データサイエンスで未来の医療を創る

Decoding Human Biology and Inventing Future Medicine

私たちはバイオインフォマティクスや数理モデリング、人工知能、そして量子情報科学を駆使した新しい時代のデータ駆動型生命医学研究により生命の謎を解く、そして未来の医療を創り出すことに挑戦している若いチームです。メンバーは医療、生命科学、数学・数理情報科学、工学、計算科学の異分野出身者からなり、データサイエンスを基軸とし大きく次の2種類のテーマに挑んでいます。
  • 疾患の原因・診断・治療等に関する研究
  • システム生物学、クリニカルインフォマティクスやAI創薬
  • 最終的な臨床応用を目指したテクノロジー開発
  • データサイエンスのテクノロジー、つまり新しいコンピューター解析手法 (量子情報科学を含む) の開発や、データ科学に基づく合成生物学

    What is Convergence medicine?

    現在の医療は全て先人たちのたゆまぬ基礎科学研究の成果に支えられていますが、残念なことにいまだ予防法や治療法のない疾患も多くあるのが現実です。現在の医療にブレークスルーをもたらすのは、医科学研究における革新的イノベーションで、これは単一の学問領域で起こることは極めて稀です。近年、これまでは互いに接点のない異なる分野/技術が融合・統合しながら新しい分野や技術を確立させていく、コンバージェンス(収斂)サイエンスが注目されています。私達の研究室では、データサイエンスを中核とした医科学研究に取り組んでおり、これによってパラダイムシフトが促され、新しい医療を生み出すことができると考えています。さらに、情報科学だけでなく制御工学・物理化学・量子化学の知見を医科学へ取り組み、もっと言えば次の時代の計算科学の中枢に来るであろう量子情報科学との融合も目指しています。これら異分野融合のコンバージェンス医学研究により次世代の医療を創出し、同時に次世代を担う医師・アカデミア研究者を育成することで人類社会に貢献していきます。

    Our team is growing

    2022年初頭に立ち上がった当研究室 (東京医科歯科大学M&Dデータ科学センター AIシステム医科学分野) は現在急速な拡大期にあり、2023年度には20名規模になりましたし、2024年度には30名規模になる見込みです。優秀で高い志を持つさまざまなバックグランドのメンバーと一緒に切磋琢磨しながら研究に取り組みませんか? 大学院生はもちろん、学部生から募集しています。名の通ったhigh impact journalを目指せる研究環境最高峰の教育システムの両者が備わっている研究室です。多様なバックグランドのメンバーとともにプロジェクトに参画でき共著論文も複数発表できるでしょう。その過程で大きな学びと次のステップに飛躍するための武器を提供しています (詳しくはこちら)。学生さんからポスドクの方まで、興味のある方はぜひ遠慮なく見学に来てください。一緒に未来の医療を創りましょう !

    Latest UPDates

    最終更新2024.4.12

    • 【New】データサイエンスの入門事項を学ぶ事前勉強会入門編 (春季)の募集を開始しました。 (2024.4.12)
    • 【New】清水が事業統括として申請した本学の次世代AI人材育成プログラムが採択されました。博士課程学生へ1人あたり年390万相当の支援が国からいただけるようになりました。プレスリリースはこちら (2024.4.7)
    • 【New】東京大学病院の研修医・土元 香菜子さんがチームに加わりました。 (2024.4.7)
    • 【New】新年度になり、博士課程に佐久間 智也さん・鈴岡 拓也さん、修士課程に小川 諒さん・博田 悠斗さん・増田 咲希さん、合わせて5人の大学院2期生が加わりました。 (2024.4.1)
    • 【New】麻生特任助教が正規の助教へ昇進しました。 (2024.4.1)
    • 【New】オンライン研究をしている川原田 明徳さん、大学院生の大谷 悠喜さんの解説記事「人工知能を活用した創薬研究」が「医学のあゆみ」誌に掲載されました。 (2024.3.29)
    • 【New】清水が日本情報オリンピック春季トレーニング合宿で講義をさせていただきました。名札はこちら。 (2024.3.21)
    • 【New】麻生特任助教が解析に携わった共同研究論文がCell Reports誌に掲載されました。こちら。ウイルスのバイオインフォマティクス解析での貢献です。 (2024.3.18)
    • 【New】清水が丸文研究奨励賞を受賞しました。この賞はエレクトロニクス分野の若手最高峰の賞ですが、医師としては初めての受賞となります。これまでの医療AI研究を高く評価していただきました。 (2024.3.15)
    • 【New】清水が豊田理研スカラーに採択されました。 (2024.3.12)
    • 【New】2025年4月に入学し大学院生として当研究室に所属を検討している方に向けたオンラインwebinarを4月15日 (月) 18時から行います。詳しくはこちら。もちろんwebinar前に直接見学も大歓迎です。 (2024.3.11)
    • 【New】私達の新たなプロジェクトが日経新聞に取り上げられました。こちら(2024.3.3)
    • 【New】清水が科研費・学術変革領域A「潜在空間分子設計」に採択されました。大野講師が基盤研究Bに採択されました。麻生特任助教が若手研究に採択されました。 (2024.2.29)
    • 【New】浜松医科大学医学科1年の松田 和己さんがオンライン研究制度を利用してチームに加わりました。 (2024.2.27)
    • 【New】清水がさきがけ領域会議にて研究成果を発表しました。 (2024.2.22)
    • 【New】2024年の夏に「医療AI・夏の学校」(仮) を開講予定です。初めての試みですのでどのようなニーズがあるのかも含めて調査中です。こちらのアンケートに回答いただけると幸いです。 (2024.2.20)
    • 【New】清水が情報オリンピック日本代表選考会 兼 春季トレーニングにおいて講演します。将来の情報科学界のリーダーとなる極めて優秀な高校生のみなさんと討論できるのを楽しみにしております。 (2024.2.19)
    • 【New】我々が分担者として参画する「中谷生体空間オミクス医療解析拠点Nakatani Biomedical Spatialomics Hub」が順天堂大内に立ち上がりました。生体組織・臓器の3次元構造情報を網羅的に解析する独自技術「セルオミクス」を拡張し、生体組織を全細胞解像度で解析する独創的な医工計測技術「Spatialomics」の確立、および脳腫瘍の特効薬開発を目指します。こちらをご覧ください。 (2024.2.16)
    • 東京科学大学AIシステム医科学分野での学振PDを希望する方の募集を開始しました。こちらをご覧ください。 (2024.2.2)
    • 医学部医学科1年生の中尾 昊寛さんがチームに加わりました。(2024.2.1)
    • 2025年4月の大学院入学を検討している方を対象としたオンラインWebinarを行い、15名前後の学外の学生さんが参加しました。今回参加できなかったけどオンデマンド配信をご希望の方はこちらのページから登録してください。記載内容を確認の上で後日オンデマンド配信ページとパスワードをご案内します。(2024.1.19)
    • 2024年になりました。当研究室は今年は2月に技術補佐員1名、4月に大学院生5名、秋にPreferred Networkなどで研鑽をつんだ研究員1名が新たに加わる予定で、コアメンバーは教員・研究員5、事務・技術補佐員3、大学院生7の15名体制になります。それ以外に現在のところ学部生が16名所属しております。一緒に共同研究をしてくださる先生はもちろん、私達のチームに加わりたい博士研究員大学院生を募集しておりますし、それ以外にもダブルメンター制度研究実践プログラムオンライン研究制度オンライン学生勉強会Biomedical Data Science Clubなど当分野独自の取り組みをいくつもしております (全貌はこちら)。ご希望の方は遠慮なくメールでご連絡ください。必ずお返事差し上げます。本年もどうぞよろしくお願いいたします。 (2024.1.4)
    • 修士課程1年の大谷 悠喜さんに日本分子生物学会から「MBSJ2023サイエンスピッチ優秀発表賞」が贈呈されました。「微⽣物学を学んだAIによる次世代の感染症創薬に向けて」という演題で口頭発表した内容・プレゼンが高く評価されています。(2023.12.21)
    • 修士課程1年の大田 航平さん・大谷 悠喜さん、学部4年の伊東 巧さん、スタッフの古賀 大介さんと麻生 啓文さん、そして清水が分子生物学会に参加しました。学生3人はこれがはじめての学会発表です。この学会で取り上げられていた主要トピックスや参加メンバーによるレポートはこちら(2023.12.19)
    • 講談社の皆様から新刊「システム生物学入門」をご恵贈いただきました。細胞・代謝・進化など生命科学のさまざまな現象を扱うための数学・物理学を無理なく習得できる構成になっており、日本語で書かれたシステム生物学の入門書としてとても優れています。写真はこちら(2023.12.15)
    • 大野講師の研究提案が上原記念生命科学振興財団に採択されました。潰瘍性大腸炎やクローン病といった自己免疫性腸疾患に、シングルセル解析とゲノムスケール代謝モデル構築から迫ります。(2023.12.13)
    • 順天堂大学・長崎大学の先生方との共同研究提案が採択され、「生体空間オミクス医療解析拠点」のデータ解析部門が清水研内に立ち上がります。大規模イメージングや3D病理学の先生らと連携し、Cellomicsおよびglioblastomaの革新的な治療薬創出を目指す5年間の大型プロジェクトが始動します。(2023.12.11)
    • 清水がTMDU感染症センターの設立記念講演会で特別講演を行いました。ポスターはこちら(2023.11.14)
    • 東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターのパンフレットができました (日本語版English Edition)。(2023.11.13)
    • 清水が花王健康科学研究会で研究成果を発表しました。(2023.11.11)
    • 東京大学のチームなどとの共同研究がScientific Reports誌に掲載されました。プロモーター領域におけるDNAのメチル化抑制が肝臓や骨格筋でどのような機能を持つのか、さまざまなオミクスデータを取得し統合解析しています。(2023.11.6)
    • 修士課程1年の大田 航平さん・大谷 悠喜さん、特任研究員の古賀 大介さんと清水がCBI学会2023に参加しました。この学会で取り上げられていた主要トピックスや参加メンバーによるレポートはこちら(2023.11.3)
    • 2024年4月入学の2期生5名を交えてオンラインの顔合わせと学生のみの座談会を行いました。(2023.11.2)
    • 医学科4年のプロジェクトセメスター発表会で、当教室で5ヶ月間研究をした伊東巧さんが学生さんたちの互選により1位に選ばれました。研究成果は12月の分子生物学会で発表します。(2023.10.28)
    • 清水が名古屋大学医学部・医学系研究科の科目「オミクス解析学」において講演しました。(2023.10.25)
    • 博士課程の大学院入試の結果が発表され、当分野を志望していた2名とも合格しました。これで2024年度は修士課程3名、博士課程2名、合わせて5名の清水研2期生が加わる見込みです。(2023.10.20)
    • 清水が第17回さきがけ研究者交流会で発表を行いました。また「パンデミック社会基盤」以外の領域のさきがけ研究者の方々と討論をしました。(2023.10.20)
    • 麻生特任助教の論文がGigaScience誌に掲載されました。ウイルスと自然免疫応答に関する内容です。業績リストに追加しました。(2023.10.18)
    • 清水がラジオNIKKEIの医学番組「感染症TODAY」に出演しました。(2023.10.16)
    • 医科歯科新4年生のプロセメ・研究室配属の希望者の見学を開始しました。今年の配属学生からの後輩へのメッセージはこちら(2023.10.15)
    • 日本癌学会学術総会の国際シンポジウム「AI opens up a new era of cancer research」で、清水が招待講演を行いました。(2023.9.21)
    • 修士課程1年の大田 航平さん・大谷 悠喜さん、学部4年の伊東 巧さん、特任研究員の古賀 大介さんがバイオインフォマティクス学会に参加しました。古賀さん以外の3人はこれが学会デビューです。この学会で取り上げられていた主要トピックスや参加メンバーによるレポートはこちら(2023.9.16)
    • 清水が持田記念医学薬学振興財団の研究助成に採択されました。創薬 DX を目指したプロジェクトです。(2023.9.11)
    • 清水が静岡県沼津市で行われた「さきがけ領域会議」で研究成果を発表しました。(2023.9.9)
    • 講師の大野 聡さんが分担執筆者になっている実験医学増刊「マルチオミクス データ駆動時代の疾患研究」が出版されます。オミクスだけでなくバイオインフォマティクス、システム生物学研究者は必見です。(2023.8.30)
    • 清水が10月15日 (Sun) に行われる本学の学祭である「お茶の水祭」で「異分野融合で創り出す未来医療~新大学で目指すConvergence Scienceとは何だろう?~」と題して中高生の方向けに未来志向の医学研究を噛み砕いてご紹介します。(2023.8.29)
    • 特任助教の麻生 啓文さんが筆頭著者の学術論文がGigaScience誌にアクセプトされました。ウイルスと宿主の関係について自然免疫と比較ゲノムの観点から迫った報告です。(2023.8.29)
    • バイオインフォマティクス認定技術者試験にプロジェクトセメスターで当教室配属中の医学科4年・伊東匠さんと修士課程1期生である大田航平さん・大谷悠喜さん全員が合格しました。(2023.8.28)
    • 2024年度入学の修士課程 (清水研2期生) の合格発表があり、当分野は受験した3人全員が合格しました。(2023.8.25)
    • 博士課程1年の小松 勇史朗さんと清水が共著者になっている学術論文がCell Reports誌に掲載されました。論文はこちら(2023.8.3)
    • 東京医科大学5年の大脇 恵人さんと旭川医科大学3年の辻田 悠希さんが加わりました。オンライン研究に挑戦したい意欲的な学生さんは引き続き募集しています。(2023.8.3)
    • 2024年度入学博士課程希望者の2次募集を開始しました。募集定員は最大で若干名ですし受け入れ条件を満たす方がいない場合には2次募集はとりません。希望する方は当ホームページを熟読の上、ご連絡ください。(2023.7.24)
    • 脳神経血管内治療学会にご招待いただき、清水が「医療とAI」に関する基調講演を行いました。(2023.7.22)
    • 清水が招待制のJAFOE 2023シンポジウムで口頭発表を行いました。(2023.7.21)
    • 共同研究がCell Reports誌にアクセプトされました。(2023.7.18)
    • 大野講師のマルチオミクスAIに関するプロジェクトが武田科学振興財団の医学系研究助成に採択されました。(2023.7.6)
    • 清水が2023年度の科研費・挑戦的研究に採択されました。中分子創薬の理論に関する3年間のプロジェクトです。(2023.6.30)
    • 2023年 夏のOpen Lab 参加希望者の募集を開始しました。半日あるいは1日の研究室インターンのようなもので、普段は非公開の研究室内イベントに参加できます。(2023.6.16)
    • 当研究室メンバーの医学科1年生萩原 千晴さんがこの夏に行われる国際情報オリンピックの日本選手団随行員に選出されました。数学オリンピックの情報学バージョンであり、日本代表選手団の1人に選ばれたのはとても名誉あることです。(2023.6.9)
    • 清水がヨーロッパのChugai Cancer Summitにおいてがん領域におけるAIについて講演し、日本を代表して欧州のがんの専門家たちとパネルディスカッションを行います。詳しくはこちら(2023.6.8)
    • 学部の間に論文を執筆した保住さんから後輩の学部生さんに向けたメッセージをいただきました。(2023.6.3)
    • 清水研の歓迎会を行いました。(2023.6.2)
    • 研究室のJournal Club (論文輪読会) へゲスト参加してみたい学生さんの募集を開始しました。詳しくはこちら(2023.6.1)
    • 母校・東北大学医学部からお祝いをいただきました。詳しくはこちら(2023.5.30)
    • 医学科4年生のプロジェクトセメスターが始まり、当研究室にはいずれも昨年より自主的に出入りしていた青葉 萌奈美さん、伊東 巧さんの2人が配属されました。5ヶ月間、データ解析の修得と学術研究に専念します。(2023.5.29)
    • 医学科1年萩原 秀亮さん、保健衛生学科検査技術学専攻1年檜垣 里佳さんがチームに加わりました。(2023.5.17)
    • 2024年4月入学の大学院希望者を募集中です。現在までにいずれも学外の11名の方が面談にいらっしゃっています。(2023.5.16)
    • 2024年度の修士課程へ入学を希望する方の面談期間がまもなく終わりになります。面談を遅くとも月内に、出願意向表明を遅くとも6月上旬に行わないと8月の院試を受けることができません。まだ検討中の方はあと1ヶ月になりました。(2023.5.6)
    • 大学院を検討している方を対象にしたWebinarを5/19 (金) 18時から開催します。詳しくはこちら(2023.5.6)
    • 九州大学から古賀 大介先生が特任研究員として着任しました。(2023.5.1)
    • 医学部医学科2年生山村 大樹さんがチームに加わりました。(2023.4.29)
    • 医学部医学科2年生篠田 晃希さん、牛島 こころさんがチームに加わりました。(2023.4.28)
    • 医学部医学科6年生遠藤 玄さん医学部医学科1年生萩原 千晴さんがチームに加わりました。(2023.4.26)
    • 東北大学主催の第1回医学AIセミナーで清水が招待講演を行いました。ハイブリッド開催で、zoomでは300名近くの方に聴講いただきありがとうございました。(2023.4.25)
    • 4年に1度開かれる日本医学会総会において、清水が招待講演を行いました。今回のテーマ「ビッグデータが拓く未来の医学と医療」にちなんで、Biomedical Data Science Clubにおける次世代育成の取り組みを紹介しました。(2023.4.22)
    • 東京医科歯科大学の医学科1年生、松村 直樹さんがチームに加わりました。(2023.4.9)
    • 2024年 (または2025年) 4月入学の大学院を検討している方を対象にしたミニセミナーを4/19 (水) 18時よりオンラインで行います。カメラオフで参加することができます。詳細はこちら(2023.4.7)
    • 慶應義塾大の医学生だった保住 英希さん (現・1年目研修医)の論文がPNAS Nexus誌にアクセプトされました。1915年から続く名門誌PNASが昨年創設したsister journalです。清水研はできてまだ1年ちょっとですが、すでに複数の学部生が論文を書いています。学外の学生さんも、まずはBiomedical Data Science Clubからどうぞ。(2023.4.6)
    • 本学修士課程の新入生120名を代表して当研究室の大田 航平さんが大学院入学式の入学生宣言をしました(2023.4.6)
    • 共同研究論文がCell Reports誌にアクセプトされました。(2023.4.6)
    • チームのページに集合写真を掲載しました。写真には映っていないですが、他にオンラインベースで研究に取り組んでいる方々がいます。(2023.4.4)
    • 特任助教として京大・東大 両所属の麻生 啓文先生が着任されました。博士課程に小松 勇史朗さん、修士課程に大田 航平さん、大谷 悠喜さん、大村 拓生さんが大学院1期生として入学しました。また、技術補佐員としてIT系の民間企業での勤務が長くKaggle Expertでもある脇阪 康成さん、事務補佐員として東証一部上場の大手企業の正社員や学術機関等を歴任されてきた田中 和子さんがチームに加わりました。(2023.4.3)
    • 医学科2年生後藤 孝太さんがチームに加わりました。(2023.3.28)
    • 2024年4月入学の大学院希望者を募集中です。現在までにいずれも学外の8名の方が面談にいらっしゃっています。(2023.3.22)
    • 医学部医学科3年生、北村 匡さんがチームに加わりました。研究実践プログラムも兼ねています。(2023.3.21)
    • 羊土社の新刊「Pythonで実践 生命科学データの機械学習」について、制作秘話やこの本で学べることを記したショートエッセイを公開しました。(2023.3.20)
    • 社会人大学院生 (博士課程) の受け入れ条件を改定し、より多様なキャリアの方々にご相談いただけるようになりました。興味のある方はまずは「事前問い合わせ」をお願いいたします。(2023.3.20)
    • 当研究室の研究内容のごく一部について、その概要動画ができました。動画は英語ですが、大学からの依頼で英語圏ではない方も容易に理解できるよう非常にゆったりとした英語で話している上に字幕付きです。動画はこちら(2023.3.15)
    • 2024年 (または2025年) 4月入学の大学院を検討している方を対象にしたミニセミナーを3/27 (月) 18時よりオンラインで行います。カメラオフで参加することができます。詳細はこちら(2023.3.13)
    • 清水の書籍「Pythonで実践 生命科学データの機械学習」が羊土社から出版されます。機械学習の基礎から始まり画像・ゲノム・シングルセル・オミクス・AI創薬・中分子、全部入りで445ページの大ボリュームです。(2023.3.6)
    • 清水が米国ノースウェスタン大学の先生方にお招きいただきオンライン講演を行いました。(2023.3.4)
    • 清水が科研費の基盤Bに採択されました。データ科学と生命科学実験の融合によりがんに対する個別化治療戦略の立案を目指しますグラントのページに追加しました。(2023.2.28)
    • オンラインで当研究室の簡単な紹介を行い、2024年度大学院進学先の候補の1つとして考えている19名の方が参加されました。3月下旬にも同じ内容でイベントを企画予定です。このオンライン説明会はオプションですので、前向きに検討している方はぜひ一度遊びにきてください。個別面談やラボメンバーとのトーク、そして施設ツアーを行います。研究室訪問はすでに3名の方がいらっしゃっています。(2023.2.21)
    • 清水が千里ライフサイエンスセミナーT5「バイオインフォマティクスの最前線」で招待講演を行いました。800名近くの方に聴講いただきありがとうございました。(2023.2.20)
    • 研究補助員 (技術補佐員) の募集を開始しました。実験補助を通じて医療に貢献してくださる方を募集しています。実験の経験がなくても大丈夫です。詳しくはこちら(2023.2.18)
    • 清水研の大学院生を検討している方を対象としたオンライン説明会を2/21 (火) に行います。事前登録はこちらからお願いします。(2023.2.10)
    • 清水がLabTech talkに登壇し「医療におけるAIの活用と課題」について90分の招待講演を行いました。ご参加いただきありがとうございました。(2023.2.10)
    • 沖田 大和さんがチームに加わりました。ダブルメンター制度で専門の先生方と組み、治療抗体の安定性に実験とデータ科学をハイブリッドさせて挑みます(2023.1.28)
    • 博士号取得見込み~取得後3年の新進気鋭のポスドクの方を対象にしたネクストキャリア制度を開始しました。(2023.1.26)
    • 中新井田 悠太さんがチームに加わりました。今月から募集開始しているダブルメンター制度で、眼科における医療DXを目指します。(2023.1.26)
    • 清水が長崎で開催されたJSTさきがけ領域会議にて研究発表を行いました。(2023.1.22)
    • これまで実験を専門にしてきて、これからデータ解析も勉強したいという先生を特任助教ないし特任研究員としてお迎えします。興味と熱意のある方はお気軽にご連絡ください。適任者が決まり次第、募集を締め切ります。(2023.1.17)
    • データ解析はじめてコースがスタートしました。「ベーシックな解析については自分たちでできるようになりたい」というご要望に応えるデータ解析初学者の方を対象としたコースです。(2023.1.16)
    • 東京医科歯科大学・薬物動態学分野 修士1年生がチームに加わりました。現在のテーマと並行して、我々とともに創薬情報科学の研究に取り組みます。(2023.1.12)
    • 東京大学から1月1日付けで大野 聡 講師が着任しました。チームのページにプロフィール等を追加しました。(2023.1.11)
    • オンライン研究で他大学の学部生さんが筆頭著者として執筆した論文がとある有名な国際学術誌の査読に概ね合格し、現在アクセプト前の修正 (リバイス) をしています。学生のうちに論文を書きたいという意欲的な学生さんを全国から受け入れています。オンライン研究の詳細はこちら(2023.1.9)
    • AIシステム医科学分野の事前勉強会のうち、5~6月頃に行う入門編春季コースの募集をしています。2023年の早いうちに当教室に加わりたい学生さんは半年に1回のこの勉強会にぜひご参加ください (dutyではありませんが)。(2023.1.9)
    • 2023年度に常勤に近い形で研究と勉強に取り組みつつ、2024年4月に当研究室に大学院生として加入したいという方を最長1年間技術補佐員として雇用します。詳細はこちらのページをご覧ください。(2023.1.9)
    • 2023.1.26 (木) の夕方に九州大学が最新のタンパク絶対定量技術のオンラインセミナーを開催します。興味のある方はセミナーのページから詳細確認 & 申し込みができます。(2023.1.8)
    • 2023年になりました。2022年2月に1人で立ち上げた当研究室も、順次メンバーが加わり今年の6月までに15~20名規模のチームとなる見込みです。一緒に共同研究をしてくださる先生はもちろん、私達のチームに加わりたい博士研究員大学院生を募集しておりますし、それ以外にもダブルメンター制度研究実践プログラムオンライン研究制度オンライン学生勉強会Biomedical Data Science Clubなど当分野独自の取り組みをいくつもしております (全貌はこちら)。ご希望の方は遠慮なくメールでご連絡ください。必ずお返事差し上げます。本年もどうぞよろしくお願いいたします。 (2023.1.1)
    • 今年最後の更新として、今日から使えるリソース集を公開しました。実験系の先生方にもマウス操作のみで使えるものが多いです。ぜひご活用ください。 (2022.12.25)
    • 特任助教の公募を締め切りました。結果は1ヶ月後の1/20くらいまでに大学事務局から通知させていただく予定です。 (2022.12.20)
    • 2024年4月入学の大学院 (修士課程・博士課程) 見学を受付中です。面談は随時可能で、現在3名の方が見学にいらっしゃっています。 (2022.12.12)
    • 川原田明徳さん (九州大学医学科5年) がチームに加わりました。(2022.12.12)
    • 佐藤良糸さん (福井大学医学科3年) がチームに加わりました。(2022.12.9)
    • 大和真弥さん (東北大学医学科4年) がチームに加わりました。(2022.12.7)
    • 清水が第45回分子生物学会年会にて黒田真也 先生 (東大理学部)・富井健太郎 先生 (産総研・人工知能センター) にご招待いただき口頭発表をしました。また学会期間中にはたくさんの先生方とお話させていただきました。ありがとうございました。次の国内での発表は2月で、岡田随象 先生 (大阪大・東大)・ 田宮元 先生 (東北大) にご招待いただき千里ライフサイエンスセミナーT5  「バイオインフォマティクスの最前線」に登壇します。(2022.12.3)
    • 事務補佐員 (週15時間) および情報解析系の技術補佐員 (週30時間) 、学生インターン (週6時間)として私たちの研究をサポートしてくださる方の募集を開始しました。適任の方が見つかり次第締め切らせていただきます。ご検討いただける方は個別にメールで書類をお送りください。 (2022.11.30)
    • 2022.11.30~2022.12.2に開催される日本分子生物学会年会で発表します。また、会期期間中はずっと会場である幕張メッセにおりますので、清水に直接会って研究や進路等の話をしたい先生・学生さんがいらっしゃいましたら遠慮なくメールでご連絡ください。私が発表するセッション以外の時間であれば、いつでもお会いできる可能性があります。 (2022.11.25)
    • 清水が興和生命科学振興財団の研究助成に採択されました。 (2022.11.25)
    • 医科歯科の重点研究領域で行われた第1回の領域全体班会議において清水が講演をしました。ポスターはこちら(2022.11.16)
    • 奈良先端科学技術大学院大学の作村諭一先生にご招待いただき、情報科学領域・バイオサイエンス領域の博士課程向け「データサイエンス特別講義」で清水が英語による90分講義を行いました。 (2022.11.10)
    • 私たちは多階層にわたる学びの機会を提供しています。その全体像をまとめたページをこちらで公開しました。 (2022.11.7)
    • 2023年4月入学予定の1期生を中心とした新メンバーの顔合わせを行い、同時に新入生のオンライン事前勉強会がスタートしました。2023年度は多様なバックグランドをもつ10名超のチームになります。引き続きどうぞよろしくお願いいたします。 (2022.11.6)
    • 医学を含む広義のライフサイエンス系の博士課程の学生さん向けに、高度な数理情報科学を伝授するダブルメンター制度を創設しました。米国Harvard Medical School留学時代の経験をもとに開発した制度です。オンラインなので全国どこの研究機関・医療機関の方でも大丈夫です。上の先生からの許可が大前提ですが、現在の専攻にプラスしてインフォマティクスというダブルメジャーを目指しませんか?  (2022.11.6)
    • 保住英希さん (慶應義塾大学医学部6年) の論文がmedRxivで公開されました (こちら)。学部生がオンライン研究チャレンジ制度で半年間で書き上げた論文です。時間のある学部生時代にAIやバイオインフォマティクス・クリニカルインフォマティクス・システム生物学等の研究および論文発表に挑戦したいという意欲的な学生さんを募集しています。オンラインなので全国どこにお住まいでも大丈夫です。 (2022.11.5)
    • 医科歯科で医療や生命科学を学びたい東工大所属の学生さんの募集を開始しました。今はまだ手探りですが、少しずつconvergence scienceを目指していきます。詳しくはこちら(2022.11.3)
    • 清水が公益財団法人・大川情報通信基金の研究助成に採択されました。 (2022.11.1)
    • 医学部保健衛生学科1年生、高野日向子さんがチームに加わりました。 (2022.10.22)
    • 2023年4月1日に着任していただける特任助教の先生 (博士号取得見込みの学生さんも可) を探しています。12/20まで2ヶ月間募集しますので、興味のある方はこちらのページもご覧ください。 (2022.10.18)
    • 本学・研究実践プログラムおよび研究者養成コースの案内ページを開設しました。 (2022.10.17)
    • 東京医科歯科大学4年生のプロジェクトセメスター・研究実習についてのページを開設しました。現在当研究室を志望する学生さんを募集中ですのでお気軽にお問い合わせください。 (2022.10.14)
    • 生命医科学とデータサイエンスの両方に長ける次世代型の研究者・医療者を目指す意欲的な学部生を募集しています。オンライン研究指導も可能で、現在複数の学部生が筆頭著者として英語の論文を執筆中です (学部生の声はこちら)。また本学の学生さんはさらに膨大な教育リソース&スーパーコンピューター&専用の研究室へのアクセスも可能です。東大をはじめ全国さまざまな大学・学部に通う優秀な仲間たちとのオンライン勉強会Biomedical Data Science Clubも好評で、1年生を含む17名の学部生が所属しています。詳しくはこちら 。いずれも随時募集中です。 (2022.10.10)
    • 研究論文がiScience誌にアクセプトされました。AI創薬プラットフォーム・LIGHTHOUSEの開発に関する論文です。 (2022.10.5)
    • 2023年4月に博士課程へ入学したいという方は、今月末が清水との面談期限です。11月以降に出願表明をされても受付できませんので、2023年2月の2次募集受験を検討されている方はお急ぎください。 (2022.10.1)
    • 清水研では教育を非常に重視しており、入学前に自習していただきたいオンライン教材を用意しています。学習には200時間ほどかかると思われますので、すでに4月の入学が内定している方々には半年前の10/1付で送付しています。届いていない方はメールでお知らせください。 (2022.10.1)
    • 医学部医学科3年生、青葉萌奈美さんと伊東巧さんのページができました。二人とも授業とは全く関係なく自主的に出入りしていますし、課外時間に取り組みたいという優秀な医科歯科大学の学生さんを引き続き募集しています。 (2022.10.1)
    • 清水が科学技術振興機構の「さきがけ」に採択されました。3年半にわたる大型グラントです。プレスリリースはこちら。 (2022.9.20)
    • 清水が花王健康科学研究会助成に採択されました。 (2022.9.13)
    • お手軽な定額価格でGPU搭載スパコンやデータストレージサーバーを使用できるM&Dデータ科学センター独自のサービスについてのページをこちらで公開しました。学外の先生方もご利用いただけます (2022.8.17)
    • 2023年度入学の博士課程出願 (1次募集) を締め切りました。若干名ですが引き続き2次募集を行います。2023年4月入学の博士課程をご希望の方は10月下旬までに清水との面談を終えてください 。(2022.7.30)
    • 11/30~12/2に予定されている第45回日本分子生物学会年会で清水が招待口演を行います。学会期間中に清水と幕張メッセで直接話をしたい先生・学生さんがいらっしゃいましたら、遠慮なくメールでご連絡ください。(2022.7.29)
    • 清水が大樹生命厚生財団の医学研究助成に採択されました。がんの有望な治療標的タンパクに対する薬の構造最適化に関するプロジェクトです。(2022.7.29)
    • 東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターは2020年の発足から2年が経ちました。そこで9月17日に「未来の医療を創る人材と技術」と題した2周年記念オンラインシンポジウムを行います。(2022.7.20)
    • 清水が武田科学振興財団の医学系研究助成に採択されました。中分子AI創薬を見据えた基盤プロジェクトです。(2022.7.13)
    • 私たちM&Dデータ科学センター構成員で開発した国内最高性能のデータストレージサーバーSHIRAUMEをリリースしました。ペタバイト級のビッグデータにデータサーバーおよびスーパーコンピューターの両者の計算資源を使って迫ります。 (2022.7.1)
    • 2023年4月入学修士課程の大学院入試出願を締め切りました。当分野はバイオ系・数理系・文系と広範囲にわたる領域を専攻する4名の出願がありました。 (2022.6.25)
    • 清水が発起人としてM&Dデータ科学センター (DSC) のslackコミュニティーを立ち上げました。生命科学・医歯保健領域におけるデータサイエンスに興味がある東京医科歯科大学教職員・学生117名の方が加わっています。学内の方は随時ご参加いただけます (2022.6.17)
    • バイオとデータサイエンスの両方に長ける次世代型の研究者を目指す意欲的な大学院生・学部生を募集しています。大学院生に関して、現在10名 (修士課程5名、博士課程5名) の方が見学に来て進学を前向きに考えています。学部生に関して、のべ12名の方が何らかの形で勉強・研究に励んでいます。詳しくはこちら  (2022.6.16)
    • 福田記念医療技術振興財団の研究助成に清水が採択されました。抗がん剤開発に関わるプロジェクトです。 グラントページに追加しました (2022.6.9)
    • 口腔病理学分野から上條陽輝さん (JST次世代研究者) がやってきました。メイン所属は口腔病理学ですが、当分野は「副指導」として博士号取得をサポートします。 (2022.5.30)
    • Twitterのページを新設しました (2022.5.30)
    • 研究内容のページを更新しました。当分野では学内外の共同研究も合わせると現在20ほどのプロジェクトが進行中です。バイオメディカルデータサイエンスやシステム生物学等の研究を実験系や診療系の先生方と展開しています。(2022.5.17)
    • 講師・特任助教の公募が始まりました。募集期間は7/15までで、メールで応募できます。公募要項は東京医科歯科大学のページをご覧ください。(2022.5.11)
    • 清水が東京医科歯科大学の重点研究領域(公募班)に採択されました。AI創薬と免疫インフォマティクスの融合プロジェクトです。(2022.5.11)
    • 国立・東京医科歯科大の大学院募集要項が発表されました。修士は6/20-6/24が出願期間で試験は8/2、博士は2回選考があり第1回は7/25-7/29が出願期間で9/27に試験です。詳しくはこちらをご覧ください。(2022.5.11)
    • 清水の師匠である九大・中山敬一教授の会社Qイノベーションが日経バイオテクノロジー誌で紹介されました。Qイノベーションはバイオメディカル領域の技術について社会実装を目指すスタートアップで、その3事業のうち2つはもともとは清水が中心になって開発した技術がベースになっています。 (2022.4.22)
    • 東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターの2022年版パンフレットができました。(2022.4.13)
    • 東京医科歯科大学内に核酸・ペプチド創薬治療研究センター (TIDEセンター) が発足しました。当分野はTIDEのコアチームの1つとしてAIによる中分子創薬に挑戦します。(2022.4.1)
    • 2022年度より東京医科歯科大学は指定国立大学法人になりました。国が定める10のトップ大学の1つとして研究活動にさらに力を入れていきます。(2022.4.1)
    • 清水が東京大学理学部の第1412回生物科学セミナーで講演しました。多くの方にご参加いただきありがとうございました。(2022.3.30)
    • 学部・修士課程の学生さんを主な対象としたオンラインのバイオメディカルデータサイエンス勉強会を立ち上げました。今の専攻や所属大学は問いません。現在7つの大学の学生10名が加わっています。詳細はこちら。 (2022.3.18)
    • 共同研究がPNAS誌にアクセプトされました。リバイスにも丸1年かかった大作です。 (2022.3.11)
    • 慶應義塾大学医学部5年の保住英希さんが加わりました。数学・統計・バイオインフォマティクスを独学で勉強したとのことで、今度は学部生での論文化を目指します。 (2022.3.7)
    • 医学・バイオサイエンス系専門の和文雑誌「実験医学」 編集部のご依頼を受け、清水秀幸が2022年度のモニターになりました。毎月のフィードバック等を通して、微力ながら誌面をよくするための助言を行います。(2022.2.22)
    • 共同研究がNature Communications誌にアクセプトされました。「東京医科歯科大学AIシステム医科学分野」という名前が初めて論文に掲載されます! (2022.2.8)
    • 清水秀幸が東京医科歯科大学・M&Dデータ科学センター・AIシステム医科学分野教授を拝命しました (2022.2.1)

    Our Mission

    「大規模データ取得」

    「データ科学による仮説形成」

    「生命科学実験による検証」

    これら「三位一体」サイクルを共同研究者とともに有機的に回すことで医歯薬学を大きく加速させ、「世代を超えた人類のトータル・ヘルスケア」の実現に貢献します

    healthcare

    BIOINFORMATICS FOR HEALTHCARE

    医師としての専門的な知見をベースにして、健康・疾患データならではの課題に対処するための解析手法・ツールの開発や、患者さんの層別化に関する研究を行っています。

     

    AI Drug Discovery

    広大な化合物の「海」からほとんど手がかりなしに目的の化合物を「照らし出す」私たちのAI創薬システムLIGHTHOUSE (灯台) が新聞・テレビに大きく報道されました。

    現在はLIGHTHOUSEをさらに拡張させ、物理化学法則を取り込んだ創薬基盤プラットフォームの開発をしています。また、低分子医薬品の発見はもちろん、中分子・抗体医薬といったより複雑な分子デザインにも挑戦しています。

    Web
    Web

    SYSTEMS AND MATHEMATICAL MEDICINE

    生体システムの破綻としてのがんという側面に注目し、大規模計測データの数理・情報学的解析によってがんの生物学により深く切り込み、またよりよい併用療法の提案についての研究をしています。

    Harnessing the nature for future therapeutics

    自然界、特に微生物がもつ性質をデータマイニングし、ハーバード研究留学時代に学んだシステム生物学・合成生物学の手法と併せ、未来のためのスマート治療法の開発を目指しています。

    Web
    220604

    BIOLOGICALLY INSPIRED COMPUTATION

    生命科学に、そして最終的には医療に還元するためには、バイオテクノロジーへの投資が不可欠だと考えています。

    データ科学を武器に次世代のライフサイエンスにイノベーションを起こしうるような、萌芽段階にあるテクノロジーの研究をしています。

    developing human resources

    私たちは教育を極めて重視しており、いずれ各分野で大活躍する大学院生と意欲的な学部生に早期から数理情報学・生命医科学の教育および修行の場と発表の機会を提供することで、未来の科学界に大きな投資をしています。

    education
    collaboration

    Collaboration with skillful experts

    学内外のさまざまな領域の先生方との共同研究を積極的に行い、生命科学・医科学に残された大きな難題に取り組んでいます。

    OUR WORKS

    私たちの最近の発表済み研究成果について、ほんの一部をご紹介します。クリックするとそれぞれのちょっとした解説つき個別ページが開きます。研究成果の全リストはこちらのページをご覧ください。

    乳がん根治療法に向けた静止期追い出し療法
    臨床統計と人工知能で乳がん患者の予後を精密予測
    難治性乳がんの原因となる腫瘍内多様性発生のメカニズムを解明
    三位一体研究でがん代謝100年の謎に迫る
    化合物の「海」を手がかりなしで探索するAI創薬「LIGHTHOUSE」の開発
    肝臓の過剰な鉄が肝臓がんを引き起こす仕組み
    データ科学による翻訳開始点同定手法TISCAの開発
    In MEDIA

    私たちは科学的にはもちろんのこと、「social impact」のある研究を目指しており、その成果はテレビや新聞・ネットニュースなど各メディア様に大体的に取り上げていただきました。クリックするとそれぞれの個別ページが開きます。プレスリリース・各種報道の全リストはこちらのページをご覧ください。

    LIGHTHOUSE-TV
    LIGHTHOUSE-西日本新聞
    LIGHTHOUSE-読売新聞
    乳がん予後スコアmPS-NHK
    乳がん予後スコアmPS-日経新聞
    LIGHTHOUSE-朝日新聞
    LIGHTHOUSE_毎日新聞
    LIGHTHOUSE_産経新聞
    LIGHTHOUSE_日テレ
    LIGHTHOUSE_日経デジタルヘルス
    our team
    heroes
    BOARD

    ここには私達の研究グループメンバーが獲得した賞状などを掲載します。

    工事中

    Under Construction

    0
    Projects supported
    0
    Patents
    0
    Research funds this year
    0
    Accesses since 2022.2.1
    RESEARCH Environment
    私たちの所属は東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターです (パンフレットはこちら)。
    センターからはアカデミアとしては国内最高レベルの計算環境 (スパコンSHIROKANEの最上級モードやスパコンFugakuなど) が利用できます。
    また、それ以外に私たちの研究室は一般的な分子細胞生物学実験環境にもアクセスできるようになっています。
    詳細は下記のボタンをクリックしてください。
    SUPER Computing

    私達の研究室は国内トップクラスの計算環境を保持しています。

    医療系に特化した唯一の国立大学の所属であり、バイオメディカルデータサイエンスを学ぶにはまさにうってつけです。

    さらに、人と情報の流れが速い東京の中心にいることで、AIの各種研究会などさまざまな学びと成長の機会があります。

     

    BiomedicaL access

    私達のスタッフは、医療系の免許・経験か生命科学実験の論文を豊富に持っています。

    数理・情報科学はもちろん、生命科学・医歯薬学領域を幅広く学ぶことができます。

    この両者に専門性をもつ人材は現状稀有であるため,研究・企業から引く手あまたです。

    Massive Resources

    私達は教育を非常に重視しています。

    研究に関するdiscussion・論文抄読会・技術勉強会を通して自立した科学者を養成しますし、入学1年の間は集中的なゼミもあります。

    さらに、他のラボの追随を許さない1万ページを超えるデータサイエンス教材・プロトコル・過去の書類などのリソースを作成・シェアしており、日曜等に自宅からでも自習できます。