当研究室はドライ (数理・コンピューター解析)研究室・ウェット (実験) スペースと、より専門的な実験を行うスペースが別の建物に分かれており、川をはさんで向いのキャンパスにあります。具体的には居室・ドライ研究室・一般的なウェット実験室は駿河台キャンパス (千代田区 神田駿河台 2-3-10)にありますが、ウェット研究室の一部 (FACSや共焦点顕微鏡、次世代シークエンサー等の専門的な実験装置が必要なもの) は湯島キャンパス (文京区 湯島1-5-45) にあります。とはいえ2つのキャンパス間は徒歩5分くらいで移動できる近さにあります。

駿河台キャンパス (居室・ドライ研究室・ウェット実験室・セミナー室/休憩室)

研究室入り口・廊下

教授室

清水研を訪問する際にまず最初に行くのがここの部屋です。

また、部屋の一角にある2台のパソコンはラボ共用で、MathematicaやMATLAB、GAMESSやSnapGene, 各種統計ソフトといった有償ツールが入っています。

第1研究室

当分野所属の教員および大学院1年次は教授室隣りにあるこちらの大部屋をメインの研究室として使います。研究室に設置している大型の本棚には、分子生物学・医学はもちろん、数学や情報科学・AIに関する書籍300冊あまりがあり、研究室メンバーが自由に読めるような共通図書となっています。

第2研究室

2年次以上の大学院生が研究を行う20人前後が入れる大きな部屋です。窓が大きくて開放的です。もちろんロッカーや冷蔵庫・電子レンジ、それにdiscussionスペースやホワイトボード等を完備しています。

計算サーバー室

サーバー室はデータ科学センター内の他分野と共同で運用しています。また日常の保守管理は民間企業である日立に委託しています。

ミーティング・zoom室

第1研究室の向かいにあるこちらの8畳ほどの小部屋は普段は使っていませんが、大部屋ではできない個人スペースがほしい時に自由に使えます。例えばzoomで講義・ミーティングを行いたいときとか、ちょっと1人になって休憩したい時とか、あるいは打ち合わせをしたい場合に使っています。

セミナー室 ・給湯室

食事や仮眠などに使えるデータ科学センター共通の部屋です。レンジ・冷蔵庫、複合プリンター、自由に持っていって良い文房具やレターボックスなどが置かれています。データ科学センター5分野の共用スペースですが、事実上一番使っているのは私達のグループです。

学部生研究室

データ科学センターに出入りする学部生用の研究スペースです。データ科学センター共通スペースですが、他の分野に出入りする学生さんは4分野合わせて1人しかいないので、事実上私たちの研究室に通う学生さんが独占していることもしばしばです。

湯島キャンパス

ライフサイエンス実験室 (8号館)

P1レベルおよびP2レベルの実験ができる部屋が3つ、合わせて100平方メートルほどです。

P1, P2レベルまでの一般的な分子細胞生物学実験、例えばプラスミドの構築、細胞培養、western blottingなどは全てできます。また、学内にはP3実験やRI実験ができる場所もあります。

清水研の実験スペースは居室とは川向いの別の建物にあるというのがマイナスポイントではあるのですが、逆にとても便利なのはこれらの実験室から徒歩20秒以内の場所に種々の共用機器が置かれている部屋があることです。もちろん清水研は全ての機器を利用できるようにしていますし、大学の援助でそれぞれの機器に専属のスタッフが常駐しているので、清水研の学生が例えばボンベ・ランプの交換とかメーカーのやり取りなどの雑用をやることは一切ありません (普通のラボでは大学院生の雑用の1つでしょうが、その分研究に専念できます)。

【次世代シークエンサー】

  • illumina MiSeq
  • illumina Nextseq1000
  • Chromium コントローラー 10x Genomics
  • バイオアナライザーAgilent 2100

【FACS】

  • FACSCanto II
  • FACSAria III
  • FACSLyric

【顕微鏡】

  • 共焦点顕微鏡TCS SP8
  • 超解像顕微鏡ELYRA S.1
  • 次世代蛍光顕微鏡 THUNDER
  • キーエンス ハイスループット顕微鏡システム

【その他】

  • マルチプレートリーダー FLUOstar OPTIMA-6
  • リアルタイムPCRシステム StepOnePlus
  • デジタルPCR QX200 Droplet Digital PCRシステム
  • ミクロトーム
  • マイクロフォーカスX線CT

【受託解析】

  • 走査・透過電子顕微鏡
  • LC-MS/MS
  • MALDI-TOF/TOF
  • ガスクロマトグラフィー-MS

【ロボット解析】

  • 全自動核酸抽出・解析ロボット (まほろ)

 湯島地区大学院生室 (M&Dタワー)

実験の比重が大きい大学院生のうち希望者は、2年次以上になると実験スペースに近い場所に居室を用意することができます。他の分野の大学院生たちと共用の部屋ですが、その分いろいろなコラボレーションのきっかけもできるでしょう。

病院連携スペース (M&Dタワー)

医科歯科大学で一番オシャレなM&Dタワー内に持っているのがこちらの一部屋で、病院診療部門と近い場所にあるので臨床系の先生とface to faceでミーティングしたい時などに使っています。6人がけの打ち合わせスペースと、4人がけのスペース、合わせて2つがパーティションで仕切られた構造になっています。

産学連携スペース (8号館)

企業さんとの連携をするにはこちらのスペースを使っています。大学チームだけで社会実装まで持っていくのは難しいので、学術的に優れた研究をして、企業と組んでそれを社会に届けるというのは今後ますます求められることでしょう。