X (旧Twitter)でも情報発信しています
グラントの中には税金をベースにした国の科研費等もあることから、研究教育だけでなく一定の社会還元も不可欠な要素だと考えています。
その一環として、バイオメディカル領域のデータサイエンスやシステム生物学、バイオメディカルテクノロジーに関係する論文やリソースを中心にX (旧 Twitter) で情報発信しています。
下記は100いいね以上いただいたほんの一例ですが、これ以外にも週ベースで15ほど情報共有しています。研究者の方、学生の方、医科学に関心のある全ての方に少しでもお役に立てれば幸いです。
目的の低分子に高親和力で結合する人工タンパク質を計算で設計する新たな手法がScience誌に発表されました。相互作用エネルギーも正しくpredictionできています。https://t.co/OVkcWCvugd
— H_Shimizu (@biomedicalhacks) April 6, 2024
生命科学や医学薬学領域のデータサイエンス (数理・統計・AI・バイオインフォetc) を実践的な論文輪読形式で学ぶ学生オンライン勉強会Biomedical Data Science Clubはいかがですか? 専攻不問・学部1年からOKでslackコミュニティも活発です。新年度の新たな挑戦にぜひ。https://t.co/l0DI0rB7WB pic.twitter.com/ZeEN8rUKvt
— H_Shimizu (@biomedicalhacks) March 29, 2024
RNA velocityのようなスプライシングdependentなシステムから脱却を目指し遺伝子制御の概念を導入した手法TFveloがNature Communicationsに発表されました。https://t.co/u8oJ0dH4jE
— H_Shimizu (@biomedicalhacks) March 7, 2024
創薬研究のためのR workshopシリーズがYouTubeにあがっています。創薬の研究者むけのVSCodeの使い方の紹介、創薬研究をR Tidyverseで行う、AI創薬等々。https://t.co/8OE38Wkwdt
— H_Shimizu (@biomedicalhacks) February 23, 2024
ヒトの骨髄様オルガノイドをiPSから作成したというNature Biotechnology誌の報告です。造血過程の理解や将来的には血液製剤の開発などにも使えるでしょう。こんな複雑なオルガノイドもできるようになっているのですね。https://t.co/zCc4Y0bfob
— H_Shimizu (@biomedicalhacks) February 23, 2024
生成AIアプローチでRNA配列をデザインするというNature Methods誌の報告です。浜田先生たちのグループの報告で、今回はアラインメントと二次構造情報を明示的に取り込んでいます。機能的なRNAのデザインだけでなく定量的超並列アッセイ実験検証もしています。https://t.co/RNtw0JXJkX
— H_Shimizu (@biomedicalhacks) February 23, 2024
GPCRを例に出すまでもなく膜タンパクで重要な医薬品ターゲットは種々あるわけですが、膜タンパクの計算はこれまで難しいものでした。ここにも計算科学・ディープラーニングが大きく食い込んできています。Nature Biotechnology誌の総説。https://t.co/oUhnudm7wk
— H_Shimizu (@biomedicalhacks) February 22, 2024
AlphaFold2によって予測されたサブユニット間のペアワイズ相互作用を利用して大きなタンパク質複合体の構造予測を行うCombFoldがnature methodsに発表されました。Colab notebookやチュートリアルもあります。https://t.co/RMzX5tuUPU
— H_Shimizu (@biomedicalhacks) February 21, 2024
Briefings in Bioinformatics誌が今月から完全オープンアクセスになりました。バイオインフォに特化した専門誌のトップ (IF=9.5) です。うちのラボでも新入生の勉強会で使わせていただいています。https://t.co/VWJd18aNcl
— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 8, 2024
Bishop本こと「パターン認識と機械学習」を執筆したBishop先生が深層学習の本Deep Learning: Foundations and Conceptsを出しました。そしてこちらのwebサイトで無料で読むことができます。https://t.co/GTJsssGDDr
— H_Shimizu (@biomedicalhacks) January 8, 2024