大谷 悠喜 (Yuki Otani)

東京科学大学 大学院医歯学総合研究科 博士課程1年 (清水研1期生) / BDSC 元幹事

【自己紹介・ひとこと】

DryとWetの二刀流を目指しています。細菌感染症に対する治療法の探索や逆に細菌を利用した合成生物学の分野に対して情報学・数学を用いて挑みたいです。碩学を身に着けるためにもフットワークは軽くネットワークは広くをモットーに精進していきます。

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在籍期間: 2023.4~

略歴

  • 神奈川県出身、横浜市立横浜サイエンスフロンティア高等学校卒
  • 2019-2023 九州大学 医学部生命科学科
  • 2023-2025 東京医科歯科大学大学院 医歯学総合研究科 修士課程
  • 2025-現在 東京科学大学 大学院医歯学総合研究科 博士課程 在学中

研究内容

  • 微生物学の知見を学習した感染症創薬AIの開発
  • 多剤耐性菌に対する抗菌ペプチドのdata-drivenな設計

これまでの主要業績 (数篇)

これまでの学会発表

  • Otani Y, Shimizu H. Development of an AI-driven next-generation drug discovery system for infectious diseases. Pacifichem, 2025
  • Otani Y, Wakizaka Y, Koga D, Aso H, Shimizu H. AI-assisted discovery of antimicrobial peptides to combat multidrug-resistant bacteria. Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024
  • 大谷 悠喜、脇阪康成、古賀大介、麻生啓文、清水秀幸. AI駆動の次世代感染症創薬システムの開発. 第47回日本分子生物学会年会, 2024 
  • 増田咲希、大野聡、古賀大介、大谷 悠喜、大田航平、伊東巧、清水秀幸. 代謝疾患の定量的な理解に向けた酵素パラメータ予測AIの開発. 第47回日本分子生物学会年会, 2024
  • 博田 悠斗、大谷 悠喜、麻生 啓文、古賀 大介、清水 秀幸. 神経疾患に対する治療薬開発のための血液脳関門透過ペプチドをデザインするAIの開発. 第47回日本分子生物学会年会, 2024
  • 大谷 悠喜, 脇阪 康成, 麻生 啓文, 古賀 大介, 清水 秀幸. 微生物学を学んだAIによる次世代の感染症創薬に向けて. 第46回日本分子生物学会年会, 2023

清水研加入以前の研究内容

  • 卒業研究：多数細胞型を一挙に識別する組み合わせ遺伝子マーカーの設計

著書・特許・メディア

著書

受賞・特技・自己PR等

35億年の進化の蓄積によって構築された生物のシステムの美しさに惹かれて生命科学を志しました。学部では自分が勉強したい分野（細胞生物学・数学）の勉強会を、周りを巻き込んで立ち上げていました。卒業研究では“集合”の問題を使って生命科学の問題に取り組んでいました。

受賞

  • TMDU大学院リトリート・リトリート賞 (2024年)
  • 第46回日本分子生物学会優秀発表賞 (MBSJ2023サイエンスピッチ優秀発表賞)
  • Kaggle 銀メダリスト (2024年)

特技・趣味・自己PR等

  • ピアノ（大学では軽音部）
  • 野球（～中学）
  • アニメ
  • 音楽（クラシックが好きです）
  • Biomedical Data Science Club元幹事 (2022.4~2023.3)
  • HGCスパコンA級ライセンス保持者 (2023年, 東京大学医科学研究所)
  • バイオインフォマティクス認定技術者 (2023年, 日本バイオインフォマティクス学会)

後輩へのメッセージ

修士課程の2年間で成長できたこと, 2025.04.05掲載

この度、修士課程の2年間を終え学位を取得することができました。この2年間を一言で表すなら「想像していたより様々なことに挑戦した」になります。一番学んだことは”見せ方”です。研究室内のミーティング、学会など自分の研究を誰かに伝える機会は多いです。その過程で、話の流れ・スライドの構成・図の作り方、言葉選びなど多くのことを学ばせてもらいました。先生方には何度も文章・スライド等を見ていただきました。その結果、学会や大学院リトリートで賞をいただくことができました。また、この2年間で学会での口頭発表、数編の論文発表も経験しました。その過程で研究室のメンバーからいただいたコメントは間違いなく私の血肉になっています。まだまだ、足りない部分だらけですが少なくとも2年前の自分とは全く別物になれたと振り返っています。

私はこの2年間で筆頭著者として3つの論文を発表できました。振り返ればよく乗り切れたな、という時期が何回かあります。しかしそれらの時間は絶対に必要な期間でもあったと考えています。何かをまとめる時はどこかで時間とエネルギーを注ぎ込む瞬間が必要です。このような、感覚は自分が責任を持っている研究をやらないと知り得なかったでしょう。清水ラボは論文の作成を含めて責任者が行います (もちろん膨大なサポートをしてもらいましたが)。つまり、自分がやらなければ全く進みません。大きな負荷がかかりますが、学ぶことが非常に多かったです。

私はこの2年間で、想像以上の挑戦と成長を経験しました。このメッセージを見ている方には悩みながらもいろんなことに挑戦して欲しいです。清水研はその挑戦を歓迎して成長に繋げることができる場所です。

大学院最初の3ヶ月で成長できたこと, 2023.07.22掲載

当研究室に出入りして3ヶ月ほど経過して体験したこと、そして半年前から変化したことについてまとめる。当研究室や東京医科歯科大学大学院に進学を考える方々の参考になればと思う。

「研究」と言われて、どのようなものを思い浮かべるだろうか。おそらくプログラミングを書いたり、ピペットを使ったり、そんなことを思い浮かべるだろう。これらを「研究」と定義するのであれば、清水研で研究が始まるのは7月からである。それまでの3ヶ月は大学の授業と当研究室の勉強会が中心になる。清水研の目指す研究に必要な学問領域は複数にわたっている。医学を含めた生命科学、情報学、そしてそれを支える数学が必要になり、それぞれから派生した多数の分野の知識が必要になってくる。他にも、bioinformatics誌に掲載された論文を週1ペースで紹介、論文に出てくる図表の読み方のレクチャー (レクチャーとはいえ説明は学生が全て行う) を受ける。それら研究を始めるのに必要な体力や知識を叩き込まれるのが入学後最初の3ヶ月間ということになる (もちろんその後も続くが)。このような理由により研究を始めるのは7月に入ってからになる。しかしながらこの3ヶ月で一番の変化はこれら勉強会によるものである。論文等を読んでいてわからない箇所を調べて、それを説明する単語がわからなくて、それを調べたら…、という無限ループの経験をした方は多いと思うが、これら勉強会を経た今、このループの回数が明らかに減っていることを実感している。これら勉強会は新たに必要な知識を得るという目的もあるが、個人的にはすでに持っている断片的なぼんやりとした知識を繋ぎ合わせるという目的に近かったと感じている。したがって、全く0からというのは相当ハードになるだろう。私自身バックグラウンドは生命科学で、情報や数学は虫喰い的に勉強しており系統的に学習したことがなかった。それらを、まとめ上げること時間にすることができたのは今後間違いなく自分の武器になって行くと感じている。一つ悔やまれるのはもう少し大学の基礎レベルの数学を勉強しておけばもっと得られるものがあったと感じている。おそらく大学院生として入学を希望している方の多くは全部系統立てて学習してきました。というわけではないだろう。入学前にそれらを完璧にやってくることは必須ではない (もちろん可能なら是非頑張って欲しいですが) より良い学習期間とするためにも「全くわからない」という状態はおすすめしない。幸いにも現在はやる気さえあれば書籍やインターネットである程度の情報にアクセスできるようになっているので、ぜひ色々活用してほしい。基礎となる勉強は概してその有用性に気が付きにくいと思うが、何をやるにしても「いしずえ」となるから基礎であるのだと4-6の3ヶ月間で改めて感じている。もし、もう一度自分が入学前にまとまった時間が得られるのであれば情報・数学分野の基礎をやり直したい。当研究分野を志す方には狭くて尖った領域の勉強ではなくて、是非幅広いベーシックな勉強をしてもらえると、有意義な大学院生生活が送れることを保障する。