東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターでは、生命医科学研究に特化したスパコンとデータストレージを格安料金で学外の先生に提供しています。

私たち東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターでは、ペタバイトスケールのバイオメディカル領域のデータを扱えるデータストレージサーバーSHIRAUMEを開発しました。また、東大・医科学研究所が持つバイオメディカル領域に特化した国内最高性能のスーパーコンピューター SHIROKANEの最上級モードD9を利用できる特別契約を締結し、共同利用の形ではありますが東京医科歯科大学以外に所属している先生方にも非常に廉価かつ定額で提供しています。もちろんGPUをたくさん使ったAIの訓練なども可能です。さらにSHIROKANEおよびSHIRAUMEとも専属のシステムエンジニア (SE) が常勤しており、サポート体制が充実しています。無料で使えるGoogle Colaboratory では物足りない、でも月に数十万円もGCPやAWS等のクラウドコンピューターにかけられないという先生方にとって最良の選択肢の1つであると考えています。

一番大事な使用料金ですが、スパコンSHIROKANEについては使い放題の定額制で月額15,000円です。この金額には常駐するサポートスタッフの人件費やGPUの使用料、そして3テラバイトまでのハードディスク使用代金などが全て含まれています。3テラバイトを超えてハードディスクを使用する際には追加で1テラバイトあたり月額3,000円かかりますが、こういったハードディスク容量の問題を解決するために我々が開発したのがデータストレージサーバーSHIRAUMEで、1テラバイトあたり月額わずか1,000円で利用できます。SHIROKANEとSHIRAUMEの間はシームレスに接続できるので、SHIRAUMEにデータをおいて、スパコンSHIROKANEでもろもろのバイオインフォマティクス解析やAIのトレーニングなどを行うことができます。AWSやGCPなどのクラウドサービスですとストレージ料金はざっくり1TBあたり月額3,000円ですので、SHIRAUMEをご利用いただくことでストレージにかかる料金がおよそ3分の1で押さえられます。

東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターが提供する計算リソースをご利用いただくためには、東京医科歯科大学に所属する研究者との共同研究にしていただく必要があります。

※ サポートを担当するシステムエンジニア (SE) の言葉を理解するには一定の計算機の理解が必要になります。東京医科歯科大学所属の先生であれば共同研究者はどなたでも大丈夫ですが、SEの説明で解消されない疑問点は医科歯科の共同研究者の先生にご相談していただくことになります 。大規模計算機を初めて使われる先生は、可能であれば普段からSHIROKANE & SHIRAUMEを使っていらっしゃる先生に共同研究者になっていただくことをオススメします。

shirokane_shiraume

当支援を受けた研究成果を論文等で公表される時には、その旨を謝辞 (acknowledgment) に記載いただければ幸いです。

SHIROKANEの文例:
– 本研究は、東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターが提供する、東京大学ヒトゲノム解析センター・スーパーコンピュータ SHIROKANE 利用サービスを使用しました。
– The super-computing resource was provided by Human Genome Center (the Univ. of Tokyo), through the usage service provided by M&D Data Science Center, Tokyo Medical and Dental University.

SHIRAUMEの文例:
– 本研究は、東京医科歯科大学M&Dデータ科学センターの大規模ストーレージサーバを使用しました。
– The large-scale storage system was provided by M&D Data Science Center, Tokyo Medical and Dental University.

ご利用方法

Step 1: 東京医科歯科大学内の研究者に連絡をとり、共同研究を申し込んでください。学内研究者はこちらの検索システムから探せますし、私たちM&Dデータ科学センターAIシステム医科学分野との共同研究でよろしければ清水 (h_shimizu.dsc@tmd.ac.jp) にメールをお送りください。

Step 2: 共同研究者が見つかったら、スーパーコンピューターSHIROKANE利用申請書をこちらからダウンロードし必要事項を記入してください。利用料金は月額15,000円の定額になります。

Step 3: スパコンSHIROKANEにはもともと3TBのハードディスク容量がついていますが、昨今の生命科学データの肥大化を鑑みるとデータストレージサーバーSHIRAUMEを並行してご利用いただくことをオススメします。SHIRAUMEの利用申請書およびアカウント申請書をそれぞれダウンロードしていただき、必要事項をご記入ください。料金は1TBあたり月額1,000円で、どれくらいの容量を契約するかをお決めいただく必要があります。ご利用開始後に変更することもできますが、8TBより少ない容量ですとSHIRAMEをご利用いただけません。

Step 4: Step 2のSHIROKANE利用申請書、およびオプションであるStep 3のSHIRAUME利用申請書・アカウント申請書の3点を添付し、SHIROKANE＆SHIRAUME サポート係 (dsc_support@ml.tmd.ac.jp) にメールでお送りください。 

よくあるご質問とその回答

SHIROKANEは東京大学医科学研究所に設置されているライフサイエンス分野専用のスーパーコンピュータであり、専用コンピュータとしては国内最大の演算性能を持ちます。演算性能は合計で 1,250TFLOPS以上、ストレージ容量は約30PB、そのほかにもデータ長期保存用のアーカイブディスクやGPUサーバーなど昨今の生命科学研究に必要不可欠である計算資源を備えています。学術・民間機関向けにサービスを提供しており、多くの生命科学者が共同で利用しています。

SHIROKANEの最上級モードであるD9がどのような性能なのかは、こちらのページをご覧ください。D9は本来はアカデミア価格でも月額77万円の使用料がかかりますが、格安で利用できるようにしたのが私どもが提供するサービスの概要です。共同利用の形ですが、空いている時間帯はD9のフルリソースに近いスペックの計算を走らせることも可能です。

SHIRAUMEは2021年3月より東京医科歯科大学で稼働している、大規模生命・医療データ格納向けに設置されたオブジェクトストレージサーバーです。総容量は1PBであり、全ゲノムデータなどのアラインメントなどを実行させることのできる計算機サーバーも備えています。大学内ネットワークにおいてセキュアに運営されており、SHIROKANEとSHIRAUMEはデータの直接的な送受信が可能なため、全ゲノムデータなどの大規模データをSHIRAUME内で管理しつつ、必要に応じてSHIROKANEに転送し、解析を行うことが可能です。

M&Dデータ科学センターでは上述のSHIROKANEの利用に関する包括契約を締結しました。本契約の締結に伴い、大規模計算リソースを安価に利用することが可能です。これに合わせて学内ストレージサーバーであるSHIRAUMEを連携させることにより、大規模生命・医療データの計算・格納資源を十分に提供することが可能です。

申し訳ございませんが、セキュリティー上の観点からSHIRAUMEはスパコンSHIROKANEからのみアクセス可能になっています。そのため恐れ入りますがSHIRAUMEのみでご利用いただくことはできません。

請求書払いは可能です。請求書の送付はご利用月の翌月半ば頃となり、請求日から1ヶ月後が支払い期日になります。事務・経理手続きについては貴学のシステム等に応じてある程度柔軟に対応できます。

頂戴したSHIRAUME利用料につきましてはSHIRAMEのリプレース (交換) にかかる費用に使わせていただきます。SHIRAUMEはペタバイトクラスのストレージ容量を誇りますが、それゆえ数年に1度を見込んでいる交換時には毎回1000万円以上の費用がかかる見込みです。東京医科歯科大学へお支払いいただきました利用料を積み立てておき、リプレースの頭金とさせていただく予定です。

SHIROKANEやSHIRAUMEに関する技術的なサポートや保守については民間企業である日立製作所に委託しており、日立のSEなどコンピューターの専門家複数名が常勤で対応にあたっています。

SHIROKANEおよびSHIRAUMEに関するご質問については、ぜひお気軽にSHIROKANE＆SHIRAUME サポート係 (dsc_support@ml.tmd.ac.jp) にお問い合わせください。内容を確認し、適切な部署の担当者から折り返し回答させていただきます。