清水研ではバイオとデータサイエンスの両方に精通する次世代型の研究者養成を掲げています。このどちらかのプロはたくさんいますが、両者とも専門レベルの知識技術を持つ人は極めて稀であり、キャリアを広げる最良の選択肢かと思います。賢明な読者はすでにお分かりの通り、この両者に精通するのは並大抵の努力ではできません。そこで清水研では、大学院1-2年目 (特に1年目) に集中的に勉強する機会を提供します。

ゼミの基本

学部生時代は誰かにお膳立てしてもらった道を進んできた方も中にはいるかもしれませんが、大学院はそういうところではありません。学部生のように先生に授業をしてもらうという方式ではなく、大学院生が自ら人に教えることで大きな学びとする、というのがゼミの基本です。講義は5%、読書は10%しか身につかないが、人と議論することで50%、人に教えることで90%を身につけることができる、というラーニングピラミッドの話は有名ですね。したがって当研究室の教員は必要に応じて補足したり理解不足の点を指摘することはあっても、原則的にはオブザーバーの位置づけです。ゼミの主役は大学院生で、大学院生の能動的学習 (アクティブ・ラーニング) がゼミの大原則です。指定された範囲のテキストや論文を読み、ゼミにおいて参加大学院生が他の大学院生 (+教員) に図や式を説明して議論します。パワポ資料を作ってもいいですし、ホワイトボードも用意しているので書きながら説明してもらっても構いません。

Computational Biology Course

システム生物学・バイオインフォマティクスを中心に学ぶ週1 (80分) のゼミです。世界的に有名な教科書の輪読会と、最新の論文を使った実践訓練に分かれています。

テキスト輪読会 (大学院1年目対象)

 論文輪読会 (大学院1,2年目対象)

  • 10-12月:Bioinformatics誌もしくはMolecular Systems Biology誌に掲載された最新論文のうち毎週2-3本を指定します。それらの論文を題材に実践レベルのバイオインフォマティクス・システム生物学を学びます。

Machine Learning Course

広義の機械学習に関する週1 (80分) のゼミです。世界的に有名な教科書の輪読会と、最新の論文を使った実践訓練に分かれています。

テキスト輪読会 (大学院1年目対象)

論文輪読会 (大学院1,2年目対象)

  • 1-3月:arXivに掲載された最新論文のうち毎週2-3本を指定します。それらの論文を題材に最新の人工知能を学びます。

Biotechnology & BioENGINEERING COURSE

広義のバイオテクノロジー・合成生物学に関する週1 (80分)  のゼミです。世界的に有名な教科書や読み物を使った輪読会です。

テキスト輪読会 (大学院1年目対象)