大野 聡 (Satoshi Ohno, Ph.D.)

講師 (Junior Associate Professor)

【自己紹介・ひとこと】

代謝のシステム生物学について、生理学・医学・工学への応用を研究してきました。疾患の診断・治療に向けてシステム生物学的な方法の確立を目指しています。

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在籍期間: 2023.1~
  • 兵庫県出身、姫路市立姫路高等学校卒
  • 2005-2010  大阪大学工学部・応用自然科学科・応用生物工学コース
  • 2010-2012  大阪大学大学院・情報科学研究科・バイオ情報工学専攻・博士前期課程 (清水浩 教授)
  • 2012-2015  大阪大学大学院・情報科学研究科・バイオ情報工学専攻・博士後期課程 (清水浩 教授) , 博士 (情報科学) 取得
  • 2015-2016  東京大学大学院・理学系研究科生物科学専攻・特任研究員 (黒田真也 教授)
  • 2016-2019  東京大学大学院・理学系研究科生物科学専攻・特任助教 (黒田真也 教授)
  • 2019-2022  東京大学大学院・理学系研究科附属遺伝子実験施設・助教 (黒田真也 教授)
  • 2023-現在  東京医科歯科大学・M&Dデータ科学センター・講師

代謝のシステム生物学について、生理学・医学・工学への応用を研究してきました。疾患の診断・治療に向けてシステム生物学的な方法の確立を目指しています。

直近の代表論文 (数編)

  1. Uematsu, S., *Ohno, S., Tanaka, K. Y., Hatano, A., Kokaji, T., Ito, Y., Kubota, H., Hironaka, K., Suzuki, Y., Matsumoto, M., Nakayama, K. I., Hirayama, A., Soga, T., *Kuroda, S. (2022). Multi-omics-based label-free metabolic flux inference reveals obesity-associated dysregulatory mechanisms in liver glucose metabolism. iScience, 25(2), 103787.  *corresponding authors
  2. Ohno, S., Quek, L.-E., Krycer, J. R., Yugi, K., Hirayama, A., Ikeda, S., Shoji, F., Suzuki, K., Soga, T., James, D.E., Kuroda, S. (2020). Kinetic trans-omic analysis reveals key regulatory mechanisms for insulin-regulated glucose metabolism in adipocytes. iScience, 23(9), 101479. 
  3. Ohno, S., Shimizu, H., Furusawa, C. (2014). FastPros: Screening of reaction knockout strategies for metabolic engineering. Bioinformatics, 30(7), 981–987.  
  4. Ohno, S., Uematsu, S., Kuroda, S. (2022). Quantitative metabolic fluxes regulated by trans-omic networks. Biochemical Journal, 479(6), 787–804. 
  5. Tokuyama K, Ohno S, Yoshikawa K, Hirasawa T, Tanaka S, Furusawa C,  Shimizu H. Increased 3-hydroxypropionic acid production from glycerol by modification of central metabolism in Escherichia coli. Microbial Cell Factories, 13, 64. (2014). 
  6. Sano, T., Kawata, K., Ohno, S., Yugi, K., Kakuda, K., Kubota, H., Uda, S., Fujii, M., Kunida, K., Hoshino, D., Hatano, A., Ito, Y., Sato, M., Suzuki, Y., Kuroda, S., (2016) Selective control of up-regulated and down-regulated genes by temporal patterns and doses of insulin, Science Signaling. 22(9): ra112.  equally-contributed

「現象×計測×数理」

計測技術の発展により、ゲノムやメタボロームなどの多次元データや、イメージングのような多細胞についての詳細な時系列データが次々と生み出されています。そういったときに最先端の研究を実施するには、対象とする現象・計測技術・数理解析技術の理解が必須となります。学生へは医学・情報科学・工学などにおける様々な概念や技術がブラックボックスにならないように教育を行い、「現象×計測×数理」が結びつく重要性と面白さを伝えたいたいと考えています。

「守破離」

「守破離」とは、日本の武道や芸術における師弟関係や修行過程のあり方の一つです。研究室では、

  • 「守」は教科書や論文を学習し、先行研究を再現したり指導教員の指示にしたがって研究を進めること
  • 「破」は先行研究や指導教員の意見を参考にしつつも、試行錯誤を繰り返し自身の研究に新規性や独自性を付加すること
  • 「離」は世界の情勢を鑑みながら、研究室や指導にとらわれずに新しい研究テーマに挑戦すること

と私は考えています。このような「守破離」の考え方にしたがって、研究室での教育を推進したいと考えています。

寄稿

  • 大野 聡.  代謝フラックスの定量によるトランスオミクスネットワークの理解. 生物工学会誌 100 (5), 231-23, 2022年 
  • 大野 聡、黒田 真也. 脂肪細胞におけるインスリン依存性糖代謝の速度論的トランスオミクス解析. 糖尿病学2021, 2021年
  • 佐野 貴規 、川田 健太郎、大野 聡、黒田 真也. インスリン刺激の時間パターンおよび濃度による選択的遺伝子発現制御. シグナリングに載った日本人研究者, p28, 2016年.
  • 大野 聡、古澤 力、清水 浩.  大腸菌による有用物質生産に向けた3重反応破壊のin silicoスクリーニング. 生物工学会誌, 第93巻, p76, 2015年.
  • 2015-2022システム生物学に関する実習 (プログラミング) (東京大学理学部生物化学科/生物情報科学科3年生・4年生)
  • 2020-2022 システム生物学に関する講義 (東京大学理学部生物化学科/生物情報科学科3年生)
  • 学部・修士課程・博士課程学生(海外からの留学生含む)に対する研究指導

委員会活動 (学外) 

  • 日本生物工学会 バイオインフォマティクス相談部会 委員
  • 新学術「代謝アダプテーションのトランスオミクス解析 (代謝統合オミクス)」事務局 (2017-2022)

受賞 (一部のみ)

  • 2019年 ポスター演題最優秀賞. “インスリン刺激下の脂肪細胞の代謝フラックスおよびその調節の数理解析”.  第4回生活習慣病とがんの代謝栄養メカニズム研究会. 
  • 2014年 第22回生物工学論文賞. “In silico screening of triple reaction knockout Escherichia coli strains for overproduction of useful metabolites”. 日本生物工学会
  • 2012年 Student/Young Investigator Poster Award, Topical Area: System biology and Metabolic engineering. “FastPros: Screening method of multiple gene knockout for microbial production using genome-scale metabolic model.”, Metabolic Engineering IX.

趣味・特技

  • ランニング(週2回くらい)
  • サウナ(週2回くらい)
  • 読書(マンガも)
  • たまに美術館
  • たまに映画
  • バスケットボール (中学・高校の部活)
  • アイスホッケー(大学の部活)