collaboration

共同研究

今日の科学はさまざまな領域の専門的な知識・技術が融合して成り立っています。

東京医科歯科大学の基本理念「知と癒しの匠を創造し、人々の幸福に貢献する」にも謳われている、「人々の幸福に貢献」できるような社会インパクトの大きい研究を行うためには、さまざまなバックグランドの方がチームとなることが不可欠です。

患者さんの診断・治療法の開発を目指す私たちと一緒に研究してくださる先生方、次世代の一流研究者の卵である学生さんを募集しております

我々との共同研究をご検討の先生方・企業様へ

まずは当研究室、東京医科歯科大学・M&Dデータ科学センター・AIシステム医科学分野との共同研究をご検討いただき誠にありがとうございます。

簡単に自己紹介をさせていただきます。私・清水のもともとのバックグランドは医師であり、博士号は分子細胞生物学実験 (Shimizu et al., JCI Insight 2019) でいただきました。その後、データサイエンス論文をLancetの関連誌 (Shimizu et al., EBioMedicine 2019) を発表したり、その後発表したAI創薬論文が各報道機関に大きく取り上げていただきました。アメリカ留学時代はHarvard Medical Schoolのシステム生物学部門におりました。

このように医療現場および実験生物学の知識・経験、ならびにデータサイエンスの権威ある専門誌への複数の論文掲載や数理科学を使った生物学 (システム生物学) の実績を併せ持っており、そのことが評価され34才の時に独立するチャンスをいただきました。

いわゆるドライ系一筋の先生方とは大きく違った、臨床現場の先生方・実験系の先生方に近い目線でのデータ解析やdiscussionができると自負しております

また、これまで国際特許を含む複数の特許出願・企業様との共同研究経験もございますので、学術以外の例えば産業界の研究員の方々との共同研究も可能です。

若いチームなのでフットワークの軽さは自信があります。ご遠慮なさらずにどんなことでもお尋ねください。

よきご縁がありますことを楽しみにしております。

これまでの共同研究成果 (一部抜粋)

【バイオインフォマティクス領域】

  • Kastor and Polluks polypeptides encoded by a single gene locus cooperatively regulate VDAC and spermatogenesis. Nature Commun. 2022 (IF=14.9)
  • Combinatorial analysis of translation dynamics reveals eIF2 dependence of translation initiation at near-cognate codons. Nucleic Acids Res. 2021 (IF=16.9)
  • A shift in glutamine nitrogen metabolism contributes to malignant progression of cancer. Nature Commun. 2020 (IF=14.9)

【クリニカルインフォマティクス領域】

  • Loss of Fbxw7 impairs development of and induces heterogeneous tumor formation in the mouse mammary gland. Cancer Res. 2021 (IF=12.7)
  • A fail-safe system to prevent oncogenesis by senescence is targeted by SV40 small T antigen. Oncogene 2020 (IF=9.8)
  • Disruption of FBXL5-mediated cellular iron homeostasis promotes liver carcinogenesis. J. Exp. Med. 2019 (IF=14.3)

国内最高レベルの計算環境

東京医科歯科大学は、文部科学省より全国10校のトップレベル研究大学 (指定国立大学法人) として認定されております。そのデータ科学専門センターとして、我々は国内最高レベルの計算環境を保持しております。詳細はこちらをご覧ください。

AIを含む多様なデータ解析実績

【人工知能】
AI創薬・AIゲノミクス解析・AI画像解析
【バイオインフォマティクス】
一般的なNGSデータ解析・データベース探索
新規解析アルゴリズム開発
【クリニカルインフォマティクス】
数万人単位の公共患者データ再解析
臨床データへの機械学習の適用
メタアナリシス等の臨床統計
【その他】
微分方程式モデルによる数理シュミレーション
自動ツール作成

まずはご相談ください

研究プロジェクトの概要とご相談内容を明記の上、まずはお気軽にお問い合わせください。

私たちでもどういう貢献をさせていただけそうかを調べた上、もしお時間をいただければ一度ZOOMでご挨拶させていただき、プロジェクトについて少しdiscussionすることができればと思います。

そしてお互いの合意の上で、素晴らしい共同研究となるよう尽力させていただきます。

大学院 (修士課程・博士課程) 入学をご検討の方へ

私たちの研究室は「東京医科歯科大学大学院医歯学総合研究科」に所属します。しかし、出身学部は全く問いません。医学部・歯学部以外の方も入学可能です。

● 修士課程を卒業(予定)の方、医学部・歯学部・薬学部等6年制の学部を卒業(予定)の方 → 博士課程(4年)

● その他の4年制の学部を卒業(予定)の方 → 修士課程(2年) + 博士課程(4年)

私たちの研究室は2022年2月にスタートした若い研究室で、現在2023年4月入学の1期生 (博士課程)および 2024年4月入学の2期生 (修士課程・博士課程) を募集しております。

私たちの研究室に所属する学生は、他大学のラボにはない次のようなメリットがあります

科学者を目指す徹底した教育

バイオメディカルデータサイエンスはもちろんのこと、医療や生命科学・情報学・数理科学といった広い関連領域を論文抄読会で学び、さらに1万ページにも及ぶ自主学習甩資料と最新論文やリソースが毎日シェアされるslackがあります。少なくとも2年に1本の学術論文を筆頭著者として発表し、さらに他のプロジェクトに参加することで共著論文を増やしつつ共同研究のやり方を学びます。

「マイプロジェクト」奨励

もちろん最初は相談の上で我々がテーマを設定しますが、研究者を目指す上で大学院時代にテーマの設定から携わったマイプロジェクトをやり切る経験は非常に重要と考えています。

独自カリキュラムにより1年かけてステップアップし、2年目からマイプロジェクトを並行して始動させます。

博士課程学生への生活費援助

大事な修行期間である大学院時代に研究に専念できるよう、博士課程学生は月16万円または20万円の経済支援を受けられる可能性があります (大学院生本人の年収などの条件、そして選考あり)。また、その他給付型奨学金の情報も随時シェアしています。さらに、AIシステム医科学分野では積極的にTA/RA雇用を行っており、博士課程全員(および一部の修士課程学生) が何かの収入があるようにしています。

海外留学までのキャリアパス支援

各種学会・研究会等の発表から、在学中の日本学術振興会特別研究員 (DC) 獲得、および博士号取得後の海外留学に必要なフェローシップ獲得といった申請書の指導や過去の受賞者の資料共有まで、自身の希望に応じた多様なキャリア形成をサポートします。

詳しくは、次世代の一流研究者の養成を目指す私たちの教育ポリシー研究ポリシー、および大学院生向けのページをご覧ください。また、学部生から修士課程くらいの学生さんを対象にしたバイオメディカルデータサイエンス勉強会もオンラインでやっておりますので、そちらに参加することでも清水の普段のdiscussionの様子を見ることができます。

大学院出願の前に、清水との面談が必要です。面談はいつでも受け付けておりますし、面談したからと言って、必ずしも入学する必要はありません。是非お気軽にメールで面談日時を予約して下さい。

学部生として研究チームへの参加を希望する方へ

学部生さんにはバイオメディカルデータサイエンス勉強会への参加をオススメします。他大学も含む優秀な学生さんたちと一緒に「ゆるいサークル」のような感覚で勉強できるオンラインの会で、清水はそのアドバイザーをさせていただいています。

さらに、朝晩といった授業がない時間帯、土日祝日、長期休みなど、各自の希望時間帯に応じて (勉強だけではなく) 研究したいという意欲的な学部生さんも受け入れしています

学部生の頃に研究室に出入りすることで論文の読み方、論理思考、データサイエンスや生命医学領域の考え方・技術の基礎が身につき、それらポータブルスキルは将来どこにいっても役に立ちます

また、清水は学部生時代に基礎医学系の研究室に足繁く通い、筆頭著者として英語論文を発表しています (Shimizu et al., Biochem Biophys Res Commun.  2011)。熱意のある学部生さんには学会発表や論文発表をする機会も提供したいと考えています。

意欲的な学生さんのキャリア形成を全力でサポートします。詳細はこちらをご覧ください。