Achievements / 過去の研究実績

※ このページの研究内容は過去のテーマです。現在の研究内容はこちらのページをご覧ください。

This is a list of published papers, invited talks, conference presentations, etc. by our laboratory members (including past members). Laboratory members are in bold + underlined, graduate students’ dissertations are in purple, and undergraduates who have studied under our supervision are in pink.

当研究室メンバー (過去のメンバー等を含む)の公表済み論文、招待講演、学会発表等のリストです。研究室メンバーは太字 + 下線、大学院生の学位論文は紫色学部生はピンク色で表示しています。

【Original Research /  原著論文】

  • Hozumi & Shimizu H, in revision
  • Fujinuma et al., in revision
  • Kodama et al., submitted
  • Nakaniida Y et al., submitted (1)
  • Nakaniida Y et al., submitted (2)
  • Nakaniida Y et al., submitted (3)
  • Sawada & Shimizu H, in prep

【Invited talks / 招待・依頼講演】

【International conference / 国際学会発表】

  • Nakaniida Y et al. Characteristics of Corvis ST parameters in subjects with low ocular blood flow. The 38th Asia-Pacific Academy of Ophthalmology (APAO) Congress. Kuala Lumpur, Malaysia, 2023

【Original Research /  原著論文】

【Review / 総説】

【Invited talks / 招待・依頼講演】

【Meida / メディア (新聞・テレビ等の取材あり)】

【Press release / プレスリリース】

【International conference / 国際学会発表】

  • Nakaniida Y, Higashikawa F, Asaoka R, Nakakura S, Kiuchi Y. Effect of Axial length on Subjective Refraction and UCVA. The 14th International Orthoptic Association Congress 2022, Virtual Meeting, 2022

【Domestic conference / 国内学会発表】

  • 大野 聡. 糖投与後のマウスにおける臓器連関の代謝フラックス解析. CREST多細胞 領域会議, 2022
  • 大野 聡. マルチオミクスデータから代謝フラックスとその制御を解析する手法OMELETの開発, UBIセミナー, 2022
  • Ohno S. Metabolic flux analysis for understanding metabolic regulation in mammalian cells and organs.   CREST多細胞 rising star webinar, 2022
  • 大和真弥、松山紗奈江、村上義孝、相田潤、陸兪凱、菅原由美、辻一郎. 現在歯数および口腔ケアと健康寿命との関連:大崎コホート2006研究. 第32回日本疫学会学術総会, 2022
  • 中新井田 悠太, 東川史子,湯浅勇生, 徳毛花菜,尾上弘光,岡田尚樹, 中倉俊祐,朝岡亮, 木内良明. 健常者における LSFG と Corvis ST パラメータの関連性について. 第126 回日本眼科学会総会, 2022
  • 中新井田 悠太, 東川史子,湯浅勇生, 徳毛花菜,尾上弘光,岡田尚樹, 中倉俊祐, 朝岡亮, 木内良明. 屈折異常が眼血流に与える影響. 第4回日本近視学会総会, 2022
  • 中新井田 悠太, 東川史子,湯浅勇生, 徳毛花菜,尾上弘光,岡田尚樹, 中倉俊祐,朝岡亮, 木内良明. 第76 回日本臨床眼科学会, 2022

【Original Research /  原著論文】

【Invited talks / 招待・依頼講演】

【Patent / 特許】

  • 中山 敬一, 清水 秀幸. 特願2021-091667 相互作用推定方法、相互作用推定装置および相互作用推定プログラム 

【Meida / メディア (新聞・テレビ等の取材あり)】

【Press release / プレスリリース】

【International conference / 国際学会発表】

  • Way J, Dobbertin T, Heid D, Chan KR, Vernet A, Sanchez-Ventura M, Graveline A, Burrill D, Lee J, Shimizu H, Niopek D, Silver P. Harnessing the natural trypsin antagonist SPINK-1 for targeted treatment of acute pancreatitis. 52nd Annual Meeting of the American Pancreatic Association, USA, 2021
  • Nakaniida Y, Yuasa Y, Asaoka R, Nakakura S, Kiuchi Y. Comparison of Corvis ST Tonometry Parameters between Primary Open-Angle Glaucoma and Primary Angle- Closure Glaucoma. 9th World Glaucoma Congress, Virtual Meeting, 2021
  • Nakaniida Y, Higashikawa F, Asaoka R, Nakakura S, Kiuchi Y. Effect of ocular dominance on fundus blood flow. The 14th Joint Meeting of Japan-China-Korea Ophthalmologists, Virtual Meeting, 2021

【Domestic conference / 国内学会発表】

  • 植松沙織, 大野 聡, 黒田真也. Omics-based label-free metabolic flux inference reveals dysregulation of glucose metabolism in liver associated with obesity. 2021年日本バイオインフォマティクス学会年会, 2021  【Highlight track】

【Original Research /  原著論文】

【Review / 総説】

【Invited talks / 招待・依頼講演】

【Press release / プレスリリース】

【Original Research /  原著論文】

【Review / 総説】

【Books / 著書】

  • (分担執筆) 清水 秀幸, 中山 敬一. 「人と共生するAI革命―活用事例からみる生活・産業・社会の未来展望」エヌ・ティー・エス出版,  2019

【Invited talks / 招待・依頼講演】

  • Shimizu H, Nakayama KI. Machine learning uncovers novel aspects in healthcare and life science, 第42回日本分子生物学会シンポジウム, 2019
  • 清水 秀幸. データ駆動科学によるがん個別化医療への試み, 東北大学加齢医学研究所セミナー, 2019
  • Ohno S, Hirayama A, Soga T, James DE, Kuroda S. Regulation of metabolic fluxes in adipocytes with insulin. 第13回メタボロームシンポジウム, 2019

【Original Research Written in Japanese / 和文論文 (査読あり)】

  • 中新井田 悠太, 半田知也, 川守田拓志, 岩田遥, 庄司信行. 片眼遮閉下と両眼開放下における中間距離の屈折値変化. 視覚の科学, 40(3), 51-54, 2019 【 Young investigator award / 第 25 回日本眼光学学会学術奨励賞受賞】

【Meida / メディア (新聞・テレビ等の取材あり)】

【Press release / プレスリリース】

【International conference / 国際学会発表】

  • Ohno S, Quek LE, Krycer JR, Yugi Y, Hirayama A, Soga T, James DE, Kuroda S. Metabolic flux changes over time and the regulatory mechanisms in insulin-stimulated adipocytes. ICSB2019, Japan, 2019

【Domestic conference / 国内学会発表】

  • 見世 慎太朗、松本 有樹修、市原 知哉、清水 秀幸、高橋 政友、和泉 自泰、馬場 健史、宮田 治彦、嶋田 圭祐、伊川 正人、中山 敬一. 精子特異的な2つの新規ポリペプチドはVDACの機能と精子ミトコンドリアの形態形成を制御する. 第42回 日本分子生物学会年会, 2019
  • 小玉 学、押川 清孝、清水 秀幸、吉岡 進、高橋 政友、和泉 自泰、馬場 健史、朝長 毅、松本 雅記、中山 敬一. 核酸合成経路へのグルタミン代謝シフトはヒトがんの悪性化を可能とする. 第42回 日本分子生物学会年会, 2019
  • 澤田 高志清水 秀幸、山内 悠平、中山 敬一. 腫瘍進展を抑制し予後に関わるマイクロRNA miR-139の同定. 第42回 日本分子生物学会年会, 2019 【詳しくはこちら
  • 清水 秀幸, An AI-based Scoring System Precisely Predicts Overall Survival of Breast Cancer Patients. 第14回研究所ネットワーク国際シンポジウム, 2019
  • 大野 聡, Quek LE, Krycer JR, 柚木克之,平山明由,曽我朋義, James DE, 黒田真也. インスリン刺激下の脂肪細胞の代謝フラックスおよびその調節の数理解析. 第四回生活習慣病とがんの代謝栄養メカニズム研究会,  2019 【 Best poster award / 最優秀ポスター賞 受賞】
  • 中新井田 悠太, 渋谷恵理, 清田優希也, 丸山美貴, 関枝里子, 三田哲大, 久保江 理, 佐々木洋. 術前混濁による予測視力からの焦点深度拡張型眼内レンズと二焦点眼内レンズ の適応判定の試み. 第58回日本白内障学会総会, 2019

【Original Research /  原著論文】

【Invited talks / 招待・依頼講演】

  • 大野 聡. 代謝システムの理解と応用に向けた数理解析. 日本生物工学会 バイオインフォマティクス相談部会 第一回勉強会, 2017

【Patent / 特許】

  • 中山 敬一, 清水 秀幸. 特願2018-157870 被検体に生じるイベントを予測するための判別器の生成方法、及び前記判別器を用いた被検体の層別化方法 

【Original Research Written in Japanese / 和文論文 (査読あり)】

  • 沖田 大和, 笹川稚依子, 関端広大, 吉田真奈美, 八田明, 井上秀雄. マウス IgE 介在性三相性皮膚反応の耳介腫脹に対する Glycyrrhetinic acid の効果. 薬理と治療, 42, 845-850, 2014

【Press release / プレスリリース】

【International conference / 国際学会発表】

  • Ohno S, Quek LE, Krycer JR, Yugi K, Hirayama A, Soga T, James DE, Kuroda S. 13C-based dynamic metabolic flux analysis in insulin-stimulated adipocyte cell lines and systematic evaluation of regulation on the metabolism. Metabolic Engineering 12, Germany, 2018
  • Ohno S, Krycer J, Yugi K, Quek LE, Hirayama A, Soga T, Kuroda S, James DE. Metabolic flux analysis in insulin-stimulated adipocytes form temporal patterns of intracellular metabolome data. Metabolic Engineering XI, Japan, 2016
  • Tokuyama K, Ohno S, Yoshikawa K, Hirasawa T, Tanaka S, Furusawa C, Shimizu H. Increased 3-hydroxypropionic acid production from glycerol based on the genome-scale metabolic simulation in Escherichia coli. Metabolic Engineering X, Westin Bayshore, Canada, 2014
  • Matsuzaki G, Okita Y, Umemura M. Innate protective immunity of non-hematopoietic cells against Listeria monocytogenes infection induced by IL-17 and IL-22. The 12 th Japan-Korea International Symposium on Microbiology (XII-JKISM), Japan, 2014
  • Matsuzaki G, Okita Y, Shiono T, Hamada S, Umemura M. Mechanism of interleukin (IL)-17A-mediated enhancement of protective immunity against Listeria monocytogenes infection. 15th International Congress of Immunology, Italy, 2013
  • Ohno S, Furusawa C, Shimizu H. FastPros: Efficient screening algorithm of gene knockouts for useful compound production using genome-scale metabolic model. KAIST-OSAKA U Symposium 2012,  Korea Advanced Institute of Science and Technology, Korea, 2012
  • Ohno S, Furusawa C, Shimizu H. FastPros: Screening method of multiple gene knockout for microbial production using genome-scale metabolic model. Metabolic Engineering IX,  Le Bellevue Congress and Exhibition centre, France, 2012 【 Student/Young Investigator Poster Award / 若手研究者ポスター賞 受賞】
  • Okita Y, Lee J, Nakamura K, Kobayashi M, Herndon D, Suzuki F. Improved production of human beta-defensins (HBDs) in grafted site skin tissues of human IMC/mouse chimeras treated with glycyrrhizin (GL). 9th The Annual Meeting of The American Association of Immunologists, Boston, USA, 2012
  • Shimizu H, Fukushige S, Horii A. Identification of epigenetically silenced genes by the novel “methyl-CpG targeted transcriptional activation” method in human pancreatic cancer. AACR-JCA 8th Joint Conference, 2010
  • Fukushige S, Shimizu H, Sato Y, Horii A. Identification of novel targets for aberrant methylation in pancreatic cancer by a newly developed method “methyl-CpG targeted transcriptional activation (MeTA)”. AACR 101st Annual Meeting 2010

【Domestic conference / 国内学会発表】

  • 清水 秀幸、中山 敬一. 人工知能を使って乳がん患者の生存予後を正確に予測する. 第41回日本分子生物学会年会, 2018
  • 清水 秀幸、中山 敬一.  人工知能を使って乳がん患者の生存予後を正確に予測する. 第7回生命医薬情報学連合大会, 2018
  • 大野 聡. インスリン刺激下の脂肪細胞における代謝フラックスとその調節. 新学術代謝統合オミクス 若手合宿, 2018
  • Shimizu H, Matsumoto M, Nakayama KI. Artificial Intelligence Precisely Predicts Overall Survival of Cancer Patients. 第21回九州大学生体防御医学研究所リトリート, 2018 【 Best oral award / 最優秀口演賞 受賞】
  • 中新井田 悠太, 半田知也, 川守田拓志, 岩田遥, 庄司信行. 片眼遮閉に伴う中距離及び近方視時の屈折値変化. 第 54 回日本眼光学学会総会, 2018
  • 大野 聡. 脂肪培養細胞の非定常フラックス解析および代謝制御の評価, 野生型および肥満モデルマウスにおける肝臓の代謝調節解析. 代謝モデリング勉強会, 2017
  • 清水 秀幸、武石 昭一郎、中津海 洋一、中山 敬一. 固形がんにおけるFbxw7を標的とした静止期追い出し療法. 第40回日本分子生物学会年会, 2017
  • 大野 聡, James R. Krycer, 柚木克之, Lake-Ee Quek, 平山明由, 曽我朋義, 黒田真也, David E. James. Systematic analysis of regulation on metabolism in insulin-stimulated adipocyte cell lines.  CREST生命動態 領域会議, 2017
  • 大野 聡, James R. Krycer, 柚木克之, Lake-Ee Quek, 平山明由, 曽我朋義, 黒田真也, David E. James.  Metabolic flux analysis in insulin-stimulated adipocytes from temporal patterns of intracellular metabolome data. CREST生命動態 第6回数理デザイン道場, 2016
  • 清水 秀幸、武石 昭一郎、中山 敬一. ユビキチンリガーゼFbxw7を標的とした新規乳がん治療法の開発. 第39回日本分子生物学会年会, 2016
  • 大野 聡, インスリン刺激下における脂肪培養細胞の非定常フラックス解析. 代謝モデリング勉強会, 2016
  • 沖田 大和, 井石契子, 松原勤, 池田一雄, 河田則文,吉里勝利. 肝星細胞正常性維持へのサイトグロビン(CYGB)の関与. 第22回肝細胞研究会, 2015
  • 沖田 大和, 松原勤, 池田一雄, 河田則文,吉里勝利. 肝星細胞によるサイトグロビンの発現に対する酸素分圧と基底膜成分の影響. 第41回肝臓学会西部会, 2015
  • 大野 聡, 古澤力, 清水浩. 代謝シミュレーションを用いた、微生物によるものづくりのための多重遺伝子破壊探索手法の開発. 生命情報科学若手の会第5回研究会, 2014
  • 徳山健斗, 大野 聡, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩. 代謝予測に基づいた3HP高生産大腸菌の構築. 日本農芸化学会2014年度大会, 2014
  • 大野 聡, 古澤力, 清水浩. 微生物育種に向けた多重遺伝子破壊のin silicoスクリーニング. 生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナー2014, 2014
  • 大野 聡, 古澤力, 清水浩. in silicoスクリーニングにより代謝物質生産が予測された大腸菌多重遺伝子破壊株の特徴解析. 生物工学会第65回大会, 2013
  • 徳山健斗, 田中章太郎, 大野 聡, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩. 大腸菌によるグリセロールからの3-ヒドロキシプロピオン酸生産. 日本農芸化学会2013年度大会, 2013
  • 清水 秀幸, C型慢性肝炎におけるテラプレビル3剤併用療法~当院における19例のまとめ~, 第196回日本消化器病学会東北支部例会, 2013
  • 大野 聡, 微生物を利用したものづくりと細胞シミュレーションの応用. 八大学博士学生交流フォーラム第5回研究会, 2013
  • 大野 聡, 古澤力, 清水浩, FastPros: 有用物質生産性向上に向けた多重遺伝子破壊のin silico スクリーニング. 生物工学会第64回大会, 2012
  • 大野 聡, 古澤力, 清水浩. 代謝シミュレーションを用いた有用物質生産性を向上させる複数遺伝子破壊の予測アルゴリズム開発. 生物工学会第63回大会, 2011
  • 大野 聡, 古澤力, 田中章太郎, 平沢敬, 清水浩. 大腸菌のゲノムスケール代謝モデルによる有用物質生産位向けた代謝予測. 生物工学会第62回大会, 2010
  • 清水 秀幸, 福重 真一, 堀井 明. メチル化で発現抑制された遺伝子を特定する新規の方法「MeTA」の膵癌解析への応用, 第99回日本病理学会総会, 2010

【寄稿】

  • 清水 秀幸, 癌細胞はエクソソームを介してより転移能の高い細胞を模倣する. 細胞工学2015年9月号
  • 清水 秀幸, 血糖降下・抗炎症作用を持つ内在性の新規脂質群の発見. 細胞工学2015年1月号