日本語で書かれたチュートリアル

バイオインフォマティクスに関する各言語のツールレポジトリー

  • Biopython: Pythonによる生物学的コンピューティングのためのツール
  • Bioconda: バイオインフォマティクスソフトウェアに特化した conda パッケージマネージャのチャンネル。3000以上のツールが利用可能
  • Bioconductor: ハイスループットなゲノムデータ解析のためのRパッケージ集。
  • Bioperl: バイオインフォマティクスやゲノミクス・ライフサイエンスのためのPerlツール集。
  • BioJulia: プログラミング言語Juliaによるバイオインフォマティクス関連レポジトリー

作図・可視化関連リソース

  • R Graphical Manual: Rを使った作図レシピ集。書きたい図を選択するとそのコードが表示される
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代表的な英語の情報源

  • Biostars: バイオインフォマティクスに関するQ&Aサイトおよび教育コンテンツ
  • RNA-Seq Blog: NGS関連の新しい研究を紹介するブログ
  • Towards Data Science: データサイエンスに関するブログ、さまざまな著者がいるので玉石混交
  • Towards AI: AIに関するブログ、さまざまな著者がいるので玉石混交
  • Youglish: 英単語を検索すると、その単語がYouTube動画でどのように発音されているか調べることができるツール

論文執筆支援ツール

  • DeepL : 多言語翻訳ができる。ただし無料版は翻訳内容がサーバーに送られるので,未発表の研究内容の翻訳には注意が必要
  • みらい翻訳: 日本製の自動翻訳ツール
  • Grammarly: 論文校正依頼する前に自分で誤字脱字や文法エラーを確認できる。
  • QuillBot: 文章をネイティブ風に書き換えてくれる
  • Overleaf : 環境構築が不要で,オンラインでtexを使用できる。

COVID-19関連

  • COVID19db: SARS-CoV-2トランスクリプトームと創薬 
  • Ensembl COVID-19 resource : SARS-CoV-2の統合公開データ 
  • ESC: SARS-CoV-2免疫逃避バリアント 
  • SCoV2-MD: SARS-CoV-2タンパク質のMD計算とバリアント解釈
  • T-cell COVID-19 Atlas: SARS-CoV-2ペプチドとHLAアレルとの親和性の予測
  • VarEPS: SARS-CoV-2バリアントや治療法

タンパク質関係

タンパク・核酸相互作用

ゲノム関係

  • 3′aQTL-atlas: ヒト正常組織における3′UTR alternative polyadenylation quantitative trait lociアトラス。
  • Animal-eRNAdb : 動物10種類のエンハンサー のデータベース
  • ASMdb: アリル特異的DNAメチル化データベース 
  • CircleBase: ヒト染色体外の環状DNA
  • CompoDynamics: ゲノム間の塩基配列の構成と特徴 
  • CyanoOmicsDB: シアノバクテリアのゲノミクスとトランスクリプトミクス
  • EVA: ヨーロッパのゲノムバリエーションのアーカイブ
  • EWAS Open Platform: EWAS (epigenome-wide association studies) 研究のための解析プラットフォーム
  • SomaMutDB: ヒト正常組織における体細胞突然変異 

癌関係

  • CancerMIRNome: TCGAや血中におけるmiRNAデータベース
  • CancerSCEM: がんにおける1細胞レベルでの遺伝子発現データ
  • CTR-DB: がん患者由来の臨床トランスクリプトームと薬物反応
  • lncRNAfunc: がんにおけるlncRNAの役割 
  • GPEdit: がんにおけるA-to-I RNA編集
  • OncoDB: がんにおける遺伝子発現とウイルス感染
  • SPENCER: がんにおいてnon-coding RNAにコードされるペプチド
  • TISMO: マウスの腫瘍モデル 

遺伝子発現制御

  • Gene Expression Nebulas: 生物種、バルク、単一細胞にまたがる発現プロファイル 
  • GRAND: ヒト組織、癌、細胞株、低分子薬剤から得られた遺伝子制御ネットワークコレクション
  • miTED: microRNA組織発現データベース
  • TF-Marker: 特に細胞マーカーとして働くヒト転写因子

タンパク関係

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  • Human Proteoform Atlas : ヒトのproteoformのデータベース
  • Kincore: プロテインキナーゼの配列、構造、系統図
  • SYNBIP: 合成された結合タンパク質 リスト

疾患情報関係

  • BrainBase: 脳疾患の知識データベース
  • circMine: 健康および疾患におけるヒトcircRNAのトランスクリプトーム

患者データ

シングルセル関係

  • DISCO: シングルセルオミクスの統合
  • scEnhancer: ヒト・マウス・ハエの1細胞エンハンサーアノテーション
  • scMethBank: シングルセルメチル化データ

その他NGSデータ

  • proCHiPdb:  原核生物のクロマチン免疫沈降データベース
  • webTWAS:  TWASアトラス

薬関係

  • CeDR: scRNA-seqから見る健康・疾病における薬物応答 
  • CovPDB: 共有結合の阻害剤とその複合体
  • DDinter: 薬物-薬物相互作用
  • NCATS Inxight: Drugs: 薬物の性質と調節 

生薬関係

  • NPCDR: 医薬品と天然物の組み合わせと疾患  
  • NP-MRD:  天然物の磁気共鳴データベース 

免疫関係

  • INDI: ナノボディをさまざまなデータリソースから自動収集
  • SPICA: 免疫細胞解析のためのポータルサイト

微生物関係

  • AMDB: 動物のマイクロバイオームデータベース
  • ARTS-DB: 抗生物質耐性ターゲットデータベース
  • MVIP: 様々な生物種のウイルス感染下でのマルチオミクスデータ
  • NMDC Data Portal: 微生物のマルチオミクスデータポータル
  • VEuPathDB: 真核生物の病原体、ベクター、宿主の関係 
  • ViMIC:  ウイルスの変異やゲノムへのintegration部位、シス効果
  • VThunter:  scRNA-seqによる動物間でのウイルス受容体発現解析 
  • ZOVER: 人獣共通感染症とそのベクターやウイルス

植物関係

  • PCMDB: 植物の細胞マーカーデータベース
  • PlantGSAD: 植物の遺伝子セットアノテーション