Twitterでも情報発信しています グラントの中には税金をベースにした国の科研費等もあることから、研究教育だけでなく一定の社会還元も不可欠な要素だと考えています。その一環として、バイオメディカル領域のデータサイエンスやシステム生物学、バイオメディカルテクノロジーに関係する論文やリソースを中心にTwitterで情報発信しています。下記は100いいね以上いただいたほんの一例ですが、これ以外にも週ベースで15ほど情報共有しています。研究者の方、学生の方、医科学に関心のある全ての方に少しでもお役に立てれば幸いです。ここでは2023年のものを記載しています。2022年のものはこちらです。 Follow @biomedicalhacks 九州大学の数理・データサイエンス教育研究センターが公開している講義資料です。他の大学からもいろいろな資料が公開されています。https://t.co/eDv87DW8sv— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 27, 2023 Pythonを使ったバイオ情報解析講習会「PAGS・DDBJ合同 中級者情報解析講習会」の動画と資料が公開されました。タイトルに「中級」と入っていますが入門に近い位置づけなので初めてでも勉強しやすいと思います。https://t.co/Rf1XcW3P1b— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 26, 2023 アミノ酸配列からのタンパク質の構造予測は単一のものしか出てきませんが実際には複数の構造をとりその間を遷移しています。1つの構造ではなく構造分布を出すという将来的な課題を述べたnature methodsの記事です。https://t.co/FvhXT4WDUz— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 26, 2023 進化予測は進化生物学だけでなく戦略的な病原体制御、ゲノム工学、合成生物学などに影響を与える可能性があります。約3000の細菌ゲノムに対して機械学習技術を適用することにより、代謝系の遺伝子の進化が概ね予測可能であることを示したScience Advances誌の報告です。https://t.co/RMzaOjIBZi— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 24, 2023 ウェアラブル技術、データサイエンス、機械学習等の進歩によりエビデンスに基づく医療が変革されつつあります。次世代のevidence-based medicineに関する展望がnature medicineに掲載されています。https://t.co/nvpt76aE6W— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 23, 2023 酵素の設計のための機械学習モデルCADENZがScienceに報告されました。このフレームワークを使って構造的に多様だが同じ活性を持つ数千の酵素を設計することに成功しています。https://t.co/CZX39YS0jq— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 23, 2023 これまで新薬の開発段階で必ず必要だった動物実験が2022年12月のFDAのルール改正により必ずしも必要ではなくなったとの記事がScienceに出ています。オルガノイドやorgan-on-chip等で代用できるとのこと。https://t.co/osXSwi52uA— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 21, 2023 細胞の「歴史」をDNAなどの核酸に書き込むことはいろいろされてきましたが、細胞の溶解が必要で空間的な情報が消えてしまいます。今回、タンパクを使って記録しそれを普通の光学顕微鏡で読み込むことができる(空間情報が残る)手法がnature biotechnologyに2つ報告されました。https://t.co/tbTAUITErp— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 21, 2023 分子動力学シミュレーションの日本語講義が公開されています。動画だけでなく講義のテキストも先生のホームページからダウンロードできます (テキスト pdfファイルのパスワードは動画で紹介されています)。https://t.co/6uB3T1jODo— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 15, 2023 タンパク質のアミノ酸配列をマイニングし新しい酵素を作るという「Genomic enzymology」についての短い解説記事です。https://t.co/fR4jzz8ctj— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 13, 2023 Stable diffusionやChatGPTはじめ, 2022年も大きなAI研究の進展がありました。それらを振り返ってレファレンスとともに紹介した記事です。https://t.co/4JIDvQW8r9— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 11, 2023 低次元の空間に埋め込むというのは深層学習でしばしば行われていますが、普通のユークリッド空間ではなく「歪んだ空間」に埋め込むHyperbolic Embeddingsについて現状をまとめた解説記事です。https://t.co/qbI2hZN4uN— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 9, 2023 生態学におけるバイオインフォマティクス研究についてリソースやツールを日本語でまとめた総説が発表されました。タダで読めます。https://t.co/eGAEO06LbL— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 7, 2023 2022年12月に日本分子生物学会年会で行われた「生命科学のデータベース活用法」についての一連の講演動画がYouTubeで公開されました。https://t.co/MKwdkfETVz— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 6, 2023 タンパクと薬物の結合速度パラメーターは薬効と相関があるため、この解明に向けた様々な計算機による手法が開発されています。近年の動向を詳細に解説したTrends Biochem Sci. 誌の総説です。https://t.co/rGQhBzStyP— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 4, 2023 NumPyの上に構築されたバイオインフォマティクス用のライブラリBioNumPyが公開されました。githubのレポジトリーにはさまざまな使い方・チュートリアル記事も置かれています。https://t.co/uc5QgoSolU— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 3, 2023 新年になり何か新しいことをはじめてみたいという学生さん。データ科学の勉強なんてどうですか? 生命科学と医療領域のデータ科学論文をみんなで読んで勉強するオンライン学生勉強会をしており全国から22名の学生さんが集まっています。まずはお試し、ゲスト参加からどうぞ。https://t.co/l0DI0rB7WB— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 1, 2023 Rのコードを作ってくれるAIです。英語でやってほしいことを入力すると、ChatGPTが後ろで動いてRのコードに翻訳して実行という流れになっています。https://t.co/kE9n7hKOIj— H_Shimizu (@biomedicalhacks) December 29, 2022 東京医科歯科大学・M&Dデータ科学センター・AIシステム医科学分野からの情報共有は下記ボタンをクリックすることで受け取れます。 Follow @biomedicalhacks