ち上がりました。生体組織・臓器の3次元構造情報を網羅的に解析する独自技術「セルオミクス」を拡張し、生体組織を全細胞解像度で解析する独創的な医工計測技術「Spatialomics」の確立、および脳腫瘍の特効薬開発を目指します。こちらをご覧ください。 (2024.2.16)
東京科学大学AIシステム医科学分野での学振PDを希望する方の募集を開始しました。こちらをご覧ください。 (2024.2.2)
医学部医学科1年生の中尾昊寛さんがチームに加わりました。(2024.2.1)
2025年4月の大学院入学を検討している方を対象としたオンラインWebinarを行い、15名前後の学外の学生さんが参加しました。今回参加できなかったけどオンデマンド配信をご希望の方はこちらのページから登録してください。記載内容を確認の上で後日オンデマンド配信ページとパスワードをご案内します。(2024.1.19)
2024年になりました。当研究室は今年は2月に技術補佐員1名、4月に大学院生5名、秋にPreferred Networkなどで研鑽をつんだ研究員1名が新たに加わる予定で、コアメンバーは教員・研究員5、事務・技術補佐員3、大学院生7の15名体制になります。それ以外に現在のところ学部生が16名所属しております。一緒に共同研究をしてくださる先生はもちろん、私達のチームに加わりたい博士研究員・大学院生を募集しておりますし、それ以外にもダブルメンター制度・研究実践プログラム・オンライン研究制度・オンライン学生勉強会Biomedical Data Science Clubなど当分野独自の取り組みをいくつもしております (全貌はこちら)。ご希望の方は遠慮なくメールでご連絡ください。必ずお返事差し上げます。本年もどうぞよろしくお願いいたします。 (2024.1.4)

2023

修士課程1年の大谷悠喜さんに日本分子生物学会から「MBSJ2023サイエンスピッチ優秀発表賞」が贈呈されました。「微⽣物学を学んだAIによる次世代の感染症創薬に向けて」という演題で口頭発表した内容・プレゼンが高く評価されています。(2023.12.21)
修士課程1年の大田航平さん・大谷悠喜さん、学部4年の伊東巧さん、スタッフの古賀大介さんと麻生啓文さん、そして清水が分子生物学会に参加しました。学生3人はこれがはじめての学会発表です。この学会で取り上げられていた主要トピックスや参加メンバーによるレポートはこちら。(2023.12.19)
講談社の皆様から新刊「システム生物学入門」をご恵贈いただきました。細胞・代謝・進化など生命科学のさまざまな現象を扱うための数学・物理学を無理なく習得できる構成になっており、日本語で書かれたシステム生物学の入門書としてとても優れています。写真はこちら。(2023.12.15)
大野講師の研究提案が上原記念生命科学振興財団に採択されました。潰瘍性大腸炎やクローン病といった自己免疫性腸疾患に、シングルセル解析とゲノムスケール代謝モデル構築から迫ります。(2023.12.13)
順天堂大学・長崎大学の先生方との共同研究提案が採択され、「生体空間オミクス医療解析拠点」のデータ解析部門が清水研内に立ち上がります。大規模イメージングや3D病理学の先生らと連携し、Cellomicsおよびglioblastomaの革新的な治療薬創出を目指す5年間の大型プロジェクトが始動します。(2023.12.11)
清水がTMDU感染症センターの設立記念講演会で特別講演を行いました。ポスターはこちら。(2023.11.14)
東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターのパンフレットができました (日本語版、English Edition)。(2023.11.13)
清水が花王健康科学研究会で研究成果を発表しました。(2023.11.11)
東京大学のチームなどとの共同研究がScientific Reports誌に掲載されました。プロモーター領域におけるDNAのメチル化抑制が肝臓や骨格筋でどのような機能を持つのか、さまざまなオミクスデータを取得し統合解析しています。(2023.11.6)
修士課程1年の大田航平さん・大谷悠喜さん、特任研究員の古賀大介さんと清水がCBI学会2023に参加しました。この学会で取り上げられていた主要トピックスや参加メンバーによるレポートはこちら。(2023.11.3)
2024年4月入学の2期生5名を交えてオンラインの顔合わせと学生のみの座談会を行いました。(2023.11.2)
医学科4年のプロジェクトセメスター発表会で、当教室で5ヶ月間研究をした伊東巧さんが学生さんたちの互選により1位に選ばれました。研究成果は12月の分子生物学会で発表します。(2023.10.28)
清水が名古屋大学医学部・医学系研究科の科目「オミクス解析学」において講演しました。(2023.10.25)
博士課程の大学院入試の結果が発表され、当分野を志望していた2名とも合格しました。これで2024年度は修士課程3名、博士課程2名、合わせて5名の清水研2期生が加わる見込みです。(2023.10.20)
清水が第17回さきがけ研究者交流会で発表を行いました。また「パンデミック社会基盤」以外の領域のさきがけ研究者の方々と討論をしました。(2023.10.20)
麻生特任助教の論文がGigaScience誌に掲載されました。ウイルスと自然免疫応答に関する内容です。業績リストに追加しました。(2023.10.18)
清水がラジオNIKKEIの医学番組「感染症TODAY」に出演しました。(2023.10.16)
医科歯科新4年生のプロセメ・研究室配属の希望者の見学を開始しました。今年の配属学生からの後輩へのメッセージはこちら。(2023.10.15)
日本癌学会学術総会の国際シンポジウム「AI opens up a new era of cancer research」で、清水が招待講演を行いました。(2023.9.21)
修士課程1年の大田航平さん・大谷悠喜さん、学部4年の伊東巧さん、特任研究員の古賀大介さんがバイオインフォマティクス学会に参加しました。古賀さん以外の3人はこれが学会デビューです。この学会で取り上げられていた主要トピックスや参加メンバーによるレポートはこちら。(2023.9.16)
清水が持田記念医学薬学振興財団の研究助成に採択されました。創薬 DX を目指したプロジェクトです。(2023.9.11)
清水が静岡県沼津市で行われた「さきがけ領域会議」で研究成果を発表しました。(2023.9.9)
講師の大野聡さんが分担執筆者になっている実験医学増刊「マルチオミクスデータ駆動時代の疾患研究」が出版されます。オミクスだけでなくバイオインフォマティクス、システム生物学研究者は必見です。(2023.8.30)
清水が10月15日 (Sun) に行われる本学の学祭である「お茶の水祭」で「異分野融合で創り出す未来医療~新大学で目指すConvergence Scienceとは何だろう？~」と題して中高生の方向けに未来志向の医学研究を噛み砕いてご紹介します。(2023.8.29)
特任助教の麻生啓文さんが筆頭著者の学術論文がGigaScience誌にアクセプトされました。ウイルスと宿主の関係について自然免疫と比較ゲノムの観点から迫った報告です。(2023.8.29)
バイオインフォマティクス認定技術者試験にプロジェクトセメスターで当教室配属中の医学科4年・伊東匠さんと修士課程1期生である大田航平さん・大谷悠喜さん全員が合格しました。(2023.8.28)
2024年度入学の修士課程 (清水研2期生) の合格発表があり、当分野は受験した3人全員が合格しました。(2023.8.25)
博士課程1年の小松勇史朗さんと清水が共著者になっている学術論文がCell Reports誌に掲載されました。論文はこちら。(2023.8.3)
東京医科大学5年の大脇恵人さんと旭川医科大学3年の辻田悠希さんが加わりました。オンライン研究に挑戦したい意欲的な学生さんは引き続き募集しています。(2023.8.3)
2024年度入学博士課程希望者の2次募集を開始しました。募集定員は最大で若干名ですし受け入れ条件を満たす方がいない場合には2次募集はとりません。希望する方は当ホームページを熟読の上、ご連絡ください。(2023.7.24)
脳神経血管内治療学会にご招待いただき、清水が「医療とAI」に関する基調講演を行いました。(2023.7.22)
清水が招待制のJAFOE 2023シンポジウムで口頭発表を行いました。(2023.7.21)
共同研究がCell Reports誌にアクセプトされました。(2023.7.18)
大野講師のマルチオミクスAIに関するプロジェクトが武田科学振興財団の医学系研究助成に採択されました。(2023.7.6)
清水が2023年度の科研費・挑戦的研究に採択されました。中分子創薬の理論に関する3年間のプロジェクトです。(2023.6.30)
2023年夏のOpen Lab 参加希望者の募集を開始しました。半日あるいは1日の研究室インターンのようなもので、普段は非公開の研究室内イベントに参加できます。(2023.6.16)
当研究室メンバーの医学科1年生萩原千晴さんがこの夏に行われる国際情報オリンピックの日本選手団随行員に選出されました。数学オリンピックの情報学バージョンであり、日本代表選手団の1人に選ばれたのはとても名誉あることです。(2023.6.9)
清水がヨーロッパのChugai Cancer Summitにおいてがん領域におけるAIについて講演し、日本を代表して欧州のがんの専門家たちとパネルディスカッションを行います。詳しくはこちら。(2023.6.8)
学部の間に論文を執筆した保住さんから後輩の学部生さんに向けたメッセージをいただきました。(2023.6.3)
清水研の歓迎会を行いました。(2023.6.2)
研究室のJournal Club (論文輪読会) へゲスト参加してみたい学生さんの募集を開始しました。詳しくはこちら。(2023.6.1)
母校・東北大学医学部からお祝いをいただきました。詳しくはこちら。(2023.5.30)
医学科4年生のプロジェクトセメスターが始まり、当研究室にはいずれも昨年より自主的に出入りしていた青葉萌奈美さん、伊東巧さんの2人が配属されました。5ヶ月間、データ解析の修得と学術研究に専念します。(2023.5.29)
医学科1年萩原秀亮さん、保健衛生学科検査技術学専攻1年檜垣里佳さんがチームに加わりました。(2023.5.17)
2024年4月入学の大学院希望者を募集中です。現在までにいずれも学外の11名の方が面談にいらっしゃっています。(2023.5.16)
2024年度の修士課程へ入学を希望する方の面談期間がまもなく終わりになります。面談を遅くとも月内に、出願意向表明を遅くとも6月上旬に行わないと8月の院試を受けることができません。まだ検討中の方はあと1ヶ月になりました。(2023.5.6)
大学院を検討している方を対象にしたWebinarを5/19 (金) 18時から開催します。詳しくはこちら。(2023.5.6)
九州大学から古賀大介先生が特任研究員として着任しました。(2023.5.1)
医学部医学科2年生山村大樹さんがチームに加わりました。(2023.4.29)
医学部医学科2年生篠田晃希さん、牛島こころさんがチームに加わりました。(2023.4.28)
医学部医学科6年生遠藤玄さん、医学部医学科1年生萩原千晴さんがチームに加わりました。(2023.4.26)
東北大学主催の第1回医学AIセミナーで清水が招待講演を行いました。ハイブリッド開催で、zoomでは300名近くの方に聴講いただきありがとうございました。(2023.4.25)
4年に1度開かれる日本医学会総会において、清水が招待講演を行いました。今回のテーマ「ビッグデータが拓く未来の医学と医療」にちなんで、Biomedical Data Science Clubにおける次世代育成の取り組みを紹介しました。(2023.4.22)
東京医科歯科大学の医学科1年生、松村直樹さんがチームに加わりました。(2023.4.9)
2024年 (または2025年) 4月入学の大学院を検討している方を対象にしたミニセミナーを4/19 (水) 18時よりオンラインで行います。カメラオフで参加することができます。詳細はこちら。(2023.4.7)
慶應義塾大の医学生だった保住英希さん (現・1年目研修医)の論文がPNAS Nexus誌にアクセプトされました。1915年から続く名門誌PNASが昨年創設したsister journalです。清水研はできてまだ1年ちょっとですが、すでに複数の学部生が論文を書いています。学外の学生さんも、まずはBiomedical Data Science Clubからどうぞ。(2023.4.6)
本学修士課程の新入生120名を代表して当研究室の大田航平さんが大学院入学式の入学生宣言をしました。(2023.4.6)
共同研究論文がCell Reports誌にアクセプトされました。(2023.4.6)
チームのページに集合写真を掲載しました。写真には映っていないですが、他にオンラインベースで研究に取り組んでいる方々がいます。(2023.4.4)
特任助教として京大・東大両所属の麻生啓文先生が着任されました。博士課程に小松勇史朗さん、修士課程に大田航平さん、大谷悠喜さん、大村拓生さんが大学院1期生として入学しました。また、技術補佐員としてIT系の民間企業での勤務が長くKaggle Expertでもある脇阪康成さん、事務補佐員として東証一部上場の大手企業の正社員や学術機関等を歴任されてきた田中和子さんがチームに加わりました。(2023.4.3)
医学科2年生後藤孝太さんがチームに加わりました。(2023.3.28)
2024年4月入学の大学院希望者を募集中です。現在までにいずれも学外の8名の方が面談にいらっしゃっています。(2023.3.22)
医学部医学科3年生、北村匡さんがチームに加わりました。研究実践プログラムも兼ねています。(2023.3.21)
羊土社の新刊「Pythonで実践生命科学データの機械学習」について、制作秘話やこの本で学べることを記したショートエッセイを公開しました。(2023.3.20)
社会人大学院生 (博士課程) の受け入れ条件を改定し、より多様なキャリアの方々にご相談いただけるようになりました。興味のある方はまずは「事前問い合わせ」をお願いいたします。(2023.3.20)
当研究室の研究内容のごく一部について、その概要動画ができました。動画は英語ですが、大学からの依頼で英語圏ではない方も容易に理解できるよう非常にゆったりとした英語で話している上に字幕付きです。動画はこちら。(2023.3.15)
2024年 (または2025年) 4月入学の大学院を検討している方を対象にしたミニセミナーを3/27 (月) 18時よりオンラインで行います。カメラオフで参加することができます。詳細はこちら。(2023.3.13)
清水の書籍「Pythonで実践　生命科学データの機械学習」が羊土社から出版されます。機械学習の基礎から始まり画像・ゲノム・シングルセル・オミクス・AI創薬・中分子、全部入りで445ページの大ボリュームです。(2023.3.6)
清水が米国ノースウェスタン大学の先生方にお招きいただきオンライン講演を行いました。(2023.3.4)
清水が科研費の基盤Bに採択されました。データ科学と生命科学実験の融合によりがんに対する個別化治療戦略の立案を目指します。グラントのページに追加しました。(2023.2.28)
オンラインで当研究室の簡単な紹介を行い、2024年度大学院進学先の候補の1つとして考えている19名の方が参加されました。3月下旬にも同じ内容でイベントを企画予定です。このオンライン説明会はオプションですので、前向きに検討している方はぜひ一度遊びにきてください。個別面談やラボメンバーとのトーク、そして施設ツアーを行います。研究室訪問はすでに3名の方がいらっしゃっています。(2023.2.21)
清水が千里ライフサイエンスセミナーT5「バイオインフォマティクスの最前線」で招待講演を行いました。800名近くの方に聴講いただきありがとうございました。(2023.2.20)
研究補助員 (技術補佐員) の募集を開始しました。実験補助を通じて医療に貢献してくださる方を募集しています。実験の経験がなくても大丈夫です。詳しくはこちら。(2023.2.18)
清水研の大学院生を検討している方を対象としたオンライン説明会を2/21 (火) に行います。事前登録はこちらからお願いします。(2023.2.10)
清水がLabTech talkに登壇し「医療におけるAIの活用と課題」について90分の招待講演を行いました。ご参加いただきありがとうございました。(2023.2.10)
沖田大和さんがチームに加わりました。ダブルメンター制度で専門の先生方と組み、治療抗体の安定性に実験とデータ科学をハイブリッドさせて挑みます。(2023.1.28)
博士号取得見込み~取得後3年の新進気鋭のポスドクの方を対象にしたネクストキャリア制度を開始しました。(2023.1.26)
中新井田悠太さんがチームに加わりました。今月から募集開始しているダブルメンター制度で、眼科における医療DXを目指します。(2023.1.26)
清水が長崎で開催されたJSTさきがけ領域会議にて研究発表を行いました。(2023.1.22)
これまで実験を専門にしてきて、これからデータ解析も勉強したいという先生を特任助教ないし特任研究員としてお迎えします。興味と熱意のある方はお気軽にご連絡ください。適任者が決まり次第、募集を締め切ります。(2023.1.17)
データ解析はじめてコースがスタートしました。「ベーシックな解析については自分たちでできるようになりたい」というご要望に応えるデータ解析初学者の方を対象としたコースです。(2023.1.16)
東京医科歯科大学・薬物動態学分野修士1年生がチームに加わりました。現在のテーマと並行して、我々とともに創薬情報科学の研究に取り組みます。(2023.1.12)
東京大学から1月1日付けで大野聡講師が着任しました。チームのページにプロフィール等を追加しました。(2023.1.11)
オンライン研究で他大学の学部生さんが筆頭著者として執筆した論文がとある有名な国際学術誌の査読に概ね合格し、現在アクセプト前の修正 (リバイス) をしています。学生のうちに論文を書きたいという意欲的な学生さんを全国から受け入れています。オンライン研究の詳細はこちら。(2023.1.9)
AIシステム医科学分野の事前勉強会のうち、5~6月頃に行う入門編春季コースの募集をしています。2023年の早いうちに当教室に加わりたい学生さんは半年に1回のこの勉強会にぜひご参加ください (dutyではありませんが)。(2023.1.9)
2023年度に常勤に近い形で研究と勉強に取り組みつつ、2024年4月に当研究室に大学院生として加入したいという方を最長1年間技術補佐員として雇用します。詳細はこちらのページをご覧ください。(2023.1.9)
2023.1.26 (木) の夕方に九州大学が最新のタンパク絶対定量技術のオンラインセミナーを開催します。興味のある方はセミナーのページから詳細確認 & 申し込みができます。(2023.1.8)
2023年になりました。2022年2月に1人で立ち上げた当研究室も、順次メンバーが加わり今年の6月までに15~20名規模のチームとなる見込みです。一緒に共同研究をしてくださる先生はもちろん、私達のチームに加わりたい博士研究員・大学院生を募集しておりますし、それ以外にもダブルメンター制度・研究実践プログラム・オンライン研究制度・オンライン学生勉強会Biomedical Data Science Clubなど当分野独自の取り組みをいくつもしております (全貌はこちら)。ご希望の方は遠慮なくメールでご連絡ください。必ずお返事差し上げます。本年もどうぞよろしくお願いいたします。 (2023.1.1)

2022

今年最後の更新として、今日から使えるリソース集を公開しました。実験系の先生方にもマウス操作のみで使えるものが多いです。ぜひご活用ください。 (2022.12.25)
特任助教の公募を締め切りました。結果は1ヶ月後の1/20くらいまでに大学事務局から通知させていただく予定です。 (2022.12.20)
2024年4月入学の大学院 (修士課程・博士課程) 見学を受付中です。面談は随時可能で、現在3名の方が見学にいらっしゃっています。 (2022.12.12)
川原田明徳さん (九州大学医学科5年) がチームに加わりました。(2022.12.12)
佐藤良糸さん (福井大学医学科3年) がチームに加わりました。(2022.12.9)
大和真弥さん (東北大学医学科4年) がチームに加わりました。(2022.12.7)
清水が第45回分子生物学会年会にて黒田真也先生 (東大理学部)・富井健太郎先生 (産総研・人工知能センター) にご招待いただき口頭発表をしました。また学会期間中にはたくさんの先生方とお話させていただきました。ありがとうございました。次の国内での発表は2月で、岡田随象先生 (大阪大・東大)・田宮元先生 (東北大) にご招待いただき千里ライフサイエンスセミナーT5 「バイオインフォマティクスの最前線」に登壇します。(2022.12.3)
事務補佐員 (週15時間) および情報解析系の技術補佐員 (週30時間) 、学生インターン (週6時間)として私たちの研究をサポートしてくださる方の募集を開始しました。適任の方が見つかり次第締め切らせていただきます。ご検討いただける方は個別にメールで書類をお送りください。 (2022.11.30)
2022.11.30~2022.12.2に開催される日本分子生物学会年会で発表します。また、会期期間中はずっと会場である幕張メッセにおりますので、清水に直接会って研究や進路等の話をしたい先生・学生さんがいらっしゃいましたら遠慮なくメールでご連絡ください。私が発表するセッション以外の時間であれば、いつでもお会いできる可能性があります。 (2022.11.25)
清水が興和生命科学振興財団の研究助成に採択されました。 (2022.11.25)
医科歯科の重点研究領域で行われた第1回の領域全体班会議において清水が講演をしました。ポスターはこちら。(2022.11.16)
奈良先端科学技術大学院大学の作村諭一先生にご招待いただき、情報科学領域・バイオサイエンス領域の博士課程向け「データサイエンス特別講義」で清水が英語による90分講義を行いました。 (2022.11.10)
私たちは多階層にわたる学びの機会を提供しています。その全体像をまとめたページをこちらで公開しました。 (2022.11.7)
2023年4月入学予定の1期生を中心とした新メンバーの顔合わせを行い、同時に新入生のオンライン事前勉強会がスタートしました。2023年度は多様なバックグランドをもつ10名超のチームになります。引き続きどうぞよろしくお願いいたします。 (2022.11.6)
医学を含む広義のライフサイエンス系の博士課程の学生さん向けに、高度な数理情報科学を伝授するダブルメンター制度を創設しました。米国Harvard Medical School留学時代の経験をもとに開発した制度です。オンラインなので全国どこの研究機関・医療機関の方でも大丈夫です。上の先生からの許可が大前提ですが、現在の専攻にプラスしてインフォマティクスというダブルメジャーを目指しませんか？ (2022.11.6)
保住英希さん (慶應義塾大学医学部6年) の論文がmedRxivで公開されました (こちら)。学部生がオンライン研究チャレンジ制度で半年間で書き上げた論文です。時間のある学部生時代にAIやバイオインフォマティクス・クリニカルインフォマティクス・システム生物学等の研究および論文発表に挑戦したいという意欲的な学生さんを募集しています。オンラインなので全国どこにお住まいでも大丈夫です。 (2022.11.5)
医科歯科で医療や生命科学を学びたい東工大所属の学生さんの募集を開始しました。今はまだ手探りですが、少しずつconvergence scienceを目指していきます。詳しくはこちら。 (2022.11.3)
清水が公益財団法人・大川情報通信基金の研究助成に採択されました。 (2022.11.1)
医学部保健衛生学科1年生、高野日向子さんがチームに加わりました。 (2022.10.22)
2023年4月1日に着任していただける特任助教の先生 (博士号取得見込みの学生さんも可) を探しています。12/20まで2ヶ月間募集しますので、興味のある方はこちらのページもご覧ください。 (2022.10.18)
本学・研究実践プログラムおよび研究者養成コースの案内ページを開設しました。 (2022.10.17)
東京医科歯科大学4年生のプロジェクトセメスター・研究実習についてのページを開設しました。現在当研究室を志望する学生さんを募集中ですのでお気軽にお問い合わせください。 (2022.10.14)
生命医科学とデータサイエンスの両方に長ける次世代型の研究者・医療者を目指す意欲的な学部生を募集しています。オンライン研究指導も可能で、現在複数の学部生が筆頭著者として英語の論文を執筆中です (学部生の声はこちら)。また本学の学生さんはさらに膨大な教育リソース&スーパーコンピューター&専用の研究室へのアクセスも可能です。東大をはじめ全国さまざまな大学・学部に通う優秀な仲間たちとのオンライン勉強会Biomedical Data Science Clubも好評で、1年生を含む17名の学部生が所属しています。詳しくはこちら。いずれも随時募集中です。 (2022.10.10)
研究論文がiScience誌にアクセプトされました。AI創薬プラットフォーム・LIGHTHOUSEの開発に関する論文です。 (2022.10.5)
2023年4月に博士課程へ入学したいという方は、今月末が清水との面談期限です。11月以降に出願表明をされても受付できませんので、2023年2月の2次募集受験を検討されている方はお急ぎください。 (2022.10.1)
清水研では教育を非常に重視しており、入学前に自習していただきたいオンライン教材を用意しています。学習には200時間ほどかかると思われますので、すでに4月の入学が内定している方々には半年前の10/1付で送付しています。届いていない方はメールでお知らせください。 (2022.10.1)
医学部医学科3年生、青葉萌奈美さんと伊東巧さんのページができました。二人とも授業とは全く関係なく自主的に出入りしていますし、課外時間に取り組みたいという優秀な医科歯科大学の学生さんを引き続き募集しています。 (2022.10.1)
清水が科学技術振興機構の「さきがけ」に採択されました。3年半にわたる大型グラントです。プレスリリースはこちら。 (2022.9.20)
清水が花王健康科学研究会助成に採択されました。 (2022.9.13)
お手軽な定額価格でGPU搭載スパコンやデータストレージサーバーを使用できるM&Dデータ科学センター独自のサービスについてのページをこちらで公開しました。学外の先生方もご利用いただけます。 (2022.8.17)
2023年度入学の博士課程出願 (1次募集) を締め切りました。若干名ですが引き続き2次募集を行います。2023年4月入学の博士課程をご希望の方は10月下旬までに清水との面談を終えてください。(2022.7.30)
11/30~12/2に予定されている第45回日本分子生物学会年会で清水が招待口演を行います。学会期間中に清水と幕張メッセで直接話をしたい先生・学生さんがいらっしゃいましたら、遠慮なくメールでご連絡ください。(2022.7.29)
清水が大樹生命厚生財団の医学研究助成に採択されました。がんの有望な治療標的タンパクに対する薬の構造最適化に関するプロジェクトです。(2022.7.29)
東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターは2020年の発足から2年が経ちました。そこで9月17日に「未来の医療を創る人材と技術」と題した2周年記念オンラインシンポジウムを行います。(2022.7.20)
清水が武田科学振興財団の医学系研究助成に採択されました。中分子AI創薬を見据えた基盤プロジェクトです。(2022.7.13)
私たちM&Dデータ科学センター構成員で開発した国内最高性能のデータストレージサーバーSHIRAUMEをリリースしました。ペタバイト級のビッグデータにデータサーバーおよびスーパーコンピューターの両者の計算資源を使って迫ります。 (2022.7.1)
2023年4月入学修士課程の大学院入試出願を締め切りました。当分野はバイオ系・数理系・文系と広範囲にわたる領域を専攻する4名の出願がありました。 (2022.6.25)
清水が発起人としてM&Dデータ科学センター (DSC) のslackコミュニティーを立ち上げました。生命科学・医歯保健領域におけるデータサイエンスに興味がある東京医科歯科大学教職員・学生117名の方が加わっています。学内の方は随時ご参加いただけます (2022.6.17)
バイオとデータサイエンスの両方に長ける次世代型の研究者を目指す意欲的な大学院生・学部生を募集しています。大学院生に関して、現在10名 (修士課程5名、博士課程5名) の方が見学に来て進学を前向きに考えています。学部生に関して、のべ12名の方が何らかの形で勉強・研究に励んでいます。詳しくはこちら (2022.6.16)
福田記念医療技術振興財団の研究助成に清水が採択されました。抗がん剤開発に関わるプロジェクトです。グラントページに追加しました (2022.6.9)
口腔病理学分野から上條陽輝さん (JST次世代研究者) がやってきました。メイン所属は口腔病理学ですが、当分野は「副指導」として博士号取得をサポートします。 (2022.5.30)
Twitterのページを新設しました (2022.5.30)
研究内容のページを更新しました。当分野では学内外の共同研究も合わせると現在20ほどのプロジェクトが進行中です。バイオメディカルデータサイエンスやシステム生物学等の研究を実験系や診療系の先生方と展開しています。(2022.5.17)
講師・特任助教の公募が始まりました。募集期間は7/15までで、メールで応募できます。公募要項は東京医科歯科大学のページをご覧ください。(2022.5.11)
清水が東京医科歯科大学の重点研究領域（公募班）に採択されました。AI創薬と免疫インフォマティクスの融合プロジェクトです。(2022.5.11)
国立・東京医科歯科大の大学院募集要項が発表されました。修士は6/20-6/24が出願期間で試験は8/2、博士は2回選考があり第1回は7/25-7/29が出願期間で9/27に試験です。詳しくはこちらをご覧ください。(2022.5.11)
清水の師匠である九大・中山敬一教授の会社Qイノベーションが日経バイオテクノロジー誌で紹介されました。Qイノベーションはバイオメディカル領域の技術について社会実装を目指すスタートアップで、その3事業のうち2つはもともとは清水が中心になって開発した技術がベースになっています。 (2022.4.22)
東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターの2022年版パンフレットができました。(2022.4.13)
東京医科歯科大学内に核酸・ペプチド創薬治療研究センター (TIDEセンター) が発足しました。当分野はTIDEのコアチームの1つとしてAIによる中分子創薬に挑戦します。(2022.4.1)
2022年度より東京医科歯科大学は指定国立大学法人になりました。国が定める10のトップ大学の1つとして研究活動にさらに力を入れていきます。(2022.4.1)
清水が東京大学理学部の第1412回生物科学セミナーで講演しました。多くの方にご参加いただきありがとうございました。(2022.3.30)
学部・修士課程の学生さんを主な対象としたオンラインのバイオメディカルデータサイエンス勉強会を立ち上げました。今の専攻や所属大学は問いません。現在7つの大学の学生10名が加わっています。詳細はこちら。 (2022.3.18)
共同研究がPNAS誌にアクセプトされました。リバイスにも丸1年かかった大作です。 (2022.3.11)
慶應義塾大学医学部5年の保住英希さんが加わりました。数学・統計・バイオインフォマティクスを独学で勉強したとのことで、今度は学部生での論文化を目指します。 (2022.3.7)
医学・バイオサイエンス系専門の和文雑誌「実験医学」編集部のご依頼を受け、清水秀幸が2022年度のモニターになりました。毎月のフィードバック等を通して、微力ながら誌面をよくするための助言を行います。(2022.2.22)
共同研究がNature Communications誌にアクセプトされました。「東京医科歯科大学AIシステム医科学分野」という名前が初めて論文に掲載されます! (2022.2.8)
清水秀幸が東京医科歯科大学・M&Dデータ科学センター・AIシステム医科学分野教授を拝命しました (2022.2.1)