【Original Research】

• Konno Y, Uriu K, Chikata T, Takada T, Kurita JI, Ueda MT, Islam S, Yang Tan BJ, Ito J, Aso H, Kumata R, Williamson C, Iwami S, Takiguchi M, Nishimura Y, Morita E, Satou Y, Nakagawa S, Koyanagi Y, Sato K. Two-step evolution of HIV-1 budding system leading to pandemic in the human population. Cell Rep., 43(2), 113697, 2024 (IF=10.0) 
• Bai Y, Morita K, Kokaji T, Hatano A, Ohno S, Egami R, Pan Y, Li D, Yugi K, Uematsu S, Inoue H, Inaba Y, Suzuki Y, Matsumoto M, Izumi Y, Bamba T, Hirayama A, Soga T, Kuroda S. Trans-omic analysis reveals opposite metabolic dysregulation between feeding and fasting in liver associated with obesity. iScience, 27(3):109121, 2024 (IF=5.8) 
• Sakuma T, Mukai Y, Yamaguchi A, Suganuma Y, Okamoto K, Furugen A, Narumi K, Ishikawa S, Saito Y, Kobayashi M. Monocarboxylate Transporters 1 and 2 Are Responsible for L-Lactate Uptake in Differentiated Human Neuroblastoma SH-SY5Y Cells. Biol. Pharm. Bull.  47(4):764-770, 2024 (IF=2.0)
• Kasai S , Shiomi A, Shimizu H, Aoba M, Kinugasa Y, Miura T, Uehara K, Watanabe J, Kawai K, Ajioka Y. Risk factors and development of machine learning diagnostic models for lateral lymph node metastasis in rectal cancer: a multicentre study. BJS Open, 2024 (IF=3.2) 
• Koga D, Nakayama S, Higa T, Nakayama KI. Identification and characterization of an enhancer element regulating expression of Cdkn1c (p57 gene). Genes Cells, 2024 (IF=1.3)

【Patent (including Japanese)】

• 山田 哲也, 清水 秀幸, 小宮 力, 大野 聡, 古賀 大介, 兼田 稜. 特願2024-166123 血糖上昇の有無を予測するための装置

【Awards (including Japanese)】

• 大谷悠喜. TMDU大学院リトリート リトリート賞 (東京医科歯科大学)
• 大田航平. TMDU大学院リトリート 優秀ポスター賞 (東京医科歯科大学)

【Books (including Japanese)】

• 岡田随象 企画、川原田 明徳, 大谷 悠喜, 清水 秀幸分担著書、医学のあゆみ増刊号「遺伝統計学の新潮流 ─新規創薬・個別化医療への挑戦」, 医歯薬出版 2024
• 伊東 巧, 大田航平, 大谷 悠喜, 清水 秀幸分担著書、消化器病学サイエンス　2024年9月号「消化器領域の研究においてAIはどこまで活用されるのか？」, 先端医学社 2024

【Invited talks  (including Japanese)】

• 清水 秀幸. Leveraging Machine Learning and Omics Data for Personalized Medicine. 第69回日本人類遺伝学会, 2024
• 清水 秀幸. 人工知能が創出する未来医療. 第45回日本炎症・再生医学会, 2024
• 清水 秀幸. 情報科学が創出する未来医療. 日本情報オリンピック春季トレーニング (日本代表選考会) 講義, 2024
• 清水秀幸. データサイエンスが拓く未来の生命科学と医療. 都立日比谷高校 SSH生物特別講演, 2024

【Fellowships (including Japanese)】

• 佐久間智也. TMDU-SPRING (東京医科歯科大学, 4年間)

【Meida (including Japanese)】

• 日経新聞: 国内勢、独自技術が武器

【International conference】

• Aso H, Shimizu H. Development of an antimicrobial resistance tracer for pandemic preparedness. CSHL Biological Data Science 2024
• Ito T, Ohno S, Wang Y, Kuroda S, Shimizu H. Metabolic regulatory network reconstruction using artificial intelligence and multi-omic data. Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024
• Otani Y, Wakizaka Y, Koga D, Aso H, Shimizu H. AI-assisted discovery of antimicrobial peptides to combat multidrug-resistant bacteria. Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024

【Domestic conference (including Japanese)】

• 笠井俊輔、塩見明生、青葉萌奈美、清水秀幸、賀川弘康、日野仁嗣、眞部祥一、山岡雄祐、前田周良、田中佑典、川合一茂、味岡洋一. 直腸癌側方リンパ節転移診断能向上を目指した機械学習モデルの開発. 第100回大腸癌研究会学術集会, 2024
• 笠井俊輔、塩見明生、青葉萌奈美、清水秀幸、賀川弘康、眞部祥一、山岡雄祐、前田周良、川合一茂、味岡洋一. 直腸癌側方リンパ節転移診断能向上を目指した機械学習モデルの開発. 第79回日本消化器外科学会総会, 2024
• 大谷悠喜、脇阪康成、古賀大介、麻生啓文、清水秀幸. AI駆動の次世代感染症創薬システムの開発. 第47回日本分子生物学会年会, 2024 
• 佐久間智也、麻生啓文、古賀大介、清水秀幸. 核酸医薬開発加速化のための大規模言語モデルを活用した機械学習モデルの開発. 第47回日本分子生物学会年会, 2024 
• 大野聡、清水秀幸. シングルセルフラクソミクスに向けて. 第47回日本分子生物学会年会, 2024
• 鈴岡拓也、麻生啓文、古賀大介、清水秀幸. 合理的な薬剤設計のための薬物動態を考慮した ADMET 予測AIの開発.  第47回日本分子生物学会年会, 2024
• 大田航平、古賀大介、麻生啓文、清水秀幸. AIによる抗がん剤多剤併用療法の効果予測. 第47回日本分子生物学会年会, 2024
• 増田咲希、大野聡、古賀大介、大谷悠喜、大田航平、伊東巧、清水秀幸. 代謝疾患の定量的な理解に向けた酵素パラメータ予測AIの開発. 第47回日本分子生物学会年会, 2024
• 博田悠斗、大谷悠喜、麻生啓文、古賀大介、清水秀幸. 神経疾患に対する治療薬開発のための血液脳関門透過ペプチドをデザインするAIの開発. 第47回日本分子生物学会年会, 2024
• 小川諒、大野聡、佐久間智也、伊東巧、大田航平、清水秀幸. 急性骨髄性白血病の統合ネットワーク解析. 第47回日本分子生物学会年会, 2024
• 沖田大和, 坂東希歩, 山崎美紅, 天羽宏枝, 大野聡, 清水秀幸, 鬼塚正義. 計算化学技術を活用した二重特異性抗体の凝集性の改善. 第3回日本抗体学会学術大会, 2024

【Original Research】

• Hozumi, Shimizu H. Bayesian network enables interpretable and state-of-the-art prediction of immunotherapy responses in cancer patients. PNAS Nexus, 2(5), pgad133, 2023
• Fujinuma S, Nakatsumi H, Shimizu H, Sugiyama S, Harada A, Goya T, Tanaka M, Kohjima M, Takahashi M, Izumi Y, Yagi M, Kang D, Kaneko M, Shigeta M, Bamba T, Ohkawa Y, Nakayama KI. FOXK1 promotes nonalcoholic fatty liver disease by mediating mTORC1-dependent inhibition of hepatic fatty acid oxidation. Cell Rep., 42(5), 112530, 2023 (IF=10.0)
• Oka T, Higa T, Sugahara O, Koga D, Nakayama S, Nakayama KI. Ablation of p57+ quiescent cancer stem cells suppresses recurrence after chemotherapy of intestinal tumors. Cancer Res., 2023 (IF=13.3)
• Hirooka K, Oki K, Ogawa-Ochiai K, Nakaniida Y, Onoe H, Kiuchi Y. Blood flow in the optic nerve head in patients with primary aldosteronism. PLoS One, 18(4), e0285039, 2023 (IF=3.7)
• Kodama M, Toyokawa G, Sugahara O, Sugiyama S, Haratake N, Yamada Y, Wada R, Takamori S, Shimokawa M, Takenaka T, Tagawa T, Kittaka H, Tsuruda T, Tanaka K, Komatsu Y, Nakata K, Imado Y, Yamazaki K, Okamoto I, Oda Y, Takahashi M, Izumi Y, Bamba T, Shimizu H, Yoshizumi T, Nakayama KI. Modulation of host glutamine anabolism enhances the sensitivity of small cell lung cancer to chemotherapy. Cell Rep., 42(8):112899, 2023 (IF=10.0)
• Nakaniida Y, Tokumo K, Onoe H, Okada N, Nakakura S, Asaoka R, Kiuchi Y. Comparison of Corvis ST Parameters between Primary Open-Angle Glaucoma and Primary Angle-Closure Glaucoma. J. Clin. Med., 12(15), 5108, 2023  (IF=4.9)
• Aso H, Ito J, Ozaki H, Kashima Y, Suzuki Y, Koyanagi Y, Sato K. Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections. GigaScience, 12, 2023 (IF=7.6)
• Yamaguchi A, Mukai Y, Sakuma T, Suganuma Y, Furugen A, Narumi K, Kobayashi M. Molecular characteristic analysis of single-nucleotide polymorphisms in
  SLC16A9/hMCT9. Life Sci., 334, 122205, 2023 (IF=6.1)
• Funasaki S, Hatano A, Nakatsumi H, Koga D, Sugahara O, Yumimoto K, Baba M, Matsumoto M, Nakayama KI. A stepwise and digital pattern of RSK phosphorylation determines the outcome of thymic selection. iScience  26 (9), 107552, 2023 (IF=5.8)
• Nakaniida Y, Higashikawa F, Tokumo K, Yuasa Y, Onoe H, Okada N, Nakakura S, Asaoka R, Kiuchi Y. Cureus 15(10): e46500, 2023 (IF=1.2)
• Maehara H, Kokaji T, Hatano A, Suzuki Y, Matsumoto M, Nakayama KI, Egami R, Tsuchiya T, Ozaki H, Morita K, Shirai M, Li D, Terakawa A, Uematsu S, Hironaka K, Ohno S, Kubota H, Araki H, Miura F, Ito T, Kuroda S. DNA hypomethylation characterizes genes encoding tissue-dominant functional proteins in liver and skeletal muscle. Sci. Rep., 2023 (IF=5.0)
• Yamaguchi A, Mukai Y, Sakuma T, Furugen A, Narumi K, Kobayashi M. Atorvastatin Exerts More Selective Inhibitory Effects on hMCT2 than on hMCT1 and hMCT4.  Anticancer Res., 43(7):3015-3022, 2023 (IF=2.0)
• Yamaguchi A, Mukai Y, Sakuma T, Narumi K, Furugen A, Yamada Y, Kobayashi M. Monocarboxylate transporter 4 involves in energy metabolism and drug sensitivity in hypoxia. Sci. Rep., 13(1):1501, 2023 (IF=4.6)

【Awards (including Japanese)】

• 清水秀幸. 第27回丸文研究奨励賞 (一般財団法人 丸文財団)
• 大谷悠喜. MBSJ2023サイエンスピッチ優秀発表賞 (日本分子生物学会)

【Books (including Japanese)】

• 清水 秀幸 編著. 実験医学別冊 Pythonで実践 生命科学データの機械学習. 羊土社 2023
• 大澤 毅 編、大野 聡 分担著書、実験医学増刊「マルチオミクス　データ駆動時代の疾患研究」. 羊土社 2023
• 「一家に一枚　ウイルス」製作チーム (小嶋将平、渡士幸一、渡辺登喜子、堀江真行、麻生啓文、多賀佳、川久保修介、塩野谷果歩) 製作監修. 学習資料「一家に1枚　ウイルス」 文部科学省 2023

【Meida (including Japanese)】

• 清水 秀幸. 感染症TODAY (ラジオNIKKEI社の全国放送, 医学番組) 出演

【Invited talks (including Japanese)】

• 清水 秀幸. ネクストパンデミックを数理情報科学との融合知で防ぐ. TMDU感染症センター記念シンポジウム, 2023
• Hideyuki Shimizu. Toward personalized cancer treatment through AI drug discovery. 第82回日本癌学会学術総会, シンポジウム, 2023
• Hideyuki Shimizu. Toward ultra-fast drug discovery for hundreds of pathogens. 日米先端工学シンポジウム (JAFOE) シンポジウム, 2023
• 清水 秀幸. 医療とAI入門. 日本脳神経血管内治療学会関東地方会学術集会, 2023
• Hideyuki Shimizu. Future challenges of AI in oncology. Chugai Cancer Summit, 2023 (欧州の医師やがん研究者, 専門家を対象にした招待講演とパネルディスカッション)
• 清水 秀幸. 臨床応用を目指したデータ科学・AI創薬研究. 東北大学主催第1回医学AIセミナー, 2023
• 清水 秀幸. データサイエンスによる小細胞肺がん治療法の確立を目指して. 15th NUJRA special seminar, 2023
• 清水 秀幸. オミクス解析における人工知能技術の活用. 千里ライフサイエンスセミナーT5 「バイオインフォマティクスの最前線」, 2023
• 清水 秀幸. オンラインによる学生医学研究・交流のすゝめ, 第31回日本医学会総会学生企画,  2023
• 清水 秀幸. 医療におけるAIの活用と課題, LabTech Talk, 2023
• 清水 秀幸. 異分野融合で創り出す未来医療~新大学で目指すConvergence Scienceとは何だろう？~ 第72回お茶の水祭, 2023

【International conference】

• Nakaniida Y et al. Characteristics of Corvis ST parameters in subjects with low ocular blood flow. The 38th Asia-Pacific Academy of Ophthalmology (APAO) Congress. Kuala Lumpur, Malaysia, 2023
• Ohno S et al., OMELET: Multi-omics-based metabolic flux inference for understanding obesity-associated dysregulatory mechanisms in liver glucose metabolism. Metabolic Engineering 15. Singapore, 2023

【Domestic conference (including Japanese)】

• 麻生 啓文, 伊東 潤平, 尾崎 遼, 鹿島 幸恵, 鈴木 穣, 小柳 義夫, 佐藤 佳. ウイルス感染に対する動物種特異的自然免疫応答. 第17回ウイルス学キャンプ in 湯河原, 2023
• 中新井田 悠太, 徳毛 花菜，尾上 弘光，岡田 尚樹, 中倉 俊祐，朝岡 亮,  清水 秀幸, 木内良明. 原発開放隅角緑内障と原発閉塞隅角緑内障の Corvis ST パラメータの比較. 第77回日本臨床眼科学会, 2023
• 中新井田 悠太, 清水 秀幸, 大野 聡, 徳毛 花菜, 尾上 弘光, 岡田 尚樹, 中倉 俊祐, 朝岡 亮, 木内 良明. 機械学習を用いた緑内障・白内障同時手術後の視力予測. 第4回日本眼科AI学会総会, 2023
• 麻生 啓文, 大野 聡, 清水 秀幸. プラスミドDNAの宿主細菌を予測するツールの開発. 第46回日本分子生物学会年会, 2023
• 伊東 巧, 大野 聡, Yiran Wang, 黒田 真也, 清水 秀幸. AIとマルチオミクスデータを用いたデータドリブンな代謝ネットワークの再構築. 第46回日本分子生物学会年会, 2023
• 大谷 悠喜, 脇阪 康成, 麻生 啓文, 古賀 大介, 清水 秀幸. 微生物学を学んだAIによる次世代の感染症創薬に向けて. 第46回日本分子生物学会年会, 2023
• 古賀 大介, 麻生 啓文, 大野 聡, 清水 秀幸. 機械学習を用いたゲノミクスによる2型糖尿病の病態解析. 第46回日本分子生物学会年会, 2023
• 大田 航平, 古賀 大介, 麻生 啓文, 清水 秀幸. 抗がん剤の多剤併用療法の効果予測モデルの開発. 第46回日本分子生物学会年会, 2023
• 佐久間 智也, 向井悠斗, 山口敦史, 石川修平, 古堅彩子, 鳴海克哉, 小林正紀. 分化誘導されたヒト神経芽細胞腫SH-SY5Y細胞における乳酸輸送担体の同定. 日本薬学会第143年会, 2023

【Original Research】

• Mise S, Matsumoto A, Shimada K, Hosaka T, Takahashi M, Ichihara K, Shimizu H, Shiraishi C, Saito D, Suyama M, Yasuda T, Ide T, Izumi Y, Bamba T, Kimura-Someya T, Shirouzu T, Miyata H, Ikawa M, Nakayama KI. Kastor and Polluks polypeptides encoded by a single gene locus cooperatively regulate VDAC and spermatogenesis. Nature Commun., 13(1), 1071, 2022  (IF=17.7)
• Uematsu S, ^†Ohno S, Tanaka KY, Hatano A, Kokaji T, Ito Y, Kubota H, Hironaka K, Suzuki Y, Matsumoto M, Nakayama KI, Hirayama A, Soga T, ^†Kuroda S. Multi-omics-based label-free metabolic flux inference reveals obesity-associated dysregulatory mechanisms in liver glucose metabolism. iScience, 25(2), 103787. (2022) (IF=6.1) (^†corresponding authors)
• Habara M, Sato Y, Goshima T, Sakurai M, Imai H, Shimizu H, Katayama Y, Hanaki S, Masaki T, Morimoto M, Nishikawa S, Toyama T, Shimada M. FKBP52 and FKBP51 Differentially Regulate the Stability of Estrogen Receptor in Breast Cancer. Proc Natl Acad Sci USA, 19(15), e2110256119, 2022  (IF=11.2)
• Terakawa A, Hu Y, Kokaji T, Yugi K, Morita K, Ohno S, Pan Y, Bai Y, Parkhitko AA, Ni X, Asara JM, Bulyk ML, Perrimon N, Kuroda S. Trans-omics analysis of insulin action reveals a cell growth subnetwork which co-regulates anabolic processes. iScience, 25(5), 104231, 2022 (IF=6.1)
• ^†Shimizu H, Kodama M, Matsumoto M, Orba Y, Sasaki Y, Sato A, Sawa H, ^†Nakayama KI. LIGHTHOUSE illuminates therapeutics for a variety of diseases including COVID-19. iScience, 25(11), 105314, 2022 (IF=6.1) (^†corresponding authors)【解説記事はこちら】
• Kokaji T, Eto M, Hatano A, Yugi K, Morita K, Ohno S, Fujii M, Hironaka K, Ito Y, Egami R, Uematsu S, Terakawa A, Pan Y, Maehara H, Li D, Bai Y, Tsuchiya T, Ozaki H, Inoue H, Kubota H, Suzuki Y, Hirayama A, Soga T,  Kuroda S. In vivo transomic analyses of glucose-responsive metabolism in skeletal muscle reveal core differences between the healthy and obese states. Sci. Rep. 12(1), 1–19, 2022 (IF=5.0)
• Yamato M, Matsuyama S, Murakami Y, Aida J, Lu Y, Sugawara Y, Tsuji I. Association between the number of remaining teeth and disability-free life expectancy, and the impact of oral self-care in older Japanese adults: a prospective cohort study. BMC Geriatr. 22(1), 820, 2022 (IF=3.7)
• Huicheng Q, Kikuchi M, Yoshino Y, Fang Z, Ohashi K, Gotoh T, Ideta R, Ui A, Endo S, Otsuka K, Shindo N, Gonda K, Ishioka C, Chiba N. BRCA1 transports the DNA damage signal for CDDP-induced centrosome amplification through the centrosomal Aurora A. 13(12), 4230-4243, Cancer Sci., 2022 (IF=6.5)
• Higa T, Okita Y, Matsumoto A, Nakayama S, Oka T, Sugahara O, Koga D, Takeishi S, Nakatsumi H, Hosen N, Robine S, Taketo MM, Sato T, Nakayama KI. Spatiotemporal reprogramming of differentiated cells underlies regeneration and neoplasia in the intestinal epithelium. Nature Commun., 13(1), 1500, 2022 (IF=17.7)
• Mukai Y, Yamaguchi A, Sakuma T, Nadai T, Furugen A, Narumi K, Kobayashi M. Involvement of SLC16A1/MCT1 and SLC16A3/MCT4 in l-lactate transport in the hepatocellular carcinoma cell line. Biopharm. Drug Dispos. 43(5):183-191, 2022 (IF=2.1)

【Review】

• ^†Ohno S, Uematsu S, Kuroda S. Quantitative metabolic fluxes regulated by trans-omic networks. Biochem. J. 479(6), 787–804, 2022 (IF=3.8) (^†corresponding author)

【Invited talks (including Japanese)】

• 清水 秀幸. Machine learning-guided drug discovery: Beyond protein structures, 第45回日本分子生物学会年会ワークショップ, 2022
• 大野 聡, 黒田真也.  少数の酵素に対するインスリン依存性リン酸化とアロステリック制御による脂肪細胞の糖代謝制御. 第45回日本分子生物学会年会ワークショップ, 2022
• Aso H, Ito J, Ozaki H, Kashima Y, Suzuki Y & Sato K. ウイルス感染に対する自然免疫応答の動物種間比較解析. 第69回日本ウイルス学会学術集会. 2022
• 清水 秀幸. 抗原提示の法則をデータサイエンスで紐解く, 東京医科歯科大学重点領域研究全体会議, 2022
• 清水 秀幸. 医・歯・保健領域横断的なデータサイエンス交流の始動, DSCシンポジウム, 2022
• 清水 秀幸. データサイエンスによる次世代型医療への挑戦, 東京大学理学部セミナー, 2022

【Meida (including Japanese)】

• 日刊工業新聞: AI新時代/九州大学生体防御医学研究所 治療薬候補の化合物探索

• 日経バイオテクノロジー: Qイノベーション、立体構造要らずの蛋白質結合物質探索法を事業化

【Press release (including Japanese)】

• 2種類の小さなタンパク質が精子ミトコンドリアの形態を制御する －男性不妊のメカニズムの一端を解明－
• 乳がん治療法の開発に新たな光～プロリン異性化酵素による乳がんの悪性化機構を発見～
• 数理モデルを用いた肥満における代謝変化と制御の定量的理解

【International conference】

• Nakaniida Y, Higashikawa F, Asaoka R, Nakakura S, Kiuchi Y. Effect of Axial length on Subjective Refraction and UCVA. The 14th International Orthoptic Association Congress 2022, Virtual Meeting, 2022
• Aso H, Ito J, Ozaki H, Kashima Y, Suzuki Y & Sato K. Comparative analysis of innate immune response to viral infection among animal species. EMBO Workshop Pathogen immunity and signaling. Saint-Malo, France. 2022

【Domestic conference (including Japanese)】

• 大野 聡. 糖投与後のマウスにおける臓器連関の代謝フラックス解析. CREST多細胞 領域会議, 2022
• 大野 聡. マルチオミクスデータから代謝フラックスとその制御を解析する手法OMELETの開発, UBIセミナー, 2022
• Ohno S. Metabolic flux analysis for understanding metabolic regulation in mammalian cells and organs.   CREST多細胞 rising star webinar, 2022
• 大和真弥、松山紗奈江、村上義孝、相田潤、陸兪凱、菅原由美、辻一郎. 現在歯数および口腔ケアと健康寿命との関連：大崎コホート2006研究. 第32回日本疫学会学術総会, 2022
• 中新井田 悠太, 東川史子，湯浅勇生, 徳毛花菜，尾上弘光，岡田尚樹, 中倉俊祐，朝岡亮, 木内良明. 健常者における LSFG と Corvis ST パラメータの関連性について. 第126 回日本眼科学会総会, 2022
• 中新井田 悠太, 東川史子，湯浅勇生, 徳毛花菜，尾上弘光，岡田尚樹, 中倉俊祐， 朝岡亮, 木内良明. 屈折異常が眼血流に与える影響. 第4回日本近視学会総会, 2022
• 中新井田 悠太, 東川史子，湯浅勇生, 徳毛花菜，尾上弘光，岡田尚樹, 中倉俊祐，朝岡亮, 木内良明. 第76 回日本臨床眼科学会, 2022
• Koga D, Higa T, Nakayama S, Oka T, Sugahara S, Nakayama KI. Searching for the p57 gene regulatory regions in mouse ESCs. 第45回日本分子生物学会年会, 2022

【Original Research】

• Shimizu H, Nakayama KI. A universal molecular prognostic score for gastrointestinal tumors. NPJ Genom. Med., 6(1), 6, 2021 (IF=8.6)
• Egami R, Kokaji T, Hatano A, Yugi K, Eto M, Morita K, Ohno S, Fujii M, Hironaka K, Uematsu S, Terakawa A, Bai Y, Pan Y, Tsuchiya T, Ozaki H, Inoue H, Uda S, Kubota H, Suzuki Y, Matsumoto M, Nakayama KI, Hirayama A, Soga T, Kuroda S. Trans-omic analysis reveals obesity-associated dysregulation of inter-organ metabolic cycles between the liver and skeletal muscle. iScience, 24(3), 102217. (2021) (IF=6.1)
• Ichihara K, Matsumoto A, Nishida H, Kito Y, Shimizu H, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ishihama Y, Nakayama KI. Combinatorial analysis of translation dynamics reveals eIF2 dependence of translation initiation at near-cognate codons. Nucleic Acids Res., 49(13), 7298-7317,  2021 (IF=16.9)【解説記事はこちら】
• Kosugi Y, Uriu K, Suzuki N, Yamamoto K, Nagaoka S, Kimura I, Konno Y, Aso H, Willett BJ, Kobayashi T, Koyanagi Y, Ueda MT, Ito J, Sato K. A comprehensive investigation on the interplay between feline APOBEC3Z3 proteins and feline immunodeficiency virus Vif proteins. J. Virol., 95(13):e0017821, 2021 (IF=6.5)

【Invited talks  (including Japanese)】

• 大野聡. 脂肪細胞におけるインスリン依存性糖代謝の速度論的トランスオミクス解析. 質量インフォマティクス研究会2021年ワークショップ, 2021
• 大野聡, 黒田真也. 脂肪細胞におけるインスリン依存性糖代謝の速度論的トランスオミクス解析. 日本プロテオーム学会2021年大会, 2021

【Patent  (including Japanese)】

• 中山 敬一, 清水 秀幸. 特願2021-091667 相互作用推定方法、相互作用推定装置および相互作用推定プログラム 

【Meida (including Japanese)】

• KBC（九州朝日放送) : 九大 人工知能で治療薬
• KBC（九州朝日放送) : 治療薬を選別するＡⅠを開発　新型コロナの治療薬も？
• 日テレ: 新薬の開発期間短縮に期待 九州大学が人工知能を開発
• NHKニュース：AIで治療薬候補を高速予測“コロナ感染抑制物質も”九州大など
• 朝日新聞: 薬の候補予測 AIで速さ数千倍
• 読売新聞: 新薬候補AIが探す
• 産経新聞: AIで新薬開発加速
• 毎日新聞: 新薬開発、AIで高速化
• 西日本新聞: “新薬” 発見速度 AIで1000倍↑
• 文藝春秋オピニオン・2022年の論点100 : AIでコロナ治療薬を迅速に見つける”灯台”
• 日経デジタルヘルス : 治療薬の探索を数千倍速く、九大などの高速創薬AIがスキップした「障壁」
• マイナビニュース: AIを用いてデルタ株を含む新型コロナ治療薬候補の発見に九大が成功

【Press release (including Japanese)】

• 人工知能であらゆる疾患の治療薬を見つける方法を開発－ 新型コロナウイルス（含デルタ株）治療薬候補の発見に成功 －
• 非典型的開始コドンからの翻訳開始機構を解明 －がん等の治療法開発に期待－

【International conference】

• Way J, Dobbertin T, Heid D, Chan KR, Vernet A, Sanchez-Ventura M, Graveline A, Burrill D, Lee J, Shimizu H, Niopek D, Silver P. Harnessing the natural trypsin antagonist SPINK-1 for targeted treatment of acute pancreatitis. 52nd Annual Meeting of the American Pancreatic Association, USA, 2021
• Nakaniida Y, Yuasa Y, Asaoka R, Nakakura S, Kiuchi Y. Comparison of Corvis ST Tonometry Parameters between Primary Open-Angle Glaucoma and Primary Angle- Closure Glaucoma. 9th World Glaucoma Congress, Virtual Meeting, 2021
• Nakaniida Y, Higashikawa F, Asaoka R, Nakakura S, Kiuchi Y. Effect of ocular dominance on fundus blood flow. The 14th Joint Meeting of Japan-China-Korea Ophthalmologists, Virtual Meeting, 2021

【Domestic conference (including Japanese)】

• Koga D, Higa T, Nakayama S, Oka T, Sugahara S, Nakayama KI. The role of transcription factor Etv4 in intestinal regeneration. 第44回日本分子生物学会年会, 2021
• 植松沙織, 大野 聡, 黒田真也. Omics-based label-free metabolic flux inference reveals dysregulation of glucose metabolism in liver associated with obesity. 2021年日本バイオインフォマティクス学会年会, 2021  【Highlight track】

【Original Research】

• Onoyama I, Nakayama S, Shimizu H, Nakayama KI. Loss of Fbxw7 impairs development of and induces heterogeneous tumor formation in the mouse mammary gland. Cancer Res., 80(24), 5515-5530,  2020 (IF=13.3) 【解説記事はこちら】
• Kokaji T, Hatano A, Ito Y, Yugi K, Eto M, Morita K, Ohno S, Fujii M, Hironaka K, Egami R, Terakawa A, Tsuchiya T, Ozaki H, Inoue H, Uda S, Kubota H, Suzuki Y, Ikeda K, Arita M, Matsumoto M, Nakayama K.I, Hirayama A, Soga T, Kuroda S. Transomics analysis reveals allosteric and gene regulation axes for altered hepatic glucose-responsive metabolism in obesity. Science Signaling, 13(660), eaaz1236. (2020) (IF=8.2)
• Yamauchi Y, Nita A, Nishiyama M, Muto Y, Shimizu H, Nakatsumi H, Nakayama KI. Skp2 contributes to cell cycle progression in trophoblast stem cells and to placental development. Genes Cells, 25(6), 427-438, 2020 (IF=2.30)
• Ohno S, Quek L-E, Krycer JR, Yugi K, Hirayama A, Ikeda S, Shoji F, Suzuki K, Soga T, James DE, Kuroda S. Kinetic trans-omic analysis reveals key regulatory mechanisms for insulin-regulated glucose metabolism in adipocytes. iScience, 23(9), 101479. (2020) (IF=6.1)
• Oshikawa K, Matsumoto M, Kodama M, Shimizu H, Nakayama KI. A fail-safe system to prevent oncogenesis by senescence is targeted by SV40 small T antigen. Oncogene, 39(10), 2170-2186, 2020 (IF=9.87)
• Quek L-E, Krycer JR, Ohno S, Yugi K, Fazakerley DJ, Scalzo R, Elkington SD, Dai Z, Hirayama A, Ikeda S, Shoji F, Suzuki K, Locasale JW, Soga T, James DE, Kuroda S. Dynamic ¹³C Flux Analysis Captures the Reorganization of Adipocyte Glucose Metabolism in Response to Insulin. iScience, 23(2). (2020) (IF=6.1)
• 【Citation Top1% paper】Kodama M, Oshikawa K, Shimizu H, Yoshioka S, Takahashi M, Izumi Y, Bamba T, Tateishi C, Tomonaga T, Matsumoto M, Nakayama KI. A shift in glutamine nitrogen metabolism contributes to malignant progression of cancer. Nature Commun., 11(1), 1320, 2020 (IF=14.9)【解説記事はこちら】
• Hwang YS, Suzuki S, Saita Y, Ito J, Sakata Y, Aso H, Sato K, Hermann BP, Sasaki K. Reconstitution of prospermatogonial specification in vitro from human induced pluripotent stem cells. Nature Commun.,11(1), 5656, 2020 (IF=14.9)
• Nakano Y, Keisuke Y, Ueda MT, Soper A, Konno Y, Kimura I, Uriu K, Kumata R, Aso H, Misawa N, Nagaoka S, Shimizu S, Mitsumune K, Kosugi Y, Juarez-Fernandez G, Ito J, Nakagawa S, Ikeda T, Koyanagi Y, Harris RS, Sato K. A role for gorilla APOBEC3G in shaping lentivirus evolution including transmission to humans. PLoS Pathog., 16(9), e1008812, 2020 (IF=6.8)
• Aso H, Nagaoka S, Kawakami, Ito J, Islam S, Tan BJY, Nakaoka S, Ashizaki K, Shirogushi K, Suzuki Y, Satou Y, Koyanagi Y, Sato K. Multiomics investigation revealing comprehensive characteristics of HIV-1-infected cells in vivo. Cell Rep., 32 (2), 107887, 2020 (IF=9.4) 

【Review】

• 【Citation Top1% paper】Shimizu H, Nakayama KI. Artificial intelligence in oncology. Cancer Sci., 111(5), 1452-1460,  2020 (IF=6.72)

【Invited talks  (including Japanese)】

• 大野 聡, 黒田真也. インスリン刺激下の脂肪細胞における速度論的トランスオミクス解析. 第51回化学工学会秋季大会, 2020

【Press release (including Japanese)】

• 難治性乳がんの原因となる腫瘍内多様性発生のメカニズムを解明 －乳がんの新たな治療戦略の開発に期待－
• がんの悪性化における窒素代謝の変化を解明 －難治性がんの新たな治療標的PPATを発見－
• インスリン作用による脂肪細胞の糖代謝制御の全貌を解明

【Domestic conference (including Japanese)】

• Sato K, Aso H, Nagaoka S, Ito J. シングルセルトランスクリプトーム解析による生体内におけるエイズウイルス感染細胞の異質性の描出. 第71回日本電気泳動学会総会, 2020

【Original Research】

• 【Citation Top10% paper】Shimizu H, Nakayama KI. A 23 gene-based molecular prognostic score precisely predicts overall survival of breast cancer patients. EBioMedicine, 46, 150-159, 2019 (IF=11.2)【解説記事はこちら】
• Muto Y, Moroishi T, Ichihara K, Nishiyama M, Shimizu H, Eguchi H, Moriya K, Koike K, Mimori K, Mori M, Katayama Y, Nakayama KI. Disruption of FBXL5-mediated cellular iron homeostasis promotes liver carcinogenesis. J. Exp. Med.,216(4), 950-965, 2019 (IF=14.3)【解説記事はこちら】
• Shimizu H, Takeishi S, Nakatsumi H, Nakayama KI. Prevention of cancer dormancy by Fbxw7 ablation eradicates disseminated tumor cells. JCI Insight, 4(4), e125138, 2019 (IF=9.5)【解説記事はこちら】
• Aso H, Ito J, Koyanagi Y, Sato K. Comparative Description of the Expression Profile of Interferon- stimulated Genes in Multiple Cell Lineages Targeted by HIV-1 Infection. Front. Microbiol., 10, 429, 2019 (IF=4.2) 

【Review】

• Yugi K, Ohno S, Krycer JR, James DE, Kuroda S. Rate-oriented trans-omics: integration of multiple omic data on the basis of reaction kinetics. Curr. Opin. Syst. Biol. 15, 109–120, 2019 (IF=2.9)

【Books (including Japanese)】

• (分担執筆) 清水 秀幸, 中山 敬一. 「人と共生するAI革命―活用事例からみる生活・産業・社会の未来展望」エヌ・ティー・エス出版,  2019

【Invited talks (including Japanese)】

• Shimizu H, Nakayama KI. Machine learning uncovers novel aspects in healthcare and life science, 第42回日本分子生物学会シンポジウム, 2019
• 清水 秀幸. データ駆動科学によるがん個別化医療への試み, 東北大学加齢医学研究所セミナー, 2019
• Ohno S, Hirayama A, Soga T, James DE, Kuroda S. Regulation of metabolic fluxes in adipocytes with insulin. 第13回メタボロームシンポジウム, 2019

【Original Research Written in Japanese 】

• 中新井田 悠太, 半田知也, 川守田拓志, 岩田遥, 庄司信行. 片眼遮閉下と両眼開放下における中間距離の屈折値変化. 視覚の科学, 40(3), 51-54, 2019 【 Young investigator award / 第 25 回日本眼光学学会学術奨励賞受賞】

【Meida (including Japanese)】

• NHKニュース : 乳がん手術後の生存率 “23の遺伝子が深く関係” 
• 日経新聞 : がん生存率 AIで予測

【Press release (including Japanese)】

• 肝臓の過剰な鉄が肝臓がんを引き起こす仕組みを解明 -肝臓がんの新たな予防法・治療法開発に期待-

【International conference】

• Ohno S, Quek LE, Krycer JR, Yugi Y, Hirayama A, Soga T, James DE, Kuroda S. Metabolic flux changes over time and the regulatory mechanisms in insulin-stimulated adipocytes. ICSB2019, Japan, 2019

【Domestic conference (including Japanese)】

• 見世 慎太朗、松本 有樹修、市原 知哉、清水 秀幸、高橋 政友、和泉 自泰、馬場 健史、宮田 治彦、嶋田 圭祐、伊川 正人、中山 敬一. 精子特異的な2つの新規ポリペプチドはVDACの機能と精子ミトコンドリアの形態形成を制御する. 第42回 日本分子生物学会年会, 2019
• 小玉 学、押川 清孝、清水 秀幸、吉岡 進、高橋 政友、和泉 自泰、馬場 健史、朝長 毅、松本 雅記、中山 敬一. 核酸合成経路へのグルタミン代謝シフトはヒトがんの悪性化を可能とする. 第42回 日本分子生物学会年会, 2019
• 澤田 高志、清水 秀幸、山内 悠平、中山 敬一. 腫瘍進展を抑制し予後に関わるマイクロRNA miR-139の同定. 第42回 日本分子生物学会年会, 2019 【詳しくはこちら】
• 清水 秀幸, An AI-based Scoring System Precisely Predicts Overall Survival of Breast Cancer Patients. 第14回研究所ネットワーク国際シンポジウム, 2019
• Sato K, Nakano Y, Yamamoto K, Ueda MT, Soper A, Kumata R, Aso H, Misawa N, Konno Y, Kimura I, Nagaoka S, Juarez-Fernandez G, Ito J, Nakagawa S, Koyanagi Y. Gorilla APOBEC3G restricts SIVcpz and influences lentiviral evolution in great ape cross-species transmissions. The 18th Awaji International Forum on Infection and Immunity. 2019
• Aso H, Nagaoka S, Ito J, Misawa N, Shiroguchi K, Suzuki Y, Kawakami E, Koyanagi Y & Sato K. Characterization of the heterogeneity of HIV-1-infected cells in vivo. 第67回日本ウイルス学会学術集会. 2019
• Aso H, Ito J, Koyanagi Y, Sato K. Transcriptomic meta-analysis of interferon-stimulated genes in multiple cell lineages targeted by HIV-1 infection. The 17th International Student Seminar. 2019
• Nagaoka S, Aso H, Ito J, Misawa N, Islam S, Shiroguchi K, Kawakami E, Koyanagi Y & Sato K、生体内HIV-1感染細胞のマルチオミクス解析. SRC. 2019
• Aso H, Ito J, Sato K. HIV-1感染標的細胞におけるインターフェロン誘導遺伝子発現パターンの網羅的解析. 第16回ウイルス学キャンプ in 湯河原. 2019
• 大野 聡, Quek LE, Krycer JR, 柚木克之,平山明由,曽我朋義, James DE, 黒田真也. インスリン刺激下の脂肪細胞の代謝フラックスおよびその調節の数理解析. 第四回生活習慣病とがんの代謝栄養メカニズム研究会,  2019 【 Best poster award / 最優秀ポスター賞 受賞】
• 中新井田 悠太, 渋谷恵理, 清田優希也, 丸山美貴, 関枝里子, 三田哲大, 久保江 理, 佐々木洋. 術前混濁による予測視力からの焦点深度拡張型眼内レンズと二焦点眼内レンズ の適応判定の試み. 第58回日本白内障学会総会, 2019

【Original Research】

• Konno Y, Nagaoka S, Kimura I, Yamamoto K, Kagawa Y, Kumata R, Aso H, Ueda TM, Nakagawa S, Kobayashi T, Koyanagi Y, Sato K. New World feline APOBEC3 potently controls inter-genus lentiviral transmission.  Retrovirology,15 (1), 31, 2018 (IF=3.7) 
• Sato K, Misawa N, Takeuchi JS, Kobayashi T, Izumi T, Aso H, Nagaoka S, Yamamoto K, Kimura I, Konno Y, Nakano Y, Koyanagi Y. Experimental adaptive evolution of simian immunodeficiency virus SIVcpz to pandemic human immunodeficiency virus type 1 using a humanized mouse model. J. Virol., 92 (4), e01905-17, 2018 (IF=4.3) 
• Krycer JR, Yugi K, Hirayama A, Fazakerley DJ, Quek L-E, Scalzo R, Ohno S, Hodson MP, Ikeda S, Shoji F, Suzuki K, Domanova W, Parker LB, Nelson ME, Humphrey SJ, Turner N, Hoehn KL, Cooney GJ, Soga T, Kuroda S, James DE. Dynamic Metabolomics Reveals that Insulin Primes the Adipocyte for Glucose Metabolism. Cell Reports, 21(12), 3536–3547, 2017 (IF=9.4)
• ^*Sano T, ^*Kawata K, ^*Ohno S, Yugi K, Kakuda H, Kubota H, Uda S, Fujii M, Kunida K, Hoshino D, Hatano A, Ito Y, Sato M, Suzuki Y, Kuroda S. Selective control of up-regulated and down-regulated genes by temporal patterns and doses of insulin. Science Signaling, 9(455), ra112, 2016 (IF=8.2) (^*:co-1st authors)
• Okita Y, Shiono T, Yahagi A, Hamada S, Umemura M, Matsuzaki G. Interleukin-22-induced Antimicrobial Phospholipase A2 Group IIA Mediates Protective Innate immunity of Nonhematopoietic Cells against Listeria monocytogenes. Infect. Immun. 84(2), 573-579, 2015 (IF=3.4)
• Tokuyama K, Ohno S, Yoshikawa K, Hirasawa T, Tanaka S, Furusawa C, Shimizu H. Increased 3-hydroxypropionic acid production from glycerol by modification of central metabolism in Escherichia coli. Microb. Cell Fact., 13, 64, 2014 (IF=5.1)
• Nakashima N, Ohno S, Yoshikawa K, Shimizu H, Tamura T. A vector library for silencing central carbon metabolism genes with antisense RNAs in Escherichia coli. Appl. Environ. Microbiol., 80(2), 564–573, 2014 (IF=4.8)
• Ohno S, Shimizu H, Furusawa C. FastPros: Screening of reaction knockout strategies for metabolic engineering. Bioinformatics, 30(7), 981–987, 2014 (IF=6.9)
• Ohno S, Furusawa C, Shimizu H. In silico screening of triple reaction knockout Escherichia coli strains for overproduction of useful metabolites. J. Biosci. Bioeng., 115(2), 221–228, 2013 (IF=2.9)
• Matsuo M, Maeda T, Ono N, Sugihara S, Kobayashi I, Koga D, Hamasaki Y. Efficacy of Dextromethorphan and Cyclosporine A for Acute Encephalopathy. Pediatr. Neurol. 48(3), 200-205, 2013 (IF=4.2)
• 【Citation top10% paper】Saiki Y, Yoshino Y, Fujimura H, Manabe T, Kudo Y, Shimada M, Mano N, Nakano T, Lee Y, Shimizu S, Oba S, Fujiwara S, Shimizu H, Chen N, Nezhad ZK, Jin G, Fukushige S, Sunamura M, Ishida M, Motoi F, Egawa S, Unno M, Horii A. DCK is frequently inactivated in acquired gemcitabine-resistant human cancer cells. Biochem. Biophys. Res. Commun., 421(1), 98-104, 2012 (IF=3.6)
• Shimizu H, Horii A, Sunamura M, Motoi F, Egawa S, Unno M, Fukushige S.  Identification of epigenetically silenced genes in human pancreatic cancer by a novel method “microarray coupled with methyl-CpG targeted transcriptional activation” (MeTA-array). Biochem. Biophys. Res. Commun., 411(1), 162-7, 2011 (IF=3.6)

【Review】

• Nakano Y, Aso H, Soper A, Yamada E, Moriwaki M, Juarez-Fernandez G, Koyanagi Y, Sato K. A conflict of interest: the evolutionary arms race between mammalian APOBEC3 and lentiviral Vif. Retrovirology, 14 (1), 31, 2017 (IF=3.4)
• Soper A, Juarez-Fernandez G, Aso H, Moriwaki M, Yamada E, Nakano Y, Koyanagi Y, Sato K. Various plus unique: Viral protein U as a plurifunctional protein for HIV-1 replication. Exp. Biol. Med. (Maywood), 242 (8), 850-858, 2017 (IF=2.4)

【Invited talks (including Japanese)】

• 大野 聡. 代謝システムの理解と応用に向けた数理解析. 日本生物工学会 バイオインフォマティクス相談部会 第一回勉強会, 2017

【Patent (including Japanese)】

• 中山 敬一, 清水 秀幸. 特願2018-157870 被検体に生じるイベントを予測するための判別器の生成方法、及び前記判別器を用いた被検体の層別化方法 

【Original Research Written in Japanese 】

• 沖田 大和, 笹川稚依子, 関端広大, 吉田真奈美, 八田明, 井上秀雄. マウス IgE 介在性三相性皮膚反応の耳介腫脹に対する Glycyrrhetinic acid の効果. 薬理と治療, 42, 845-850, 2014

【Press release (including Japanese)】

• インスリン刺激の時間変化と濃度による選択的遺伝子発現制御機構

【International conference】

• Ohno S, Quek LE, Krycer JR, Yugi K, Hirayama A, Soga T, James DE, Kuroda S. ¹³C-based dynamic metabolic flux analysis in insulin-stimulated adipocyte cell lines and systematic evaluation of regulation on the metabolism. Metabolic Engineering 12, Germany, 2018
• Nakano Y, Yamamoto K, Kumata R, Aso H, Soper A, Misawa N, Konno Y, Kimura I, Nagaoka S, Ikeda T, Juarez-Fernandez G, Ito J, Harris RS, Sato K, Koyanagi Y. Evolutionary journey of primate lentivirus transmission from chimpanzee to gorilla focusing on relationship between Vif and APOBEC3. Cold Spring Harbor meeting Retroviruses. New York, USA. 2018
• Ohno S, Krycer J, Yugi K, Quek LE, Hirayama A, Soga T, Kuroda S, James DE. Metabolic flux analysis in insulin-stimulated adipocytes form temporal patterns of intracellular metabolome data. Metabolic Engineering XI, Japan, 2016
• Tokuyama K, Ohno S, Yoshikawa K, Hirasawa T, Tanaka S, Furusawa C, Shimizu H. Increased 3-hydroxypropionic acid production from glycerol based on the genome-scale metabolic simulation in Escherichia coli. Metabolic Engineering X, Westin Bayshore, Canada, 2014
• Matsuzaki G, Okita Y, Umemura M. Innate protective immunity of non-hematopoietic cells against Listeria monocytogenes infection induced by IL-17 and IL-22. The 12 th Japan-Korea International Symposium on Microbiology (XII-JKISM), Japan, 2014
• Matsuzaki G, Okita Y, Shiono T, Hamada S, Umemura M. Mechanism of interleukin (IL)-17A-mediated enhancement of protective immunity against Listeria monocytogenes infection. 15th International Congress of Immunology, Italy, 2013
• Ohno S, Furusawa C, Shimizu H. FastPros: Efficient screening algorithm of gene knockouts for useful compound production using genome-scale metabolic model. KAIST-OSAKA U Symposium 2012,  Korea Advanced Institute of Science and Technology, Korea, 2012
• Ohno S, Furusawa C, Shimizu H. FastPros: Screening method of multiple gene knockout for microbial production using genome-scale metabolic model. Metabolic Engineering IX,  Le Bellevue Congress and Exhibition centre, France, 2012 【 Student/Young Investigator Poster Award / 若手研究者ポスター賞 受賞】
• Okita Y, Lee J, Nakamura K, Kobayashi M, Herndon D, Suzuki F. Improved production of human beta-defensins (HBDs) in grafted site skin tissues of human IMC/mouse chimeras treated with glycyrrhizin (GL). 9th The Annual Meeting of The American Association of Immunologists, Boston, USA, 2012
• Shimizu H, Fukushige S, Horii A. Identification of epigenetically silenced genes by the novel “methyl-CpG targeted transcriptional activation” method in human pancreatic cancer. AACR-JCA 8th Joint Conference, 2010
• Fukushige S, Shimizu H, Sato Y, Horii A. Identification of novel targets for aberrant methylation in pancreatic cancer by a newly developed method “methyl-CpG targeted transcriptional activation (MeTA)”. AACR 101st Annual Meeting 2010

【Domestic conference (including Japanese)】

• 清水 秀幸、中山 敬一. 人工知能を使って乳がん患者の生存予後を正確に予測する. 第41回日本分子生物学会年会, 2018
• 清水 秀幸、中山 敬一.  人工知能を使って乳がん患者の生存予後を正確に予測する. 第7回生命医薬情報学連合大会, 2018
• 大野 聡. インスリン刺激下の脂肪細胞における代謝フラックスとその調節. 新学術代謝統合オミクス 若手合宿, 2018
• Shimizu H, Matsumoto M, Nakayama KI. Artificial Intelligence Precisely Predicts Overall Survival of Cancer Patients. 第21回九州大学生体防御医学研究所リトリート, 2018 【 Best oral award / 最優秀口演賞 受賞】
• 中新井田 悠太, 半田知也, 川守田拓志, 岩田遥, 庄司信行. 片眼遮閉に伴う中距離及び近方視時の屈折値変化. 第 54 回日本眼光学学会総会, 2018
• Aso H, Ito J, Koyanagi Y, Sato K. Systematic investigation of transcriptional regulations of interferon-stimulated genes. 第66回日本ウイルス学会学術集会. 2018
• Konno Y, Nagaoka S, Kimura I, Yamamoto K, Kagawa Y, Kumata R, Aso H, Ueda MT, Nakagawa S, Kobayashi T, Koyanagi Y, Sato K. New World feline APOBEC3 potently controls inter-genus lentiviral transmission. 第66回日本ウイルス学会学術集会. 2018
• Sato K, Konno Y, Nagaoka S, Kimura I, Aso H, Kumata R, Ito J, Koyanagi Y. システムウイルス学的アプローチからを紐解くウイルスと宿主の進化的軍拡競争のダイナミズム. 日本進化学会第20回大会. 2018
• Aso H, Ito J, Suzuki Y, Sato K, Koyanagi Y. HIV-1感染ヒト化マウスにおける1細胞網羅的遺伝子発現解析. 第15回ウイルス学キャンプ in 湯河原. 2018
• Nagaoka S, Kawakami E, Ito J, Misawa N, Aso H, Nakaoka S, Dou Y, Satou Y, Shiroguchi K, Koyanagi Y, Sato K. 生体内のHIV-1複製におけるエピジェネティックネットワークの解明. 第15回ウイルス学キャンプ in 湯河原. 2018

• 大野 聡. 脂肪培養細胞の非定常フラックス解析および代謝制御の評価, 野生型および肥満モデルマウスにおける肝臓の代謝調節解析. 代謝モデリング勉強会, 2017

• 清水 秀幸、武石 昭一郎、中津海 洋一、中山 敬一. 固形がんにおけるFbxw7を標的とした静止期追い出し療法. 第40回日本分子生物学会年会, 2017
• 大野 聡, James R. Krycer, 柚木克之, Lake-Ee Quek, 平山明由, 曽我朋義, 黒田真也, David E. James. Systematic analysis of regulation on metabolism in insulin-stimulated adipocyte cell lines.  CREST生命動態 領域会議, 2017
• Kimura I, Yamamoto K, Nagaoka S, Aso H, Konno Y, Nakano Y, Sato K & Koyanagi Y. Investigation of virus-host evolutionary arms race: APOBEC3 versus Vif. 第40回日本分子生物学会年会. 2017
• Nakano Y, Misawa N, Konno Y, Kimura I, Nagaoka S, Yamamoto K, Aso H, Kumata R, Juarez-Fernandez G, Soper A, Sato K, Koyanagi Y. Tracing the evolution of primate lentiviruses. 第40回日本分子生物学会年会. 2017
• Aso H, Yamamoto K, Kimura I, Konno Y, Nagaoka S, Nakano Y, Sato K, Koyanagi Y. Evolutionary arms race between APOBEC3 and lentiviruses in felids. 第65回日本ウイルス学会学術集会. 2017
• Nakano Y, Misawa N, Kimura I, Konno Y, Nagaoka S, Yamamoto K, Aso H, Sato K, Koyanagi Y. Influence of human APOBEC3H on primate lentivirus evolution. 第65回日本ウイルス学会学術集会. 2017
• Nagaoka S, Yamamoto K, Aso H, Kimura I, Konno Y, Nakano Y, Sato K, Koyanagi Y. ネコ科動物由来APOBEC3とネコ免疫不全ウイルスの進化的軍拡競争の解析. 日本進化学会第19回大会. 2017
• Nakano Y, Misawa N, Kimura I, Konno Y, Nagaoka S, Yamamoto K, Aso H, Juarez-Fernandez G, Soper A, Sato K & Koyanagi Y. ヒトAPOBEC3Hとレンチウイルスの攻防. 第20回日本レトロウイルス研究会夏期セミナー. 2017
• Soper A, Moriwaki M, Misawa N, Yamada E, Nakano Y, Aso H, Yoshikawa R, Sato K, Koyanagi Y. Evaluation of artificial HIV-1 heterogeneity in vitro and in vivo. 第20回日本レトロウイルス研究会夏期セミナー. 2017
• 大野 聡, James R. Krycer, 柚木克之, Lake-Ee Quek, 平山明由, 曽我朋義, 黒田真也, David E. James.  Metabolic flux analysis in insulin-stimulated adipocytes from temporal patterns of intracellular metabolome data. CREST生命動態 第6回数理デザイン道場, 2016
• 清水 秀幸、武石 昭一郎、中山 敬一. ユビキチンリガーゼFbxw7を標的とした新規乳がん治療法の開発. 第39回日本分子生物学会年会, 2016
• 大野 聡, インスリン刺激下における脂肪培養細胞の非定常フラックス解析. 代謝モデリング勉強会, 2016
• Soper A, Misawa N, Yamada E, Nakano Y, Moriwaki M, Aso H, Yoshikawa R, Sato K, Koyanagi Y. Evaluation of artificial HIV-1 heterogeneity in vitro and in vivo. 第64回日本ウイルス学会学術集会. 2016
• 沖田 大和, 井石契子, 松原勤, 池田一雄, 河田則文,吉里勝利. 肝星細胞正常性維持へのサイトグロビン(CYGB)の関与. 第22回肝細胞研究会, 2015
• 沖田 大和, 松原勤, 池田一雄, 河田則文,吉里勝利. 肝星細胞によるサイトグロビンの発現に対する酸素分圧と基底膜成分の影響. 第41回肝臓学会西部会, 2015
• 大野 聡, 古澤力, 清水浩. 代謝シミュレーションを用いた、微生物によるものづくりのための多重遺伝子破壊探索手法の開発. 生命情報科学若手の会第5回研究会, 2014
• 徳山健斗, 大野 聡, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩. 代謝予測に基づいた3HP高生産大腸菌の構築. 日本農芸化学会2014年度大会, 2014
• 大野 聡, 古澤力, 清水浩. 微生物育種に向けた多重遺伝子破壊のin silicoスクリーニング. 生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー2014, 2014
• 大野 聡, 古澤力, 清水浩. in silicoスクリーニングにより代謝物質生産が予測された大腸菌多重遺伝子破壊株の特徴解析. 生物工学会第65回大会, 2013
• 徳山健斗, 田中章太郎, 大野 聡, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩. 大腸菌によるグリセロールからの3-ヒドロキシプロピオン酸生産. 日本農芸化学会2013年度大会, 2013
• 清水 秀幸, C型慢性肝炎におけるテラプレビル3剤併用療法~当院における19例のまとめ~, 第196回日本消化器病学会東北支部例会, 2013
• 大野 聡, 微生物を利用したものづくりと細胞シミュレーションの応用. 八大学博士学生交流フォーラム第5回研究会, 2013
• 大野 聡, 古澤力, 清水浩, FastPros: 有用物質生産性向上に向けた多重遺伝子破壊のin silico スクリーニング. 生物工学会第64回大会, 2012
• 大野 聡, 古澤力, 清水浩. 代謝シミュレーションを用いた有用物質生産性を向上させる複数遺伝子破壊の予測アルゴリズム開発. 生物工学会第63回大会, 2011
• 大野 聡, 古澤力, 田中章太郎, 平沢敬, 清水浩. 大腸菌のゲノムスケール代謝モデルによる有用物質生産位向けた代謝予測. 生物工学会第62回大会, 2010
• 清水 秀幸, 福重 真一, 堀井 明. メチル化で発現抑制された遺伝子を特定する新規の方法「MeTA」の膵癌解析への応用, 第99回日本病理学会総会, 2010

【Guest column (including Japanese)】

• 清水 秀幸, 癌細胞はエクソソームを介してより転移能の高い細胞を模倣する. 細胞工学2015年9月号
• 清水 秀幸, 血糖降下・抗炎症作用を持つ内在性の新規脂質群の発見. 細胞工学2015年1月号