データ科学 x 生命医学界の次世代スター集まれ!!

学部生のみなさん、まずは授業とは関係なく意欲的にこのページをご覧いただきありがとうございます。私・清水が医学生の頃はキャンパス内に情報系の先生はおらず、大きな本屋さんに行っても日本語で書かれたPythonの本がなかったことを考えると、今の学部生さんは非常に恵まれた環境にいると思います。しかしながら、数理・情報学をずっとやっている先生か、それともバイオ・医療系のベテランかのどちらか一方が専門の先生がほとんどであり、生命科学・医療とデータサイエンスの3つに長けた先生はまだ多くありません。私は医師であり生命科学実験で博士号を取得しその後データサイエンスで複数の研究を論文として発表してきており、米・ハーバード大留学時代もシステム生物学部門というところで数理情報学と生物学の融合分野を研究してきました。

他の教授に比べ学部生のみなさんとは年が近いため、あまり形式ばらず、部活のちょっとした先輩後輩感覚で接点を持てればと思っています。他のベテランの先生方にはなかなか教えることが難しい領域が得意なので、学生さんは数理・情報学と生命医科学の融合領域を学び、次世代のスターになるための基礎を築くことができます。

それを支援するために、学部生を対象にしたバイオメディカルデータサイエンス勉強会も用意しています。こちらは東京医科歯科大学だけではなく他大学の学生さんも在籍しているアットホームな勉強会です。オンラインですので、東京以外の場所にお住まいの学生さんも参加できます。

東京医科歯科大学に所属している学生さんは、基礎配属はもちろん、授業以外でも自主的に随時当研究室に所属することが可能です。清水は2年生の春から研究室に所属して研究をさせていただいていましたし、さらに言えば1年後期から情報学のラボの論文抄読会に参加させていただいていました (詳しくはこちら)。意欲さえあれば、入学したての新入生から受け入れます。朝晩といった授業がない時間帯、土日祝日、長期休みなど、学部生さんならではの時間帯で一緒に研究・勉強できると思います。情報系の理論が好きな人、プログラミング・実装が好きな人、生物学に興味がある人、実データ解析が好きな人、などなど多くのタイプ学生が活躍できるチャンスがあります。

学部生として参加するには次の4つの形態があり、現在延べ19名が何らかの形で勉強・研究に清水とともに取り組んでいます

オンラインの勉強会には、11大学から15名が集まっています。東京医科歯科大学の学生さんも他大学の学生さんも分け隔てなく一緒に勉強しましょう。

2週に1回を目処にzoomで集まり、年が近い学部生同士で勉強会をしています。それ以外にslackでさまざまな情報をシェアしています。

当研究室がある駿河台キャンパスに通ってデータ科学やシステム生物学の勉強をすることもできます。学生用の部屋を用意していますし、当研究室には200冊を超える書籍等もあるので自分のペースで通ってそういった教材から学ぶことができます。清水とは週に1回くらい直接会って不明な箇所などを相談できますし、勉強だけじゃ物足りなくなったら研究を少し始めることもできます。東京医科歯科大学の学部生2名がこのパターンで在籍しています。

勉強ではなく研究に挑戦したいという学部生の方も大歓迎です。現在は他大学の学部生2名が研究をしていて、どちらも今年度内の論文発表を目指して執筆中です。先輩の声もご覧ください。

オンラインで行う場合には、各自が自宅等で研究をして定期的に清水とzoom等でdiscussionする形式になります。研究室に来て研究をすることももちろんできますし、その場合にはコンピューター解析だけでなく希望者には生命科学実験とのハイブリッドテーマをしていただくこともできます。

東京医科歯科大学の学生さんは授業の一環として当研究室を選択することもできます。

例えば医学科4年生のプロジェクトセメスターは半年に渡って研究を体験する期間ですが、当研究室で集中的に勉強・研究に打ち込んで国内学会発表を目指すこともできます。

若い学部生の頃に研究室に出入りすることで、論文の読み方、論理思考、データサイエンスや生命医学領域の考え方・技術の基礎が身につき、それらのポータブルスキルは将来どこにいっても役に立ちます。さらに、学部生でもやる気と能力があれば、最先端の研究を行い学会発表や論文発表を経験できるチャンスがあります。

当研究室に学部生として所属するための条件は、たった1つだけです。

  • 自ら貪欲に学び続け、また学んだことを仲間同士でシェアしさらに高め合っていけるような向上心と協調性のある方

さらに、

  • 少なくとも2年に1回の学会発表をする意気込みがある方
  • 学部卒業までに1報の論文発表をする意気込みがある方

は特に大歓迎いたします。

清水は九州大学にいた頃、医学部3年生を指導してデータサイエンスの内容で分子生物学会 (生命科学系でもっとも大きい学会) で発表してもらった経験があります (詳しくはこちら)。また、清水自身も学部生時代に基礎医学系の研究室に足繁く通い、筆頭著者として英語論文を発表しています (Shimizu et al., Biochem Biophys Res Commun.  2011)。学部生時代の清水の研究経験はショートエッセイにも書いているので時間があれば合わせてご覧ください。

配属に関して聞きたいことがありましたら,遠慮なく連絡下さい。アドレスは清水のページに書かれています。

志が高く優秀なみなさんとご一緒できるのをとても楽しみにしています。